의 안 번 호	제 호		의결사항
의 결 연 월 일	2016. . . (제 회)

조세특례제한법 시행령 일부개정령안

제 출 자	국무위원 유일호 (부총리 겸 기획재정부장관)
제출 연월일	2016. . .

법제처 심사를 마침

1. 의결주문

조세특례제한법 시행령 일부개정령안을 별지와 같이 의결한다.

2. 제안이유

수산업협동조합중앙회가 신용사업부문을 분리하여 수협은행을 설립하는 사업구조개편 관련 과세특례가 「조세특례제한법」에 신설됨에 따라, 과세특례 적용에 필요한 분할의 정의, 부당행위계산 부인 규정의 적용이 배제되는 사업의 범위 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하려는 것임.

3. 주요내용

가. 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용범위 제한(안 제14조의3제1항)

주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용 대상에서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」에 따라 시가 이하로 발행되는 주식매수선택권을 제외하고자 함.

나. 개인종합자산관리계좌의 계좌이전 허용을 명확화(안 제93조의4제12항부터 제17항)

가입자의 선택권 확대 등을 위하여 개인종합자산관리계좌를 본인의 다른 개인종합자산관리계좌로 이전하는 경우 중도인출에 해당하지 않음을 명확히 함.

다. 수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례(안 제116조의35 신설)

1) 수산업협동조합중앙회가 신용사업부문을 분리하여 수협은행을 설립하는 것을 「법인세법」상 적격물적분할에 해당하는 것으로 보아 분할에 따른 자산양도차익이 과세이연 되도록 함.

2) 조합 전산시스템의 위탁운영 등을 위해 수협은행이 조합에 지출하는 금전 등에 대해 「법인세법」상 기부금의 손금불산입, 접대비의 손금불산입, 부당행위계산 부인 규정의 적용을 배제하도록 함.

3) 수산업협동조합중앙회가 해당 사업연도의 다음 사업연도에 회원에게 배당하는 금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 함.

4) 수협은행이 수산업협동조합의 명칭을 사용하는 경우, 명칭사용용역에 대하여 부가가치세를 면제하도록 함.

4. 주요토의과제

없    음

5. 참고사항

가. 관계법령 : 생    략

나. 예산조치 : 별도조치 필요 없음

다. 합    의 : 해양수산부 등과 합의되었음

라. 기    타 : 1) 신․구조문대비표, 별첨

2) 입법예고(2016. 9. 29. ～ 11. 8.) 결과, 특기할 사항 없음

3) 이 시행령안은 이 시행령안과 함께 시행 예정인 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령안」의 의결을 전제로 하므로, 같은 시행령안이 의결되지 아니하거나 수정의결되는 경우에는 이에 맞추어 조정되어야 할 것임

대통령령  제        호

조세특례제한법 시행령 일부개정령안

조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

제14조의3제1항에 제5호를 다음과 같이 신설한다.

5. 「벤처기업육성에관한 특별조치법 시행령」 제11조의3제3항에 따라 주식매수선택권을 부여받은 자

제43조의7제3항 중 “2015년 12월 31일”을 “2018년 12월 31일”로 한다.

제93조제6항 중 “30”을 “45”로, “30”을 “45”로 한다.

제93조의4제12항 중 “가입자의 사망·해외이주 또는 해지 전 6개월 이내에 발생한 제81조제6항”을 “다음”으로 하고, 같은 항에 제1호 및 제2호를 각각 다음과 같이 신설한다.

1. 가입자의 사망·해외이주 또는 해지 전 6개월 이내에 발생한 제81조제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유

2. 개인종합자산관리계좌를 본인의 다른 개인종합자산관리계좌로 이전하는 경우(이 경우 계약기간은 최초의 개인종합자산관리계좌 가입일로부터 기산한다)

제93조의4제13항 중 “제12항”을 “제12항제1호”로 한다.

제5장의9를 다음과 같이 신설한다.

제5장의9 수산업협동조합중앙회 구조개편을 위한 조세특례

제116조의35(수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례) ① 법 제121조의25제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 경우"란 「수산업협동조합법」에 따른 수산업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "수산업협동조합중앙회"라 한다)가 「수산업협동조합법」제141조의4제1항에 따라 신용사업을 분리하여 수협은행을 설립하는 경우를 말한다.

② 법 제121조의25제2항 및 같은 조 제5항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자금"이란 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사가 「수산업협동조합법」 제153조에 따라 수산업협동조합중앙회에 출자한 자금을 말한다.

③ 법 제121조의25제3항에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제4호에 따라 조합이 수협은행에 위탁하는 사업

2. 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제7호의 사업 중 조합 전산시스템의 위탁운영 및 관리 사업

④ 법 제121조의25제4항제2호 및 같은 조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 수산업협동조합의 명칭을 사용하는 법인"이란 「수산업협동조합법」 제162조의2제1항에 따라 수산업협동조합의 명칭을 사용하는 법인을 말한다.

⑤ 법 제121조의25제5항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합법」 제168조에 따라 같은 법 제71조를 준용하여 해당 사업연도의 다음 사업연도에 회원에게 배당하는 금액을 말한다.

⑥ 법 제121조의25제7항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공급하는 명칭사용용역"이란 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합법」 제162조의2제1항에 따라 수산업협동조합의 명칭을 사용할 수 있도록 하는 것을 말한다.

⑦ 법 제121조의25제8항제1호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 조합에 공급하는 전산용역"이란 수협은행이 조합에 공급하는 다음 각 호의 용역을 말한다.

1. 수협은행이 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제4호에 따라 수산업협동조합중앙회로부터 위탁받은 같은 법 제138조제1항제1호라목의 정보망 구축을 위해 공급하는 용역

2. 수협은행이 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제7호에 따라 공급하는 조합 전산시스템의 위탁운영 및 관리 용역

⑧ 법 제121조의25제8항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 수산업협동조합중앙회에 공급하는 전산용역"이란 수협은행이 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제7호에 따라 수산업협동조합중앙회에 공급하는 수산업협동조합중앙회 전산시스템의 위탁운영 및 관리 용역을 말한다.

부      칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제116조의35의 개정규정은 2016년 12월 1일부터 시행한다.

제2조(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조의3 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식매수선택권을 부여하는 분부터 적용한다.

제3조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의4 제12항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 이전하는 분부터 적용한다.

제4조(수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제116조의35의 개정규정(같은 조 제6항, 제7항 및 제8항은 제외한다)은 2016년 12월 1일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

② 제116조의35 제6항, 제7항 및 제8항의 개정규정은 2016년 12월 1일 이후 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.

신ㆍ구조문대비표

현 행	개 정 안
제14조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 법 제16조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.	제14조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1. ∼ 4. (생 략)	1. ∼ 4. (현행과 같음)
<신 설>	5. 「벤처기업육성에관한 특별조치법 시행령」 제11조의3제3항에 따라 주식매수선택권을 부여받은 자
② ∼ ⑨ (생 략)	② ∼ ⑨ (현행과 같음)
제43조의7(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례) ①ㆍ② (생 략)	제43조의7(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례) ①ㆍ② (현행과 같음)
③ 법 제46조의7제1항제1호에 따른 전략적 제휴계획은 벤처기업(제1항에 따른 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업등"이라 한다)이 생산성 향상과 경쟁력 강화 등을 목적으로 2015년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)과의 계약을 통하여 협력관계를 형성하려는 계획을 말한다.	③ ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2018년 12월 31일 ----------------------------------------------------------------------------------------------.
④ ∼ ⑨ (생 략)	④ ∼ ⑨ (현행과 같음)
제93조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례) ① ∼ ⑤ (생 략)	제93조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례) ① ∼ ⑤ (현행과 같음)
⑥ 제3항제1호 후단에 따라 일일보유비율을 계산할 때 투자신탁등의 평가액이 투자원금보다 적은 경우로서 비우량채권과 코넥스 상장주식을 합한 일일보유비율 또는 이를 포함한 국내채권의 일일보유비율이 각각 100분의 30 또는 100분의 60 미만인 경우에는 이를 각각 100분의 30 또는 100분의 60으로 보아 계산한다.	⑥ ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 45 ------------------------------------------- 45 ---------------------------.
⑦ ∼ ⑪ (생 략)	⑦ ∼ ⑪ (현행과 같음)
제93조의4(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례) ① ∼ ⑪ (생 략)	제93조의4(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례) ① ∼ ⑪ (현행과 같음)
⑫ 법 제91조의18제6항 각 호 외의 부분 전단의 "가입자의 사망·해외이주 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 가입자의 사망·해외이주 또는 해지 전 6개월 이내에 발생한 제81조제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.	⑫ ------------------------------------------------------------------------------------------ 다음 ------------------------------------------------------------------------------------------.
<신 설>	1. 가입자의 사망·해외이주 또는 해지 전 6개월 이내에 발생한 제81조제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우
<신 설>	2. 개인종합자산관리계좌를 본인의 다른 개인종합자산관리계좌로 이전하는 경우(이 경우 계약기간은 최초의 개인종합자산관리계좌 가입일로부터 기산한다)
⑬ 제12항에 따른 사유가 발생하여 개인종합자산관리계좌의 계약을 해지하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 특별해지사유신고서를 신탁업자에게 제출하여야 한다.	⑬ 제12항제1호----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
⑭ ∼ ⑯ (생 략)	⑭ ∼ ⑯ (현행과 같음)
<신 설>	제5장의9 수산업협동조합중앙회 구조개편을 위한 조세특례
<신 설>	제116조의35(수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례) ① 법 제121조의25제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 경우"란 「수산업협동조합법」에 따른 수산업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "수산업협동조합중앙회"라 한다)가 「수산업협동조합법」제141조의4제1항에 따라 신용사업을 분리하여 수협은행을 설립하는 경우를 말한다. ② 법 제121조의25제2항 및 같은 조 제5항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자금"이란 「예금자보호법」 제3조에 따른 예금보험공사가 「수산업협동조합법」 제153조에 따라 수산업협동조합중앙회에 출자한 자금을 말한다. ③ 법 제121조의25제3항에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제4호에 따라 조합이 수협은행에 위탁하는 사업 2. 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제7호의 사업 중 조합 전산시스템의 위탁운영 및 관리 사업 ④ 법 제121조의25제4항제2호 및 같은 조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 수산업협동조합의 명칭을 사용하는 법인"이란 「수산업협동조합법」 제162조의2제1항에 따라 수산업협동조합의 명칭을 사용하는 법인을 말한다. ⑤ 법 제121조의25제5항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합법」 제168조에 따라 같은 법 제71조를 준용하여 해당 사업연도의 다음 사업연도에 회원에게 배당하는 금액을 말한다. ⑥ 법 제121조의25제7항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공급하는 명칭사용용역"이란 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합법」 제162조의2제1항에 따라 수산업협동조합의 명칭을 사용할 수 있도록 하는 것을 말한다. ⑦ 법 제121조의25제8항제1호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 조합에 공급하는 전산용역"이란 수협은행이 조합에 공급하는 다음 각 호의 용역을 말한다. 1. 수협은행이 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제4호에 따라 수산업협동조합중앙회로부터 위탁받은 같은 법 제138조제1항제1호라목의 정보망 구축을 위해 공급하는 용역 2. 수협은행이 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제7호에 따라 공급하는 조합 전산시스템의 위탁운영 및 관리 용역 ⑧ 법 제121조의25제8항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 수산업협동조합중앙회에 공급하는 전산용역"이란 수협은행이 「수산업협동조합법」 제141조의9제1항제7호에 따라 수산업협동조합중앙회에 공급하는 수산업협동조합중앙회 전산시스템의 위탁운영 및 관리 용역을 말한다.

〈 의안 소관 부서명 〉

기획재정부 세제실 법인세제과
연 락 처	(044) 215 - 4222