의 안 번 호	제 호		의결사항
의 결 연 월 일	2021. . . (제 회)

조세특례제한법 시행령 일부개정령안

제 출 자	국무위원 홍 남 기 (기획재정부장관)
제출 연월일	2021. . .

법제처 심사 전

1. 의결주문

조세특례제한법 시행령 일부개정령안을 별지와 같이 의결한다.

2. 제안이유

공익사업 추진으로 인해 시장에 공급되는 유동성 관리를 위하여 「부동산투자회사법」개정을 통해 대토보상권을 부동산투자회사에 현물 출자할 경우 받는 주식에 대한 전매제한 의무 등을 신설함에 따라 대토보상권을 부동산투자회사에 현물 출자한 경우 적용되는 양도소득세 감면율을 확대하는 한편,

상가임대료를 인하한 임대인에 대해 세액공제를 적용하는데 필요한 기준소득금액 산정방식을 규정하고, 거주자가 공공매입임대주택 건설자에게 해당 주택 건설을 위한 토지를 양도한 경우 양도소득세를 감면함에 따라 특례 신청 절차 등을 규정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하려는 것임.

3. 주요내용

가. 대토보상권을 부동산 투자회사에 현물 출자할 경우 과세특례 확대(안 제73조제5항)
대토보상에 의한 양도소득세를 감면받은 거주자가 대토보상권을 부동산투자회사에 현물 출자할 경우 해당 거주자에게 대토보상과 3년 만기보유특약을 체결한 채권보상의 양도소득세 감면세액의 차액을 납부하도록 함.

나. 상가임대료 인하액에 대한 세액공제시 공제율 수준 결정 기준이 되는 기준소득금액 산정방식 마련(안 제96조의3제5항)

임대료 인하액에 대해 세액공제율 70%가 적용되는 대상 사업자를 판단하는 기준소득금액 산정방식을 규정함.

다. 공공매입임대주택 건설을 위하여 양도한 토지에 대한 과세특례 신설(안 제97조의9 신설)

거주자가 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 공공매입임대주택 건설자에게 해당 주택 건설을 위한 토지를 양도한 경우 양도소득세의 감면 시 감면대상 양도소득 계산방법, 특례 신청 절차를 규정함.

대통령령  제        호

조세특례제한법 시행령 일부개정령안

조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

제73조제5항 각 호 외의 부분 중 “만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상을 말한다”를 “3년 만기보유특약이 체결된 채권보상을 말한다. 다만, 현물 출자를 통해 받은 주식을 「부동산투자회사법」 제26조의3제4항제1호의 요건을 갖추지 않은 상태에서 처분할 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상으로 본다”로 한다.

제96조의3제4항제1호 중 “2021년 6월 30일”을 “2021년 12월 31일”로 하고, 같은 조 제5항부터 제7항까지를 각각 제6항부터 제8항까지로 하며, 같은 조에 제5항을 다음과 같이 신설한다.

⑤ 법 제96조의3제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 해당 과세연도의 기준소득금액”이란 해당 과세기간의 종합소득과세표준에 합산되는 종합소득금액에 제4항에 따른 임대료인하액을 더한 금액을 말한다.

제97조의9를 다음과 같이 신설한다.

제97조의9(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 법 제97조의9제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분이 불분명할 때에는 「소득세법 시행령」 제166조제6항을 준용하여 안분계산한다.

② 법 제97조의9제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 자는 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증빙할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

제100조의7제3항 중 “근로소득간이지급명세서”를 “간이지급명세서”로 한다.

제100조의8제1항제2호 중 “근로소득간이지급명세서”를 “간이지급명세서”로 한다.

제100조의11제1항제1호 중 “근로소득간이지급명세서상”을 “간이지급명세서상”으로 한다.

부      칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제100조의7제3항, 제100조의8제1항제2호, 제100조의11제1항제1호의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(대토보상권을 부동산 투자회사에 현물 출자할 경우 과세특례 확대에 관한 적용례) 제73조제5항의의 개정규정은 법률 제0000호 부동산투자회사법 일부개정법률 시행 이후 현물 출자하는 분부터 적용한다.

제3조(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제97조의9의 개정규정은 법률 제0000호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

신ㆍ구조문대비표

현 행	개 정 안
제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① ∼ ④ (생 략)	제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① ∼ ④ (현행과 같음)
⑤ 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상(제4호의 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상을 말한다)의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다.	⑤ ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3년 만기보유특약이 체결된 채권보상을 말한다. 다만, 현물 출자를 통해 받은 주식을 「부동산투자회사법」 제26조의3제4항제1호의 요건을 갖추지 않은 상태에서 처분할 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상으로 본다.---------------------------------------------------------------------------------------------.
1. ∼ 4. (생 략)	1. ∼ 4. (현행과 같음)
⑥ ∼ ⑧ (생 략)	⑥ ∼ ⑧ (현행과 같음)
제96조의3(상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제) ① ∼ ③ (생 략)	제96조의3(상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제) ① ∼ ③ (현행과 같음)
④ 법 제96조의3제1항에서 “대통령령으로 정하는 임대료 인하액“이란 제1호에 따른 금액에서 제2호에 따른 금액을 뺀 금액(이하 이 조에서 “임대료인하액“이라 한다)을 말한다. 이 경우 보증금을 임대료로 환산한 금액은 제외한다.	④ ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1. 임대료를 인하하기 직전의 임대상가건물 임대차계약에 따른 임대료를 기준으로 계산한 해당 과세연도[해당 과세연도 중 법 제96조의3제1항에 따른 공제기간(이하 이 조에서 “공제기간“이라 한다)에 해당하는 기간으로 한정한다. 이하 제2호에서 같다]의 임대료. 다만, 공제기간 중 임대상가건물의 임대차계약을 동일한 임차소상공인과 갱신하거나 재계약(이하 이 조에서 “갱신등“이라 한다)하고 갱신등의 임대차계약에 따른 임대료가 인하된 경우 갱신등에 따른 임대차계약이 적용되는 날부터 2021년 6월 30일까지는 갱신등에 따른 임대료를 기준으로 계산한 임대료를 말한다.	1. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 2021년 12월 31일--------------------------------------------------.
2. (생 략)	2. (현행과 같음)
<신 설>	⑤ 법 제96조의3제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 해당 과세연도의 기준소득금액”이란 해당 과세기간의 종합소득과세표준에 합산되는 종합소득금액에 제4항에 따른 임대료인하액을 더한 금액을 말한다.
⑤ ∼ ⑦ (생 략)	⑥ ∼ ⑧ (현행 제5항부터 제7항까지와 같음)
<신 설>	제97조의9(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 법 제97조의9제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분이 불분명할 때에는 「소득세법 시행령」 제166조제6항을 준용하여 안분계산한다. ② 법 제97조의9제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 자는 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증빙할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
제100조의7(신청서류 등) ①ㆍ② (생 략)	제100조의7(신청서류 등) ①ㆍ② (현행과 같음)
③국세청장은 근로장려금 신청의 편의를 위하여 「소득세법」 제164조 및 제164조의3에 따라 제출받은 지급명세서 및 근로소득간이지급명세서에 기재된 근로소득 또는 사업소득 지급액을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 거주자가 열람할 수 있도록 하여야 한다.	③----------------------------------------------------------------------------------------- 간이지급명세서----------------------------------------------------------------------------------------------------.
④ ∼ ⑩ (생 략)	④ ∼ ⑩ (현행과 같음)
제100조의8(근로장려금의 결정) ①납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 사항을 확인하고 그 확인된 총급여액 등에 따라 주소득자에게 환급하여야 하는 근로장려금을 결정하여야 한다. 이 경우 근로장려금신청서 또는 증거자료에 나타난 수입금액이 제3호의 금액과 차이가 있는 경우에는 「소득세법 시행령」 제144조제1항 및 「부가가치세법 시행령」 제104조제1항에 따른 추계 방법 또는 그 밖에 재산상황ㆍ소비지출상황 등을 고려하여 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법에 따라 검증하여 확정된 수입금액을 기준으로 근로장려금을 결정하여야 한다.	제100조의8(근로장려금의 결정) ①-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------. -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1. (생 략)	1. (현행과 같음)
2. 근로장려금신청서 또는 증거자료에 나타난 총급여액 등(배우자의 총급여액 등을 포함한다)이 총급여액 등을 지급하는 자가 법 제100조의6제1항에 따른 신청기간(같은 조 제8항에 따라 신청한 경우에는 그 신청한 날) 또는 같은 조 제7항에 따른 반기별 신청기간의 마지막 날까지 제출한 「소득세법」 제164조 및 제164조의3에 따른 지급명세서 및 근로소득간이지급명세서에 의하여 입증되는 경우 등 객관적으로 인정되는 총급여액 등	2. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 간이지급명세서--------------------------------------------------------
3. (생 략)	3. (현행과 같음)
② 삭 제
③ ∼ ⑤ (생 략)	③ ∼ ⑤ (현행과 같음)
제100조의11(가산세) ① 법 제100조의10제3항 계산식 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.	제100조의11(가산세) ① ---------------------------------------------------------------------------------------------------------.
1. 「소득세법」 제164조 및 제164조의3에 따라 제출받은 지급명세서 및 근로소득간이지급명세서상 근로소득, 원천징수대상 사업소득 또는 종교인소득 지급액에 오류가 있는 경우	1. ------------------------------------------------------ 간이지급명세서상 ---------------------------------------------------------------------
2.ㆍ3. (생 략)	2.ㆍ3. (현행과 같음)
② (생 략)	② (현행과 같음)

〈 의안 소관 부서명 〉
기획재정부 재산세제과
연 락 처	(044) 215 - 4313