1. 개정이유 및 주요내용

2025년 1월 1일 시행 예정인 금융투자소득세를 폐지하고, 주식 등에 대한 현행 양도소득세 체계를 유지하는 내용으로 「소득세법」이 개정되고, 이에 맞추어 주식등의 양도소득에 대한 과세특례 규정도 정비되도록 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라,  주식등의 양도소득과 관련한 조세특례 제도 등의 시행을 위하여 법률 및 같은 법 시행령에서 위임한 사항과 서식 등을 정비하려는 것임.

2. 참고사항

가. 관계법령 : 생    략

나. 예산조치 : 별도조치 필요 없음

다. 합    의 : OOOO부 등과 합의되었음

라. 기    타 : 1) 신ㆍ구조문대비표, 별첨

2) 입법예고(2024. 12. 13. ～ 12. 23.) 결과, 특기할 사항 없음

기획재정부령  제        호

조세특례제한법 시행규칙 일부개정령안

조세특례제한법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.

기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 제42조의3에 제1항부터 제3항까지를 각각 다음과 같이 신설한다.

① 영 제93조의4제9항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 주식”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식을 말한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인의 주식. 다만, 「소득세법 시행령」 제157조제4항에 따른 주권상장법인대주주가 보유한 주식은 제외한다.

2. 영 제93조의4제8항제4호에 따른 주식. 다만, 「소득세법 시행령」 제157조제6항에 따른 주권비상장법인의 대주주가 보유한 주식은 제외한다.

② 제1항에 따른 주식에서 발생한 양도차손을 계산할 때 같은 종목의 주식을 2회 이상 취득한 경우 그 주식의 취득가액은 「소득세법 시행령」 제93조제2항제3호에 따른 이동평균법에 따라 계산한다.

③ 영 제93조의4제11항에서 “기획재정부령으로 정하는 주식”이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인의 주식을 말한다.

기획재정부령 제1042호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 제61조제1항제10호의3을 삭제하고, 같은 항 제10호의4 및 제10호의5를 각각 제10호의3 및 제10호의4로 한다.

별지 제6호의5서식 작성방법란 제1호 중 “양도소득세(2025년도 이후에는 금융투자소득세)”를 “양도소득세”로 한다.

기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 별지 제6호의6서식 표 외의 부분 중 “금융투자소득세”를 “양도소득세”로 한다.

별지 제6호의8서식 작성방법란 제1호 중 “양도소득세(2025년도 이후에는 금융투자소득세)”를 “양도소득세”로 한다.

기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 별지 제6호의11서식 작성방법란 제1호 중 “금융투자소득세”를 “양도소득세”로 한다.

기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 별지 제6호의15서식 작성방법란 중 “금융투자소득세”를 “양도소득세”로 한다.

기획재정부령 제1042호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 별지 제9호의3서식을 삭제한다.

기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 부칙(기획재정부령 제953호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령으로 개정된 것을 포함한다) 제1조제1호의 개정부분을 삭제한다.

부      칙

이 규칙은 2025년 1월 1일부터 시행한다.

신ㆍ구조문대비표

현 행	개 정 안
기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령	기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령
제42조의3(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례) <신 설>	제42조의3(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례) ① 영 제93조의4제9항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 주식”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식을 말한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인의 주식. 다만, 「소득세법 시행령」 제157조제4항에 따른 주권상장법인대주주가 보유한 주식은 제외한다. 2. 영 제93조의4제8항제4호에 따른 주식. 다만, 「소득세법 시행령」 제157조제6항에 따른 주권비상장법인의 대주주가 보유한 주식은 제외한다.
<신 설>	② 제1항에 따른 주식에서 발생한 양도차손을 계산할 때 같은 종목의 주식을 2회 이상 취득한 경우 그 주식의 취득가액은 「소득세법 시행령」 제93조제2항제3호에 따른 이동평균법에 따라 계산한다.
<신 설>	③ 영 제93조의4제11항에서 “기획재정부령으로 정하는 주식”이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인의 주식을 말한다.
④ㆍ⑤ (생 략)	④ㆍ⑤ (현행과 같음)
기획재정부령 제1042호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령	기획재정부령 제1042호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령
제61조(서식 등) ①세액감면 신청 등에 관한 서식은 다음 각 호에 따른다.	제61조(서식 등) ①-----------------------------------------.
1. 삭 제
2. ∼ 10. (생 략)	2. ∼ 10. (현행과 같음)
10의2. (생 략)	10의2. (현행과 같음)
10의3. 영 제24조제14항, 영 제24조의2제6항, 영 제81조의4제6항, 영 제82조의2제6항, 영 제83조제12항, 영 제92조의13제10항 및 영 제93조의3제9항에 따른 금융투자소득 합산과세 신청서: 별지 제9호의3서식	<삭 제>
10의4.ㆍ10의5. (생 략)	10의3.ㆍ10의4. (현행 제10호의4 및 제10호의5와 같음)
11. ∼ 97. (생 략)	11. ∼ 97. (현행과 같음)
② (생 략)	② (현행과 같음)
기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 부칙	기획재정부령 제904호 조세특례제한법 시행규칙 일부개정령 부칙
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.	제1조(시행일) ---------------------------. ---------------------------------------------------.
1. 제42조의3, 제61조제1항제10호의3, 별지 제6호의6서식, 별지 제6호의11서식, 별지 제6호의15서식 및 별지 제9호의3서식의 개정규정: 2025년 1월 1일	<삭 제>
2. (생 략)	2. (현행과 같음)