제 1 장  총  칙

[증권거래세 사무종합관리 체계 흐름도]

제1조(목  적)

이 규정은 증권거래세 신고업무와 과세자료의 수집 및  처리 절차를 체계화하여 이를 실무에 적용하도록 하므로써 업무의 통일성과 효율성을 기하고 과세의 적정을 기하는데 목적이 있다.

제2조(정  의)

이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. [주식이동자료]라 함은 법인세법 제60조의 규정에 의한 법인세의 과세표준신고서에 첨부하는 서류중 같은법 시행규칙 제82조 제1항 제52호에 규정하는 주식등 변동상황명세서에 의하여 주식의 이동 내용을 기재한 자료를 말한다.

2. [장외거래자료]라 함은 증권거래법 제2조 제12항에 규정하는 유가증권시장 외에서 매매한 증권의 거래내용을 기재한 자료를 말한다.

3. [신주인수권자료]라 함은 상장법인이 주식을 발행하는 과정에서 상법 제416조 제6호 및 상장법인 재무관리규정 제16조의3 제7항의 규정에 의하여 발행한 신주인수권증서의 내용을 기재한 자료를 말한다.

4. [파생자료]라 함은 지방국세청장 또는 세무서장이 법인세조사등 세무조사 과정에서 주식변동상황명세서와 실제의 주식이동이 다른 사실 기타 주권 등의 양도사실을 확인한 경우에 그 거래내용을 기재한 자료를 말한다.

제 2 장 신고관리

제2장 신고관리

[신고관리업무체계]

제3조(신고서 등의 검토)

증권거래세 신고업무 담당자는 신고서 및 부속서류(이하 "신고서등"이라 한다) 기재사항의 정확여부 및 제출서류의 누락여부 등을 검토한다. 특히 다음과 같은 사항에 대하여는 입력오류 방지 등을 위하여 중점 검토하여야 한다.

1. 정확한 인적사항의 기재여부

2. 상호 관련되는 서식간, 항목간의 불일치 및 기재누락 여부

3. 합계란의 정확 기재여부

4. 기타 오류가 발생하기 쉬운 항목

제4조(책번호 및 일련번호 부여)

신고서 등은 입력담당자별로 다음의 기준에 의하여 책번호와 일련번호를 부여, 편철한 후 입력하여야 한다.

1. 책번호１각 입력담당자별 999권 이내로 순차부여

2. 일련번호１각 책별 999매(납세자 기준) 이내로 순차부여

제5조(신고서 등 전산입력)

증권거래세 신고서 등을 접수한 담당자는 증권거래세 및 농어촌특별세 과세표준신고서(증권거래세과세표준신고서)를 신고기한 경과후 5일이내에 전산입력 및 오류정정을 완료하여야 한다.

제6조(오류정정 등)

① 세무서장은 신고서 등의 입력작업 중 입력화면상 확인할 수 있는 오류사항(세액계산오류, 주민등록번호 오류, 각종코드 오류 등)은 즉시 오류사유를 확인하고 정확히 입력하여야 한다.

② 세무서장은 국세청장이 각 세무서로부터 전송된 신고서 등의 입력파일을 세무서별로 병합하고 오류 유무를 검증한 경우에는, 오류사항을 서면조회 후 그 원인을 확인하고 정정입력하여야 하며, 신고원장금액 오류사항은 "원장오류명세서"를 출력하여 확인후 조사 또는 경정결정등 필요한 조치를 하여야 한다.

제7조(신고납부 불부합자 선정)

① 세무서장은 국세청장(전산정보관리관)이 신고서 등의 입력 오류정정과 사후결의원부의 전산수록 및 처리(수납테이프 처리 등)가 완료되어 전산에 의하여 신고서와 사후결의원부를 대사한 결과에 따라 다음과 같이 불부합자료를 선정한 경우에는 신고납부 불부합명세서를 출력하고 이를 이용하여 제2항 내지 제4항의 내용과 같이 불부합사유를 규명한다.

1. 과목경정자료

2. 취급청 경정자료

3. 주민등록번호 또는 사업자등록번호 오류자료(납세자번호 오류자료)

4. 무(과소)납부 자료

5. 과다납부자료

② 불부합자 자동검증 규명

1. 국세청장(전산정보관리관)은 신고서만 있는 불부합자료와 타세목의 사후결의원부만 있는 불부합자료(제1항 제1호 과목경정자료)를 전산선정하여 납세자번호와 납부금액이 일치한 경우는 이를 부합가능자료로 선정한다.

2. 세무서장은 제1호의 부합가능자료에 대하여 전산조회하고 사후결의원부가 정당한 것으로 확인되는 때에는 규명된 원인코드를 전산입력하여 부합된 것으로 처리한다.

③ 불부합자 수동규명

세무서장은 제2항 외의 신고납부 불부합자에 대해서는 매건별로 신고서와 사후결의원부를 대사하여 불부합사유를 추가 규명하되 필요한 경우에는 납세자가 소지한 영수증 또는 수납기관 보관용과 직접 대사하여 사유를 규명하고 납부사실이 확인되는 때에는 규명된 원인코드를 전산입력하여 부합된 것으로 처리한다.

④ 신고납부 불부합사유 규명내역서 출력 통보

제2항 및 제3항에 의한 불부합자 규명작업은 징세과와 협조하여 정확히 처리토록 하고 불부합 규명 작업이 완료된 경우에는 세원관리과장은 신고납부 불부합사유 규명내역서를 출력하여 징세과장에게 통보하여야 한다.

제8조(사후결정결의)

① 세원관리과장은 신고납부 불부합 규명작업이 끝나면 즉시 전산에 의하여 증권거래세 사후결정결의서(Ⅱ)와 부과통보서(사후결의용) 2부를 출력하고 건수, 금액 등 정확여부를 확인한 후 부과통보서(사후결의용) 1부를 징세과장에게 통보하여야 한다.

② 국세청장은 각 청별, 지방국세청장은 각 서별, 세무서장은 각 담당자별 사후결의집계표를 전산출력하여 업무에 활용할 수 있다.

제9조(무·과소납부 고지)

① 국세청장(전산정보관리관)이 신고납부자료 대사결과에 따라 무 과소납부자를 전산선정할 때에는 세무서장은 일괄당연경정결의서(Ⅳ)를 출력하고 징수결정하여야 한다.

② 세원관리과장은 부과통보서 2부를 출력하고 일괄당연경정결의서와 대사하여 정확여부를 확인한 후 1부를 징세과장에게 통보하여야 한다.

③ 세무서장은 무 과소납부자 중 출국자 및 신고후 부도발생자 등 조세채권의 조기확보를 위하여 즉시 경정이 필요한 경우는 제1항의 규정에 불구하고 개별당연경정결의를 하여야 한다. 이 경우 해당 세목의 결정(경정)결의서와 부과통보서를 즉시 출력하여 징수결정토록 하여야 한다.

④ 세무서장은 무 과소납부로 기 경정결정한 자에 대하여 결정취소 또는 경정감사유가 발생한 때에는 즉시 신고납부 불부합 사유규명 코드를 입력하고 결정취소 또는 경정감 처리하여야 한다.

제10조(환 급)

① 국세청장(전산정보관리관)은 신고납부자료의 대사작업이 끝나면 과다납부자 등 자동으로 환급하여야 할 사항은 환급대상자를 전산에 의하여 일괄 선정한다. 다만,조사가 필요한 환급인 경우에는 조사후 환급하여야 한다.

② 세무서장은 환급대상자 명세서를 출력하거나 화면조회하여 환급내용을 확인 조사한다.

③ 세무서장은 환급대상자에 대하여 증권거래세 환급결정결의서(Ⅱ)를 출력하여야 한다.

④ 세무서장은 제3항의 환급결정결의서에 대하여 환급대상자의 누락 또는 착오여부와 환급금액의 정확여부를 검토한 후 환급결정토록 하여야 한다.

⑤ 환급결정결의가 끝나면 세원관리과장은 환급통보서(갑)(을)를 출력하고 환급결정결의서와 대사하여 건수, 금액 및 환급받는 자의 정확여부를 확인한 후 환급통보서(을)를 징세과장에게 통보하여야 한다.

⑥ 세무서장은 환급대상이 된 국세 등을 납부한 자와 환급금에 대한 권리의 양도 또는 기타의 사유로 인하여 환급금의 지급대상자가 서로 다른 경우에는 정당한 지급대상자를 전산에 수록하여 환급통보서 작성시 착오가 없도록 하여야 한다.

제11조(신고실적 등 관리)

① 국세청장(전산정보관리관)은 각 세무서의 신고서 등 입력현황을 수시 조회하여 작업일정이 지연되지 않도록 확인 감독하고 입력작업이 끝나면 증권거래세 신고실적과 이를 분석한 결과에 따른 각종 자료(이하 "신고실적 등"이라 한다)를 전산에 수록하여 신고와 관련된 보고 및 부책 등의 출력에 활용토록 한다.

② 지방청의 개인납세과 세무서 세원관리과에서는 자기청 자기서의, 국세청 소비세과에서는 전국 및 각 청별 신고실적(세표) 등을 출력하여 업무에 활용한다.

③ 국세청장 또는 지방국세청장은 다음의 경우에 한하여 신고실적등을 수동작성토록하여 서면으로 제출받을 수 있다. 이 경우에도 국세청장 또는 지방국세청장이 자체 전산시스템에 의하여 조회 확인 가능한 항목은 작성대상에서 제외하여야 한다.

1. 국세통합DB에 아직 수록되지 아니한 자료로서 조속히 확인을 요하는 경우

2. 제1호의 전산출력되는 자료외의 신고실적 등으로서 반드시 필요한 경우

제 3 장 자료의 수집

제3장 자료의 수집

[자료의 수집관리체계]

제 1 절 내부자료 수집

제12조(주식이동자료)

국세청장(전산정보관리관)은 주식이동파일과 증권거래세 신고사항 및 증권거래세 결의사항을 전산대사하여 증권거래세 불부합 파일을 구축하고, 구축된 파일에 의하여『증권거래세 자료전(별지 제3호 서식)』과 『증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)』 『증권거래세 신고(결의)서 자료(별지 제2호 서식)』를 출력하여 납세지관할세무서장에게,『주식변동(을)자료 오류명세서(별지 제1호 서식)』를 출력하여 주식이동법인 관할세무서장 또는 자료입력 관할세무서장에게 각각 시달한다.

제13조(파생자료 수집)

① 지방국세청장 및 세무서장이 세무조사과정에서 수집한 조사파생자료는 당해 세무조사를 종료한 날로부터 10일 이내에 지방국세청 개인납세과장 또는 세무서의 세원관리과장에게 통보하여야 한다.

② 제1항에 의한 조사파생자료를 수보한 지방국세청의 개인납세과장은 수보한 날로부터 10일 이내에 양도자의 납세지를 관할하는 세무서의 세원관리과장에게 통보하여야 한다.

제 2 절 외부자료 수집

제14조(장외거래자료 수집)

① 증권선물위원회의 소재지를 관할하는 지방국세청의 개인납세과장은 매분기마다 장외거래자료를 수집하여 수집한 날로부터 10일 이내에 양도자의 납세지를 관할하는 지방국세청의 개인납세과장에게 통보하여야 한다.

② 제1항에 의한 장외거래자료를 수보한 지방국세청의 개인납세과장은 수보한 날로부터 10일 이내에 양도자의 납세지를 관할하는 세무서의 세원관리과장에게 통보하여야 한다.

제15조(신주인수권자료 수집)

① 증권선물위원회의 소재지를 관할하는 지방국세청의 개인납세과장은 매분기마다 유상증자를 실시하는 법인의 명단을 수집하여 수집한 날로부터 10일 이내에 당해 법인을 관할하는 지방국세청의 개인납세과장에게 통보하여야 한다.

② 제1항에 의한 법인의 명단을 수보한 지방국세청의 개인납세과장은 수보한 날로부터 10일 이내에 유상증자를 실시하는 법인을 관할하는 세무서장에게 통보하여야 한다.

제 4 장 자료처리

제4장 자료처리

[자료의 처리체계]

제 1 절 자료관리·소명안내

제16조(자료의 관리)

① 세무서의 세원관리과장은 지방국세청 또는 세무서로부터 수보한『증권거래세자료전(별지 제3호 서식)』을 수보 즉시『증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)』에 등재하여 관리한다.

② 제15조의 규정에 의한 법인의 명단을 수보한 세무서의 세원관리과장은 신주인수권자료를 수집하여 증권거래세자료전을 수동작성하고 신주인수권을 교부받은 주주의 납세지별로 구분하여『증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)』에 등재한다.

③ 타서관할 자료에 대하여는 당해 자료를 수보한 날로부터 20일 이내에 납세지 관할세무서장에게 이송하고『증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)』에 이송일자와 세무서명을 기재한다.

제17조(처리담당자의 지정)

세무서장은 위 수동 및 전산출력 자료에 대하여 처리담당자를 지정(담당자 전산입력)하여 처리토록 한다

제18조(과세자료 소명안내)

수집한 과세자료는 서면검토한 후 증권거래세 무신고자에 대하여 당해 납세의무자가 소명할 수 있도록 소명기간을 지정하여 안내문을 발송한다.

제 2 절 과세자료 처리요령

제19조(고지결정 등 처리)

① 안내문에 지정한 기한까지 소명하지 아니하거나 소명결과 무신고자로 확인되는 경우에는 자료처리결정자로 선정하여 전산입력하고 결정(경정)결의서를 전산결의 고지한다. 이 경우 양도가액을 알 수 없거나 신고한 양도가액이 증권거래세법 시행령 제4조의 양도가액 평가방법에 의하여 평가한 가액보다 낮은 경우에는 그 양도가액 평가방법에 의하여 계산한 가액으로 당해 세액을 결정한다.

② 상장법인의 주주로서 유가증권시장(증권거래법 제2조 제12항에 규정하는 시장을 말한다)을 통하여 주권 등을 양도한 사실이 확인된 때에는『증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)』에 장내거래임을 등재한 후 종결 처리한다.

③ 제2항의 경우 전산등록된 과세자료에 대하여는 처리결과 종결사항을 전산입력 한다.

제20조(불명자료의 처리)

① 납세의무자의 주소지 이전 등으로 인하여 안내문이 회송된 자료에 대하여는 그 주소지를 전산 조회하여 전출이 확인되는 경우에는 전출지를 관할하는 세무서의 세원관리과장에게 이송하여야 한다.

② 납세의무자의 주소, 성명 등의 불명으로 인하여 주소지를 확인할 수 없는 자료에 대하여는 당해 자료가 발생한 법인을 관할하는 세무서의 세원관리과장에게 반송하여야 한다.

③ 제2항에 의한 자료를 반송받은 세무서의 세원관리과장은 당해 자료가 발생한 법인에 조회하여 납세의무자의 주소, 성명, 양도한 주권 등의 수 및 양도가액에 대하여 당초 자료와 다른 내용을 확인하고 이를 정정하여야 한다.

④ 전산등록된 과세자료에 대하여는 이송 반송사항 등 처리결과를 수동으로 관리하여야 한다

제21조(무상양도자료 등의 조치)

과세자료를 처리함에 있어서 당해 주권 등이 무상 양도한 것으로 확인되거나 위장분산거래한 것으로 판명된 자료에 대하여는 증여세 등의 과세자료로 활용하도록 양도자 또는 양수자의 확인을 받아 관할세무서장에게 통보하여야 한다.

제22조(국세물납 자료의 처리)

① 국세를 주식으로 물납허가한 세무서장은 주식으로 물납한 납세자의 주소지 관할세무서장에게 그 사실을 즉시 통보하여야 한다.

② 제1항의 통보받은 세무서장은 증권거래세 신고 납부여부를 확인하여 무신고, 무납부시 고지결정하여야 한다.

제23조(주식이동자료의 처리)

① 증권거래세 자료전

가. 양도자번호,양도일자, 양도금액 및 양도 주식수가 모두 같으면 정상처리,그렇지 않으면 불부합선정하고 양도금액의 차이가 ｀1,000  이하는 부합으로 선정함

나. 같은 양도자번호로 주식변동(을)자료와 증권거래세 신고서(병)자료가 여러 건일 경우 양도일자별 양도금액을 합계하여 비교함

다. 주식변동(을)자료는 대부분 액면가액으로 입력되어 불부합 대사시 불부합이 초래되는 경우가 있으므로 주식변동(을)자료의 액면가액을 양도가액으로 수동평가하여 과세자료 활용함

라. 증권회사를 통하여 거래되는 비상장주식에 대하여 증권회사가 주식 등 변동상황명세서(갑)서식으로 신고가 있을 경우에는 양도 양수인의 변동사항을 수동확인하여 처리함

② 증권거래세 신고서 자료는 증권거래세 과세표준신고서(병)과 주식 등 변동상황명세서(을)을 상호 대사하여 신고누락여부를 비교검토 한다.

③『주식변동(을)자료 오류명세서(별지 제1호 서식)』

가. 양도자 납세자번호, 관할서코드, 양도일자 확인불가능 자료를 주식이동법인 관할세무서로 출력한 자료의 당해 관할세무서장은 오류수정하여 양도자 관할세무서장에게 수동통보하여야 한다.

나. 양도자 납세자번호, 주식이동법인 사업자등록번호, 모두 오류발생시 자료입력 세무서로 출력한 자료의 당해 자료입력 관할세무서장은 오류수정후 양도자 관할세무서장에게 수동통보하여야 한다.

제 5 장 일괄납부와 조정 및 환급(2001.5.10 신설)

제 1 절 일괄납부

제24조(일괄납부승인신청)

① 국세청장은 증권거래세 납세보전을 위하여 지장이 없다고 인정되는 경우에는 법 제3조 제2호의 규정에 의한 납세의무자로부터 본점 또는 주사무소의 소재지를 당해 납세의무자의 지점, 영업소, 기타의 사업장(이하 "지점 등 사업장"이라 한다)이 납부하는 증권거래세의 납세지로 승인할 수 있다.

② 제1항의 승인을 받고자 하는 경우에는 다음사항을 기재한 「증권거래세 일괄납부 승인신청서」를 관할세무서장에게 제출하도록 한다.

1. 신청인의 법인명, 대표자, 사업자등록번호와 법인등록번호

2. 본점 또는 주사무소의 소재지

3. 지점(영업소)명 및 사업자등록번호와 사업장소재지

4. 신청납세지와 신청사유

5. 기타 참고사항

③ 제2항의 신청서를 제출한 때에는 납세보전 입증서류 및 전산입력조작 방지 등 불성실신고·납부 방지를 위한 대안과 증권거래세 납세관리방법 등을 서면으로 제출하도록 한다.

④ 제2항의 규정에 의하여 일괄납부승인을 받고자 하는 신청인은 전산시스템에 의하여 본점 또는 주사무소와 지점 등 사업장별로 증권거래세 과세표준 신고내용(규칙 제2호 갑서식)을 과세분과 비과세(감면포함)분으로 구분하여 건수, 과세표준, 산출세액, 납부할 세액을 매일, 매월, 년간 누계치가 전산수록되어 사후관리가 가능한 상태로 7년간 유지할 수 있어야 한다.

제25조(일괄납부승인절차)

① 영 제1조의 3의 규정에 의하여 본점 또는 주사무소 일괄납부 승인신청을 받은 관할세무서장(세원관리과장)은 일괄납부하는 것에 대한 납세관리상의 의견서를 증권거래세 일괄납부승인신청서에 첨부하여 신청일로부터 7일이내에 관할지방국세청장(개인납세1과장)에게 송부한다. 이 경우 승인요건에 대한 검토확인은 조사과장에 의뢰한다.

② 제1항의 규정에 의하여 일괄납부승인신청서를 송부받은 지방국세청장(개인납세1과장)은 납세의무자가 다음 각호의 1에 해당하여 납세관리상 지장이 있다고 인정하는 경우를 제외하고는 일괄납부하는 것에 대한 검토의견서를 신청서에 첨부하여 관할세무서장으로부터 송부받은 날로부터 7일이내에 국세청장에게 송부한다.

1. 신청인이 법 제3조 제2호에 해당하지 아니한 경우

2. 신청인이 법인등록 및 사업자등록을 하지 아니한 경우

3. 증권거래법 등 관련규정에 저촉되어 유가증권 발행인의 등록이나 신고를 이행하지 아니한 증권회사가 신청한 경우

4. 신청인이 금융감독위원회의 증권업 허가를 받지아니하거나 본점, 주사무소가 외국에 소재하여 있는 경우

5. 신청일로부터 기산하여 과거 2년이내에 조세범처벌법에 의하여 처분 또는 처벌을 받은 사실이 있는 경우

6. 신청일로부터 기산하여 과거 2년이내에 세법에 의한 경정조사시 수입금액누락이 3천만원이상 발견된 경우

7. 신청일로부터 기산하여 과거 2년이내에 국세 또는 지방세를 체납한 사실이 있는 경우

8. 신청인이 증권거래법 등 관련규정에 저촉되어 금융감독원장으로부터 경영개선 명령을 받고 2년이 경과하지 아니한 경우

③ 국세청장은 제2항의 규정에 의하여 신청인이 제출하여 지방국세청장으로부터 송부받은 일괄납부승인신청 내용을 최종 검토하여 송부받은 날로부터 15일내에 승인하고 증권거래세 일괄납부승인서(별지 제5호 및 5-1호 서식)를 관할 지방국세청장 및 세무서장에게 통보한다.

④ 제2항 및 제3항의 규정에 의한 일괄납부승인신청 및 승인은 별지 제5호 및 제5-1호서식의 증권거래세 일괄납부승인신청서 및 동 승인서에 의하고 제4항의 규정에 의한 증권거래세 일괄납부승인변경신청 및 승인은 별지 제6호서식의 증권거래세 일괄납부변경승인신청서 및 동 승인서에 의한다.

제26조(일괄납부승인의 변경)

① 본점 또는 주사무소 일괄납부승인을 받은 자가 승인한 내용에 변경이 있어 일괄납부변경승인신청을 하는 경우 신청을 받은 관할세무서장은 다음 각호에 의하여 처리한다.

1. 지점, 주사업장 등의 신설로 인한 변경신청은 제24조의 신규승인절차를 준용하여 처리한다.

2. 본점 또는 주사무소의 이동 등으로 인한 변경신청은 이전 후 관할지방국세청장이 일괄납부변경승인을 하고 국세청장에게 보고하여야 하며 이전 전 본점, 주사무소 관할지방국세청장과 지점 등 사업장 관할지방국세청장에게 각각 통보한다.

3. 지점 등 사업장의 이전으로 인한 변경신청은 본점, 주사무소 관할지방국세청장이 사업장 이전사실 등을 확인하여 일괄납부변경승인을 하고 그 사실을 이전 후의 지점 등 사업장 관할지방국세청장에게 통보한다.

② 지방국세청장은 일괄납부승인변경신청 내용이 제24조 및 제25조의 승인요건에 부적합하다고 판단되는 경우에는 일괄납부승인신청을 기각하고 신청인에게 통지(별지 제8호 서식) 하여야 하며 그 사실을 국세청장에게 보고한다.

제27조(일괄납부승인의 철회 및 포기)

① 국세청장(소비세과장)은 제24조의 규정에 의하여 일괄납부승인을 받은 자가 사업내용의 변경 기타 사정변경에 의하여 본점 또는 주사무소에서 일괄납부하는 것이 적당하지 아니하다고 인정되는 때에는 일괄납부의 승인을 철회할 수 있다.

② 제24조의 규정에 의하여 일괄납부승인을 얻은 자가 사정변경으로 일괄납부를 포기하고 각 지점 등 사업장별로 납부하고자 할 경우에는 그 납부하고자 하는 기간 개시 30일전에 다음 각호의 사항을 기재한 일괄납부포기신고서(별지 제7호서식)를 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 제출하도록 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 일괄납부포기사유

3. 기타 참고사항

③ 제2항의 규정에 의하여 일괄납부의 포기신고를 받은 본점 또는 주사무소 관할세무서장은 포기사실을 관할지방국세청장을 거쳐 국세청장에게 보고하여야 하며 지점 등 사업장 관할세무서장에게 즉시 당해 사실을 통보한다.

제28조(일괄납부승인신청의 기각)

국세청장은 제25조의 규정에 의하여 일괄납부 하기에 부적합하다고 판단될 경우에는 "증권거래세 일괄납부기각통지서(별지 제8호서식)을 수동작성하여 신청일로부터 30일이내에 관할지방국세청 및 세무서장을 거쳐 신청인에게 통지한다.

제29조(일괄납부시기)

증권거래세 일괄납부승인 또는 변경승인을 받은 자는 그 승인을 받은 달의 양도분에 대한 세액부터 일괄하여 본점 또는 주사무소에서 지점 등 사업장이 납부하는 증권거래세를 일괄하여 납부한다. 다만, 지점 등 사업장에 대한 매월분의 증권거래세 과세표준 신고는 증권거래세법 제10조의 규정에 의하여 세무서장별로 신고한다.

제30조(신고·수정신고)

일괄납부승인을 받은 사업자의 신고·수정신고 및 경정은 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 지점 등 사업자에 대한 매월분의 증권거래세 과세표준 신고는 증권거래세법 제10조의 규정에 의하여 관할세무서장에게, 국세기본법 제45조에 의한 수정신고는 사유가 발생한 지점 등 사업장의 관할세무서장에게 수정신고서를 각각 제출하도록 한다.

2. 제1호의 규정에 의한 신고·수정신고에 대하여 본점, 주사무소 관할세무서장에게 일괄납부할 경우에 「지점, 영업소별 증권거래세 과세표준 및 납부(환급)세액 신고명세서(별지 제9호 서식)」를 제출하도록 한다.

3. 본점, 주사무소 일괄납부승인을 받은 자로써 본점, 주사무소 및 지점 등 사업장의 경정사유가 발생한 경우에는 그 사유가 발생한 관할세무서장이 경정결정·고지하고 그 내용을 본점, 주사무소 관할세무서장에게 통보한다.

제31조(관계부책의 비치 및 기록관리)

국세청장, 지방국세청장 및 세무서장은 일괄납부와 관련하여 다음 각호의 서류를 비치하고 기록·관리한다.

1. 국세청장, 지방국세청장은 일괄납부승인대장(별지 제10호 서식)을 비치하여 기록·관리한다.

2. 일괄납부승인을 받은 본점, 주사무소 관할세무서장은「일괄납부승인대장과」과 「일괄납부관리대장(별지 제11호 서식)」을 비치하여 기록·관리한다.

제32조(일괄납부의 전산관리)

지방국세청장 및 세무서장은 일괄납부업무와 관련하여 다음 사항을 전산관리 한다.

1. 일괄납부의 승인(변경승인) 및 철회사실은 지방국세청장(개인납세1과장)이 전산입력하고 일괄납부 기각통지는 그 사유를 명시하고 수동 작성하여 신청인에게 통지한다.

2. 본점, 주사무소 및 지점 사업장 관할세무서 및 지방국세청과 국세청에서는 일괄납부에 관한 세적사항을 전산조회 등의 방법으로 활용한다.

제 2 절 조정 및 환급

제33조(세액의 조정)

법 제3조 제1호의 납세의무자가 당초 증권거래세 신고한 내용에 따라 납부한 사실이 있어 과오납이 발생한 경우에는 납부할 세액에서 조정하여 차감한 세액을 납부하거나 납부할 세액이 없을 경우 환급한다. 다만, 과오납이 발생한 날의 신고·납부기한 종료일의 다음 날부터 6월이 경과한 때에는 조정 또는 환급하지 아니한다.

제34조(신고서의 검토)

제33조의 규정에 의하여 증권거래세 조정환급이 발생한 때에는 관할세무서장(세원관리과장)은 증권거래세 과세표준신고서 및 조정환급명세서(규칙 제2호 갑서식 부표)를 확인하고 당초 거래징수한 내용의 적정여부와 조정환급 내용의 타당성 등을 검토하여 부당하게 조정환급하는 일이 없도록 철저히 관리한다

부칙 (□97. 2. 5 국세청훈령 제1267호)

① (시행일) 이 훈령은 □97. 3. 1부터 시행한다.

② 종전의 증권거래세 과세자료 처리규정(국세청훈령 제1056호, □89. 11. 5)은 이를 폐지하고 동규정에 의거 증권거래세 자료를 처리하고 있는 사항은 이 훈령에 따라 처리하는 것으로 본다.

부칙 (□99. 8. 20 국세청훈령 제1397호)

① (시행일) 이 규정은 1999년 9월 1일부터 시행한다.

② (경과조치) 이 규정사항 당시 종전의 규정에 의하여 조치된 사항은 이 규정의 시행으로 조치된 것으로 본다.

부칙 (2001. 5.10. 국세청훈령 제1459호)

① (시행일) 이 규정은 2001년  5월 10일부터 시행한다.

② (일반적경과조치) 이 규정 시행당시 종전의 규정에 의하여 조치된 사항은 이 규정에 의하여 조치된 것으로 본다.