법인세 주제별 가이드	10

결손금의 이월공제와 소급공제

2003. 11.

	국 세 청

본 교재는 종사직원 및 납세자의 이해를 돕기 위하여 작성된 것이므로 실지 적용에 있어서는 개별사안별으로 관련 규정을 검토하여 처리하시기 바랍니다.

차 례

Ⅰ. 개 요	1

Ⅱ. 결손금의 이월공제	2

1. 이월결손금	2

2. 합병시 이월결손금 승계	5

3. 역합병시 이월결손금 공제 배제	12

4. 분할시 분할법인의 결손금 승계 여부	15

5. 조직변경시 결손금 승계 여부	15

Ⅲ. 결손금의 소급공제	16

1. 결손금 소급공제 요건	16

2. 환급되는 법인세액의 범위	18

3. 소급공제한 결손금의 이월공제 배제	19

4. 환급 법인세액의 추징	20

5. 법인세액의 추가 환급	21

<참고> 결손금 소급공제의 특례	22

Ⅳ. 결손금 관련 계산사례	23

Ⅰ. 개 요

□ 결손금이란 각 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과금액을 말하는 것으로(법§14□)

- 위 결손금은 법인이 다음 사업연도로 이월하여 공제받을 수 있으며,

- 중소기업의 경우에는 이월공제방법과 소급공제방법 중 법인이 임의로 선택할 수 있음.

*  소급 공제받은 결손금은 이월결손금으로 중복공제 되지 않음.

□ 결손금이란

		각사업연도 결손금	=	손금의 총액	-	익금의 총액

□ 즉, 負(-)의 소득금액임.

□  비영리법인 경우에는 법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에서 생긴 負의 소득금액을 말함.(규칙 §4□)

□  면제사업과 과세사업을 겸영하는 법인에 있어서 면제사업에서 생긴   결손금이 과세소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 결손금으로 하며, 이와 반대로 되는 경우에도 또한 같음.

(통칙 14-0…3)

□ 결손금의 공제방법

□ 이월공제방법 : 당기의 결손금을 이후 사업연도 소득에서 공제

□ 소급공제방법 : 당기 결손금에 상당하는 세액을 당기 이전 사업연도의 납부한 세액에서 환급

Ⅱ. 결손금의 이월공제

□ 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 이후 각 사업연도의 과세표준 계산시 공제되지 아니한 결손금은 법인세 과세표준시 이를 공제함.

1. 이월결손금

가. 공제 가능한 결손금

□ 법인세 과세표준을 계산함에 있어서 공제되는 이월결손금은 당해사업연도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서

- 그 이후 각 사업연도의 과세표준계산시 손금에 산입하지 아니하거나 공제되지 아니한 결손금임.(법§13.1호)

◐ 공제대상 결손금

결산기			(3기)		(4기)			(5기)				(6기)			(7기)			(8기)
98.1.1				99.1.1		00.1.1				01.1.1				02.1.1		03.1.1				03.12.31
							공제대상 결손금												당 해 사업연도

* 사업연도 종료일이 6.30인 법인이 1998연도 중 사업연도를 변경한 경우

∀ 2003.1.1∼2003.12.31 사업연도에는 1998.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도에서 발생한 결손금부터 공제 가능하므로 1997.7.1 ∼1998.6.30사업연도 중에 발생한 결손금 전액을 공제할 수 없음.

□ 재평가적립금 등으로 충당된 이월결손금

- 자산재평가법의 규정에 의한 재평가적립금, 주식발행액면초과액, 감자차익, 합병차익 및 분할차익으로 충당된 이월결손금(통칙 13-10…1)

- 조세특례제한법에 의한 기업합리화적립금으로 보전된 이월결손금은 종전규정에 의하여 이월결손금 공제 가능함.

(2003.3.26 개정 재경부령 부칙 §3 및 §5)

- 기업발전적립금 또는 재평가적립금으로 보전 또는 충당된 이월결손금은   종전규정에 의하여 이월결손금 공제 가능함.

(2002.3.30 개정 재경부령 부칙 §7)

□ 추계결정 등으로 공제되지 아니한 이월결손금

- 법인세의 과세표준과 세액을 추계결정 또는 경정함에 따라 법 제68조 본문규정에 의하여 공제되지 아니한 이월결손금(규칙 §4□1호)

□ 추계결정(경정)시에는 이월결손금 공제가 배제됨.

□ 일정 요건을 갖춘 합병의 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금(□2. 합병시 이월결손금 승계□ 참조)

◐ 법인세법 제45조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 합병등기일 전 5년 이내에 개시한 사업연도 중 피합병법인이 다른 법인을 흡수합병하면서 같은 규정에 의하여 그 다른 법인으로부터 승계받은 이월결손금 중

- 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액은  같은법시행령 제81조 제1항의 규정에 의한 승계결손금의 범위액에 포함되는 것임.(서이46012-10613, 2001.11.26)

나. 공제 불가능한 결손금

□ 당해사업연도 개시일전 5년 전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금

□ 당해사업연도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 과세표준 계산시 이미 공제된 결손금

□ 법 제72조 제1항 및 구 조특법 제8조의 3(2002.12.11 삭제) 규정에 의하여 소급공제 받은 결손금

□ 법 제18조 제8호의 규정에 의하여 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 등으로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금(시행령 §10②)

□ 채무면제익 등을 이월결손금에 보전하는 경우에는 익금불산입하며, 이 경우 이월결손금은 공제기한이 경과한 것도 포함됨.

□ 조합법인 등 당기순이익 과세법인의 이월결손금

다. 누적된 이월결손금 공제 순서

□ 법인이 과세표준을 계산함에 있어서 공제되는 이월결손금은 먼저 발생한 사업연도부터 순차로 공제하며 공제받을 사업연도를 법인이 임의로 선택하여 적용받을 수 없음.

◐ 국세기본법 제26조의2 제1항의 규정에 의거 법인세의 부과제척기간이 만료된 날 이후에는 각 사업년도의 결손금을 조정할 수 없음.

(재경원기법46019-195, 1996.7.1)

◐ 법인이 과세표준신고시 손금에 산입하지 아니하고 신고한 손금에 대해 수정신고기한이 경과하였으며 정부의 경정처분이 없는 경우, 신고누락액을 당해 사업연도 이전에 손금으로 계상하였더라면 발생할 수 있는 이월결손금이라 하더라도 이후 과세표준에서 공제할 수 없음.(국심92서1742, 1992.7.16)

2. 합병시 이월결손금 승계

□ 이월결손금은 당해 법인의 각 사업연도 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 이후 각 사업연도의 과세표준계산시 공제되지 아니한 금액을 말하므로 피합병법인의 이월결손금은 원칙적으로 합병법인이 공제할 수 없으나,

- 1999.1.1. 이후 최초로 합병하는 분부터 일정요건을 갖춘 합병의 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 안에서 합병법인이 승계받아 공제할 수 있음.

가. 피합병법인의 이월결손금 승계

□ 피합병법인의 이월결손금은 합병법인에게 승계되지 아니하는 것이 원칙이나(합병대가에 이미 반영됨) 다음의 요건을 모두 갖춘 합병인 경우 피합병법인의 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아

- 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 합병법인의 각 사업연도 과세표준 계산시 이를 공제함.(법§45□)

나. 피합병법인의 이월결손금 승계 요건(□∼□모두 충족)

□ 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것

<참고> 기업인수·합병 등에 관한 회계처리 준칙상 지분통합법

□ 기업결합에 있어서 다음 요건을 갖춘 매수회사를 파악할 수 없는  기업결합은 지분통합 기업결합으로 보고 지분통합법으로 회계처리

- 결합을 위하여 상대방 의결권 주식의 90%이상과 교환 또는 통합

- 결합참여회사간 순자산 공정가액의 차이가 중요하지 않아야 함.

- 결합참여회사 주주들간 결합전 상대적 의결권 또는 지분율이 결합으로 인하여 변동되어서는 아니됨.

□ 지분통합법의 회계처리 방법

- 결합참여회사의 자산·부채·자본은 장부가액으로 승계

□ 영업권 또는 부의 영업권이 발생하지 않음.

- 지분통합을 위하여 발행한 주식액면 총액이 결합참여회사의 자본금을 초과하는 경우 그 차이는 결합실체의 자본잉여금과 이익잉여금의 순서로 차감하고 반대로 미달하는 경우에는 자본잉여금에 가산

- 결합시 보유중인 자기주식을 교부한 경우에는 자기주식을 소각하고 신주식을 발행한 것처럼 회계처리

□ 법 제44조 제1항 각 호(아래 □∼□ 요건 모두 총족)에 해당할 것

□ 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

□ 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식 등이 가액이 100분의 95 이상일 것(2001.12.31 개정)

* 종전에는 합병대가의 총 합계액 중 주식 등의 가액이 95% 이상이었으나, 피합병법인의 주식을 100% 소유한 회사를 흡수합병하면서 대가를 지급하지 않는 경우 요건 충족이 어려운 점을 감안하여 개정

□ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

* 종전에는 법 §44①각호의 요건을 충족하더라도 법 §52①의 규정에 의한 특수관계자 외의 법인간의 합병으로 한정하였으나 2001.12.31. 법률 개정으로 특수관계자간의 합병이라도 이월결손금 승계 허용

□ 2001.12.31일이 속하는 사업연도에 합병하는 분부터 적용(부칙 §6조)

《특수관계자간 합병에 대한 예외》□ 2001.12.31 법률 개정전

◐ 1999.1.1. 현재 특수관계가 없는 법인의 주식을 주채권은행의 승인을 얻어 합병을 목적으로 취득한 경우로서 1999.12.31.이전에 당해 법인을 합병한 경우에는 법인세법시행령 제88조 제2항 단서의 규정에 불구하고 특수관계가 없는 법인간의 합병으로 보아 법인세법 제45조 제1항 제1호의 규정을 적용함.

(1998.12.31 법인세법시행령 개정부칙 제13조 제4항)

◐ 내국법인이 1999.12.31.이전에 법인세법 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 다른 내국법인과 동법 제44조 제1항 각호 및 제45조 제1항 제2호·제3호의 요건을 갖추어 합병하는 경우에는 동법 제45조 제1항 제1호의 규정에 불구하고 이월결손금 공제를 허용함.

(조세특례제한법 제47조의2 제1항)

□ 1999.8.31.이 속하는 사업연도에 합병하는 분부터 적용함.

(1999.8.31 조세특례제한법 개정부칙 제6조 제1항)

□ 합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

《예 외》

◑ 금융기관이 금융산업의구조개선에관한법률에 의하여 1999.12.31. 이전에 합병하는 경우 법인세법 제45조 제1항 제2호의 요건(위 □)을 갖추지 아니한 경우에도 합병으로 인하여 소멸하는 금융기관의 결손금에 대하여는 이월결손금 공제를 허용함.(조세특례제한법 제49조 제2항)

□ 1999.8.31.이 속하는 사업연도에 합병하는 분부터 적용함.

(1999.8.31.조세특례제한법 개정부칙 제6조 제1항)

□ 합병법인이 법 제113조 제3항의 규정에 의하여 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분경리할 것

다. 승계되는 이월결손금의 범위

□ 합병법인의 각 사업연도의 과세표준에 있어서 승계되는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금으로

- 5년 이내 결손금 여부를 판단하는 기준인 사업연도 개시일을 합병등기일로 보아 계산한 금액을 말함.(시행령§81□)

□ 즉, 피합병법인의 의제사업연도의 결손금을 포함하여 5년 이내의 결손금만 승계되는 것임.

- 또한, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 경과한 것으로 보아 계산한 금액을 승계된 결손금으로 봄.

□ 합병법인의 각 사업연도별 승계결손금의 범위(규칙 §41□)

□ 합병등기일이 속하는 사업연도의 승계결손금 범위액

- 합병등기일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 피합병법인의 결손금으로서 그 이후 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

※ 승계가능한 결손금의 범위

98.1.1					99.1.1				00.1.1								01.1.1						02.1.1				03.1.1					03.12.31
																															03.7.1. (합병)
																승계 가능한 결손금

□ 합병등기일 속하는 다음사업연도 승계결손금의 범위액 :

아래 □에서 □ 및 ③을 차감한 금액

□ 당해 사업연도의 합병등기일 해당일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 피합병법인의 결손금

□ 당해 사업연도의 개시일전에 승계하여 공제한 결손금

□ 구 법인세법시행령 제81조 제2항(2002.12.30 삭제) 규정에 의하여 승계결손금의 범위액에서 차감하는 금액(승계사업에서  발생한 결손금)

*  위 ③ 승계사업에서 발생한 결손금을 승계결손금의 범위에서 차감하도록 한 규정은 합병하지 않고 사업을 영위하는 법인과의 형평을 고려하여 2003.1.1이후 최초로 공제하는 분부터 폐지함.

라. 승계결손금의 공제방법

□ 승계받은 사업에서 소득이 발생한 경우

□ 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 순차로 공제하며, 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 및 결손금의 계산은 시행규칙   제77조 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 구분경리 방법에 의함.

* 합병법인의 기존 사업에서 발생한 소득금액에서 공제할 수 없음.

□ 승계받은 사업에서 결손금이 발생한 경우

□ 합병법인의 각 사업연도에 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 결손금이 발생한 경우 동 결손금은 합병법인의 기존 사업부문의 소득에서도 공제가 가능

□ 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일 전에 승계받은 사업의 일부를 폐지한 경우

□ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하지 아니한 경우에는 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제할 수 없음.

- 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하거나 승계받은 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 사업을 계속 영위하지 아니한 것으로 봄.(시행령 §81③)

- 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 그 일부만 계속하는 경우 승계결손금의 범위액은 승계한 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로 함.

마. 공제한 이월결손금의 익금산입

□ 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는

- 공제한 결손금 전액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입함.(법§45□)

□ 사업폐지의 판정기준(시행령§81□)

-  피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2/3이상을 처분하거나   승계한 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우

- 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업한 경우

* 승계한 사업이 2이상인 경우 각 사업별로 판정하며, 2 이상의 사업을 승계받아 일부만 폐지한 경우 익금산입액은 각 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로 함.

◐ 분할로 인한 사업부문 분리가 사업폐지에 해당하는지 여부

- 법인세법 제44조의 규정에 의하여 합병평가차익상당액을 손금산입한 법인이 분할로 인하여 일부 사업부문을 분리하는 경우에는 같은조  제2항에 규정된 □사업의 폐지□에 해당하지 아니하는 것으로 □3년내   승계사업 폐지 여부□는 분할신설법인의 승계사업 영위기간을 포함하여 판단하는 것임.(서이46012-11932, 2002.10.21)

3. 역합병시 이월결손금 공제 배제

□ 피합병법인의 이월결손금은 원칙적으로 합병법인이 공제할 수 없으며, 공제하더라도 승계받은 사업에서 발생하는 소득의 범위 안에서만 공제할 수 있는 점을 회피하기 위하여

- 사실상 건실한 법인이 부실법인을 흡수합병 하였음에도 형식상 이월결손금 많은 부실법인을 합병법인으로 하는 등 시행령§81□에 해당되는 역합병의 경우에는

- 조세회피목적의 부당합병을 규제하기 위한 차원에서 1996.1.1.이후 최초로 합병등기하는 분부터 합병법인의 각 사업연도 소득금액계산시 이월결손금의 공제를 배제함.

가. 합병법인의 이월결손금 공제

- 합병법인에서 발생한 이월결손금은 합병 후에도 계속하여 공제하는 것이 원칙이나 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정 되는 경우(이하 □역합병□이라 함)에는 합병법인의 이월결손금을 합병법인의 각 사업연도 과세표준계산시 공제하지 아니함.(법§45□)

나. 역합병 해당 요건(시행령§81□) □ 3가지 모두 충족

□ 소유주식 또는 출자지분 요건

- 하나의 법인이 다른 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20이상을 소유하거나 출자하고 있는 당해 법인간의 합병이거나

- 동일인이 2이상의 법인에 대하여 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 각각 소유하거나 출자하고 있는 당해 법인간의 합병일 것

* 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 개시일(개시일이 서로 다른 경우에는 먼저 개시한 날)부터 합병등기일까지의 현황에 의함.(시행령§81□)

* 1998.12.31. 이전 합병의 경우 합병등기일 현재의 현황에 의함.

◐ □동일인이 2이상의 법인에 대하여 총발행주식수 또는 총출자지분의 30）이상을 각각 소유하거나 출자하고 있는 경우 당해 법인간의 합병일 것”에 해당되는지의 여부를 판단함에 있어

- 합병대상법인의 출자자에게 100）를 출자하고 있는 다른 법인은  당해 합병대상법인의 출자자로 볼 수 없는 것임.

(법인46012-1134, 1998.05.04)

* 위 A법인과 B법인이 합병하는 경우에 C법인은 A법인 및

B법인에 대하여 30%이상 출자하고 있는 동일인이 아님.

□ 합병주체에 대한 요건

- 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 할 것

◐ 법인세법시행령 제81조 제4항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 “법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금이 많은 법인”은 동조 제5항의 규정에 의하여 합병등기일 현재의 현황에 의하는 것으로 합병법인과 피합병법인 중 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 이월결손금이 많은 법인을 말하는 것임.(서이46012-10263, 2003.2.6)

□ 상호변경 요건

- 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병하는 경우에는 먼저 개시한 날을 말함)로부터 합병등기일까지의 기간 중에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 미리 변경등기 하였거나(선 상호변경, 후 합병)

- 합병등기일후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기 할 것(선 합병, 후 상호변경)

≪예시≫

◐ 피합병법인의 상호 앞부분에 “신”자만을 추가한 상호로 변경등기한 경우는 사실상 피합병법인의 상호로 변경한 것으로 봄.

(법인46012-1783, 1998.07.02)

◐ 합병법인의 과세표준계산시 이월결손금 불공제 요건의 하나인 □합병등기후 2년이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것”에 해당되는지를 판단함에 있어, 합병법인이 자신의 상호를 피합병법인의 상호인 “한국자동차(주)”에서 “자동차”를 뺀 “(주)한국”으로하여 변경등기 하는 경우에는 피합병법인으로 상호를 변경한 것으로 보지 아니하는 것임.(법인46012-2958, 1998.10.12)

◐ 이미 대외적으로 알려져 있는 피합병법인의 영문약자상호 등을 한글로 표기한 합병법인의 상호는 □피합병법인의 상호로 변경등기할 것□으로 인정되는 경우 이월결손금 불공제되는 합병으로 보는 요건 중에 해당함.(법인46012-3141, 1996.11.12)

- 예) □한국□ → □KOREA"

다. 선 합병, 후 상호변경시 공제 결손금 익금산입

□ 상기 □ 및 □의 요건에 모두 해당되는 합병법인이 합병법인의 이월결손금을 공제한 후 □의 요건 중 □선 합병, 후 상호변경□에 해당되는 경우에는

- 상호변경일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 기 공제한 이월결손금을 익금에 산입함.(시행령§81□)

4. 분할시 분할법인의 결손금 승계 여부 □ 승계 안됨

□ 이월결손금이 있는 내국법인이 분할한 후 존속하는 경우, 동 결손금은 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인에게 승계되지 아니하는 것으로서 분할법인의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 이를 공제하는 것임.

(법인 46012-3384, 1999.8.31)

5. 조직변경시 결손금 승계 여부 □ 승계됨

□ 법인이 상법, 기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경하고 사업을 계속하는 때에는 조직변경전의 법인세법 제13조 제1항의 규정에 의한 이월결손금 및 세무조정시 사내유보로 소득처분된 금액은 조직변경후의 법인에 승계되는 것임.(법인46012-1698, 2000.8.07)

Ⅲ. 결손금의 소급공제

□ 중소기업은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 차후 사업연도로 이월하여 공제하는 이월공제방법 외에도 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세를 한도로 결손금 소급공제 방법에 의하여 법인세를  환급을 받을 수 있음.

* 소급공제된 결손금은 향후 이월공제가 배제됨.

1. 결손금 소급공제 요건(법§72)

가. 조세특례제한법시행령 제2조 규정에 의한 중소기업이어야 함.

◐ 대규모기업집단에 속하는 법인에서 제외됨에 따라 중소기업에 해당되는 경우에는 그 통지를 받은 날이 속하는 사업연도부터 결손금소급공제에 의한 환급이 적용됨.(서이46012-10641, 2001.11.30)

◐ 종업원수 기준 등의 변경으로 중소기업에 새로이 해당하게 된 경우는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 결손금소급공제 대상 중소기업으로 봄.(법인46012-1065, 1998.4.28)

◐ 중소기업에 해당하는 법인이 합병으로 인하여 소멸하는 경우에도 그 합병등기일이 속하는 사업연도에 발생한 결손금에 대하여 법 제72조  규정의 결손금소급공제에 의한 환급신청을 할 수 있음.(통칙 72-110…1)

◐ 합병후 존속하는 법인의 합병등기일 이후 사업연도에서 발생한 결손금에 대하여는 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도에 부과된 법인세액을 환급신청할 수 없음.(법인46012-1760, 1999.5.10)

◐  법인이 사업연도 중에 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 본문에 규정된 사업을 폐업하더라도 조세특례제한법시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 경우에는 그 폐업일이 속하는 사업연도에 발생한 결손금에 대하여 법인세법 제72조(결손금 소급공제에 의한 환급)의 규정을 적용할 수 있음.(재경부법인46012-75, 2003.4.30)

◐ 법인세법 제38조의2 규정에 의한 결손금 소급공제에 의한 환급은 법인이 환급대상 사업연도 종료일 이후에 다른 법인에 피합병되어 소멸되는 경우에도 적용되는 것임.(법인46012-1255, 1998.5.14)

나. 소급공제 받고자하는 결손금이 발생한 사업연도의 과세표준 신고일까지 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 함.

- 법 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 □소급공제법인세액환급신청서□를 제출하지 아니한 경우의 결손금은 시행령 제10조의 규정에 따라 공제하는 것으로서 국세기본법 제45조의2 규정에 의한 경정 등의 청구에 의하여 소급공제 되지 아니함.(통칙 72-110…2)

- 법인세과세표준신고시 과세소득이 있어 □소급공제법인세액환급신청서□를 제출하지 아니한 법인이 경정청구에 의하여 손금을 추인받음에 따라 결손금이 발생한 경우 소급공제에 의한 환급 불가

※『소급공제법인세액환급신청서』는 법인세과세표준 신고서에 부수되는 것이 아니라 별도의 국세기본법상 과세표준신고서로 보는 것이므로

(행정법원 2000.6.2선고)

동 신청서를 제출하지 않은 경우에는 경정청구에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급을 할 수 없음.

(같은 뜻 재경부소득 46073-203, 2001.11.2)

다. 결손금이 발생한 사업연도 및 환급대상사업연도인 직전사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우이어야 함.

2. 환급되는 법인세액의 범위(시행령§110)

□  아래 □과 □중 적은 금액을 환급세액으로 함.

□ 직전사업연도 법인세 산출세액 - 공제 또는 감면된 법인세액

□ 직전사업연도 법인세 산출세액 - [(직전사업연도 과세표준 - 소급공제 결손금) × 직전사업연도 법인세율]

◐ 결손금소급공제에 의해 법인세를 환급받는 경우에도 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 부가되는 농어촌특별세는 환급하지 않음.

(서이46012-10328, 2001.10.10)

◐ 결손금소급공제에 의한 환급후 경정으로 인해 직전 사업연도의 법인세 과세표준이 증가한 경우 경정 등의 청구절차에 의해 추가로 환급신청할 수 있음.(법인46012-1644,2000.7.26)

*  환급금의 기산일 : 환급신고일로부터 30일이 경과한 때의 다음날

(징세46101-77, 2001.1.31)

◐ 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 계산함에 있어 ‘직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액’의 범위에는 정부의 경정결정으로 추가납부하는 세액을 포함함.(법인46012-888, 1998.4.9)

◐ 결손금소급공제에 의한 환급받을 세액 계산시 직전사업연도에 대한 수정신고 납부세액(가산세 제외)을 포함함.(법인46012-1159, 1999.3.30)

◐ 법인세법 제72조의 규정에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급을 받은 법인이 국세기본법 제45조의2의 규정에 의한 경정청구에 의하여 결손금이 발생한 사업연도의 결손금이 증가된 경우 추가로 결손금소급공제를 받을 수 있는 것임.(재경부법인46012-189, 2000.11.22)

3. 소급공제한 결손금의 이월공제 배제

□  소급공제한 당해 결손금은 법 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 것으로 보는 것이므로

□ 향후 소급공제 결손금은 이월결손금으로 공제되지 아니하며, 반대로 결손금 소급공제를 신청하지 않으면 자동적으로 5년간 이월하여 이월결손금으로 공제되며

- 직전사업연도의 공제 또는 감면된 법인세액으로 인하여 소급공제받지 못한 결손금 상당액은 이월결손금으로 이후 사업연도의 각 사업연도 소득금액에서 공제받을 수 있음.(법인46012-1311, 2000.6.7)

□ 공제감면세액에 상당하는 결손금 상당액 계산방법

□ 공제감면세액이 15,000,000(세율 15%시)이하인 경우

- 산식 : 공제감면세액 ÷ 0.15

□ 공제감면세액이 15,000,000을 초과하는 경우(세율 27%시)

- 산식 : 100,000,000 + (15,000,000초과 공제감면세액 ÷ 0.27)

4. 환급 법인세액의 추징(법§72□)

□  결손금이 감소된 경우

□ 소급공제 환급 후 결손금이 발생한 사업연도의 법인세 과세표준을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우 아래 □과 □에 의하여 계산된 이자상당액을 가산한 금액을 추징함.(법§72□)

□ 이 경우 당초 발생한 결손금중 일부만 소급공제 받은 경우에는 공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 봄.(시행령§110□)

□ 추가징수세액
		당초환급세액×	감소된 결손금액으로서 소급공제 받지 아니한 결손금을 초과하는 금액
			소급공제 결손금액
□ 이자상당액(시행령§110□)
	- □의 금액 × 기간 × 1일 1만분의 3 * 기간 : 당초환급세액의 통지일 다음날부터 추가징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간 * 2003.1.1이후 최초로 신고기한이 도래하는 분에 대하여는 1일 1만분의 3, 그 이전은 1일 1만분의 4

□  직전사업연도 법인세액 등이 감소된 경우

□ 당초 소급공제 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산시 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 감소된 경우 과다하게 환급한 세액 상당액을 추징하며

- 이 경우에도 상기 이자상당액을 가산하여 징수함.(시행령§110□)

5. 법인세액의 추가 환급

□  결손금이 증가된 경우

□ 결손금소급공제에 의한 환급을 받은 법인이 경정청구에 의해 결손금이 발생한 사업연도의 결손금이 증가된 경우 추가로 결손금 소급공제됨.

(재경부법인46012-189, 2000.11.22)

- 이 경우도 당초 소급공제 환급신청을 한 경우에 한함.

* 당초 결손금이 1억원이 발생하여 1억원만 결손금소급공제 신청하였으나 경정으로 인하여 결손금이 1억2천만으로 증가한 경우 증가한 2천만원은 경정청구에 의하여 추가로 환급 받을 수 있음.

□ 소급공제와 이월공제는 법인의 선택사항이므로 경정시 직권으로 환급결정하는 것은 아님.

□  직전사업연도 법인세액 등이 증가된 경우

□ 당초 소급공제 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 증가된 경우 과소환급 세액 상당액을 추가로 환급함.(시행령 §110□)

- 이 경우도 당초 소급공제 환급신청을 한 경우에 한함.

<참 고> 결손금 소급공제의 특례

조세특례제한법 제8조의3 규정이 2001.8.14 신설되어 2002.12.11 삭제되었으나 업무편의를 위해 참고로 수록함.

□ 근거법령 및 내용

□ 근거 법령 : 조세특례제한법 제8조의 3(2002.12.11 삭제)

□ 내용 □ 환급대상 사업연도를 직전전사업연도까지 확장

- 법인세법 제72조의 규정을 적용함에 있어서 2002.12.31. 이전에 종료하는 사업연도에 결손금이 발생한 경우에는 직전사업연도 및 직전전 사업연도의 소득에 과세된 법인세액을 한도로 환급

- 직전사업연도와 직전전사업연도 당해 중소기업의 법인세 납부세액이 있는 경우에는 직전전사업연도의 과세표준에서 결손금을 먼저 공제함.

(조특법시행령 §7의3□)

□ 적용기간

□  2001.8.14일이 속하는 사업연도에 결손금이 발생한 경우부터 적용하되 2002.12.31. 이전에 종료하는 사업연도 발생분까지에 한하여 적용

(조특법 부칙 제3조, 2001.8.14 개정 및 동 부칙 제2조, 2002.12.11 폐지)

* 사업연도 종료일이 2002.12.31 이후 도래하는 법인의 경우 직전전사업연도분에 대한 소급공제를 적용받을 수 없음.

· 8월∼12월말 법인 : 2001, 2002사업연도(2번) 환급특례 적용

· 1월∼7월말 법인 : 2002사업연도(1번)만 환급특례 적용

Ⅳ. 결손금 관련 계산사례

1. 사업연도가 변경된 경우의 이월결손금 공제 범위

이월결손금의 공제기준은 역년에 의한 기간이 아닌 사업연도 기준으로 하는 것임

【사 례】

□ (주)수송은 종전 사업연도가 매년 10.1일부터 익년 9.30일까지였으나

- 1998.6.15일 관할세무서장에게 매년 1.1일부터 12.31까지로 사업연도 변경하였으며 12기인 2003사업연도의 소득금액은 15,000,000로 계산됨

- (주)수송의 각 사업연도별 세무상 결손금 발생액이 다음과 같을 경우  2003 사업연도 과세표준 계산시 공제되는 이월결손금은 ?

사업연도	기 간	과세표준	비 고
5기	96.10.1 ~ 97. 9.30	△5,000,000
6기	97.10.1 ~ 98. 9.30	△8,000,000
7기	98.10.1 ~ 98.12.31	△1,000,000	- 사업연도 변경
8기	99. 1.1 ~ 99.12.31	△1,000,000
9기	00. 1.1 ~ 00.12.31	△1,000,000
10기	01. 1.1 ~ 01.12.31	△1,000,000
11기	02. 1.1 ~ 02.12.31	△1,000,000
12기	03. 1.1 ~ 03.12.31	15,000,000

【해설】5,000,000원(1998.10.1부터 2002.12.31.까지의 결손금)

□ 2003 사업연도의 공제가능한 이월결손금은 당해 사업연도 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 말하는 것이므로 1998.1.1 ∼1998.9.30 기간동안(개시일이 97.10.1)의 결손금은 공제 안됨.

2. 합병시 피합병법인의 결손금 승계 범위

피합병법인의 결손금은 합병법인에게 승계되지 않는 것이 원칙이나 일정요건을 갖춘 합병의 경우 피합병법인의 결손금은 합병법인의 과세 표준계산시 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액  범위내에서 공제 가능함.

【사 례】

□ 합병□피합병법인 모두 12월말법인이고 합병등기일이 2000.7.1이며 합병시 결손금 승계요건을 갖추었으며 역합병에 해당하지 않음.

- 피합병법인 및 합병법인의 결손금 등이 아래와 같을 경우 합병법인의 2000사업연도부터 2003사업연도까지의 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문에 대한 이월결손금 승계 범위액은 ?

구분	1995	1996	1997	1998	1999	2000		2001	2002	2003
합병법인 기존사업	△600	△500	△400	△300	△200	500		500	200	300
승계사업	△100	△200	△300	△400	△500	1∼6월	7∼12월	100	△50	800
						△50	300
승계결손금 범위액						1,450		1,150	950	550

※ 승계사업의 합병전 결손금은 피합병법인의 세무상 결손금임.

□ 2000사업연도의 이월결손금 공제액 계산

□ 합병법인의 2000사업연도 피합병법인으로부터 승계된 결손금 범위액

- 합병등기일(2000.7.1)로부터 5년 이내 개시한 사업연도 결손금을 말하는 것이므로 1996년부터 피합병법인의 의제사업연도까지 발생한 결손금 : 1,450(=200+300+400+500+50) □ 이중 300 공제

- 300공제 내역 : 1996년분 200 + 1997년분 100

□ 1995사업연도는 개시일(1995.1.1)이 5년이 초과되어 승계 제외

□ 합병법인의 2000사업연도의 합병법인의 기존사업에서 발생된 공제 대상 이월결손금은 1995사업연도 결손금도 포함됨 □ 2,000

- 공제 이월결손금 : 1995년분 600중 500공제 □ 나머지 100은 소멸

□ 2001사업연도의 이월결손금 공제액 계산(규칙 §41□)

□ 합병법인의 2001사업연도 승계 결손금 범위액 : □-□-□ = 1,150

□  2001사업연도의 합병등기일 해당일(2001.7.1)전 5년 이내에 개시한  사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금 : 300+400+500+50 = 1,250

□ 당해사업연도 개시일전에 승계하여 공제한 결손금 : 100

□ 합병으로 승계받은 사업에서 발생한 결손금 차감액: □0□

- 상기 1,150중 승계사업에서 발생된 소득 100만 공제됨

- 공제된 100의 내역 □ 1997사업연도 결손금 잔액200(300중 기공제 100차감)중 100공제, 나머지 100은 소멸

□ 합병법인의 2001사업연도분 종전사업에서 발생된 공제 대상 이월결손금은 1996사업연도분부터 공제함. □ 1,400

- 공제 이월결손금 : 1,400중 1996년분 500 전액 공제

□ 2002사업연도의 이월결손금 공제액 계산

□ 합병법인의 2002사업연도 승계 결손금 범위액 : □-□-□ = 950

□ 2002사업연도의 합병등기일 해당일(2002.7.1)전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금 : 400+500+50 = 950

□ 당해사업연도 개시일전에 승계하여 공제한 결손금 : □0□

□ 합병으로 승계받은 사업에서 발생한 결손금 차감액: □0□

- 상기 950중 승계사업에서 결손(50)이 발생되었으므로 공제할 결손금은 없으며

- 승계사업에서 발생된 결손금은 합병법인의 소득에서 공제가능

□ 합병법인의 2002사업연도의 합병법인의 기존사업에서 발생된 공제 대상 이월결손금은 1997사업연도부터 계산함.  □ 900

- 공제 이월결손금 : 150

* 합병법인의 기존사업에서 발생된 소득 200에서 승계사업에서 발생된 결손금 50이 상계된 후 잔액 150이 소득총액이므로 150만 공제됨.

- 공제된 150 내역 : 1997사업연도 400중 150이 공제되고 250은 소멸

□ 2003사업연도의 이월결손금 공제액 계산

□ 합병법인의 2003사업연도 승계 결손금 범위액 : □-□ = 500

□ 2003사업연도의 합병등기일 해당일(2003.7.1)전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금 : 500+50 = 550

□ 당해사업연도 개시일전에 승계하여 공제한 결손금 : □0□

- 승계사업에서 발생된 소득 800중 상기 550만 공제됨

□ 다음사업연도부터 승계결손금은 모두 소멸됨

□ 합병법인의 2003사업연도의 합병법인의 기존사업에서 발생된 공제 대상 이월결손금은 1998사업연도부터 계산함  □ 500

- 공제 가능 소득 : 550

□ 합병법인의 종전사업 소득 300 + 승계사업의 승계결손금 공제 후 소득 250 = 550

- 공제이월결손금 : 500

3. 결손금 소급공제 환급세액 계산사례

□ 직전사업연도에 공제□감면받은 세액이 없는 경우

【사 례】

구 분	2001 사업연도	2002 사업연도
□ 과세표준금액(결손금) (법인세율) □ 법인세 산출세액 □ 공제감면세액 □ 법인세 결정세액 (납부세액)	100,000,000원 (16%, 28%) 16,000,0000 0 26,000,000원 (특별부가세 10,000,000원 포함)	△200,000,000원

† 위 사례에서 직전사업연도에 납부한 법인세 16백만원(총납부세액 26백만원중 특별부가세 10백만원을 차감한 세액)을 전액 환급받고자 하는 경우에는

- 2002사업연도 결손금액 2억원중 1억원을 소급공제 신청하면 되고 결손금 중 나머지 1억원은 이월결손금으로서 5년간 공제됨.

□ 소급공제 신청할 결손금액 : 100,000,000원

□ 환급신청세액 한도액 : 16,000,000원

·[16,000,000원]１[(100,000,000원１100,000,000원)×0.16]Ａ16,000,000

□ 직전사업연도에 공제□감면받은 세액이 있는 경우

【사 례】

구 분	2001 사업연도	2002 사업연도
□과세표준금액(결손금) (법인세율) □ 법인세 산출세액 □ 공제감면세액 □ 법인세 결정세액 (납부세액)	100,000,000원 (16%, 28%) 16,000,0000 4,000,000원 22,000,000원 (특별부가세10,000,000원 포함)	△200,000,000원

†  위 사례에서 직전사업연도에 납부한 법인세 12백만원(총납부세액 22백만원 중 특별부가세 10백만원을 차감한 세액)을 전액 환급받고자 하는 경우에는

- 2002사업연도 결손금액 2억원중 75백만원만을 소급공제 신청하면 되고 결손금중 나머지 125백만원은 이월결손금으로서 5년간 공제됨 .

□ 소급공제 신청할 결손금액 :  75,000,000원

□ 환급신청세액 한도액 : 12,000,000원

· [16,000,000원] - [(100,000,000원 - 75,000,000원) ×0.16]

= 16,000,000원 - (25,000,000원 ×0.16) = 12,000,000원

□ 결손금소급공제에 의한 법인세신고 후 직전 사업연도 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우

【사 례】

구 분	2001 사업연도		2002 사업연도
	신 고	경 정	신 고	경 정
□ 과세표준 □ 산출세액 □ 공제감면세액 □ 결정세액 □ 환급신청(재결정)세액 □ 추가환급세액	240,000,000 55,200,000 - 55,200,000 - -	300,000,000 72,000,000 - 72,000,000 - -	△350,000,000 (공제신청 240,000,000) - 55,200,000 -	△350,000,000 (공제신청 240,000,000) - 62,400,000 7,200,000

□ 환급세액의 계산

- 당초 : 55,200,000 - 〔(240,000,000 - 240,000,000) ×세율(16%)〕

= 55,200,000

- 경정 : 72,000,000 - 〔(300,000,000 - 240,000,000) ×세율(16）)〕

= 62,400,000

- 추가환급할 세액 : 62,400,000 - 55,200,000 = 7,200,000

※  당초신고시 결손금 소급공제를 적용받지 아니한 2002사업연도의 결손금 110,000.000원중 경정으로 인하여 증가된 2001사업연도 과세표준 60,000,000원에 상당하는 금액은 국세기본법 §45의2의 규정에 의한 경정 등의 청구절차에 의하여 추가로 환급신청을 할 수 있음.

∀ 소급공제는 법인의 선택사항이므로 직권 경정(환급)하는 것이 아님.

- 경정청구 : 72,000,000-[(300,000000-300,000,000)×세율(16%)] = 72,000,000

- 추가환급할 세액 72,000,000-62,400,000 = 9,600,000

† 당초부터 환급신청서를 제출하지 아니한 경우에는 제외