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조세특례제한법 (양도소득세 분야)
[집 필 진] 법무심사국 법규과 행정사무관 신 호 영 법무심사국 법규과 세무조사관 양 해 운 문의사항 : ☎ (02) 397-7552, 7553

차 례		1. 농지대토 감면제도로 전환 및 감면요건 조정 418 2. 8년 자경농지 양도세 감면제도 개선 419 3. 농어촌주택 취득자 양도세 과세특례 연장 421 4. 법인전환에 대한 양도세 이월과세 요건 완화 422 5. 사업전환 중소기업에 대한 과세특례 423 6. 중소기업 금융부채상환등에 대한 과세특례 427 7. 중소기업 주주 등의 자산증여에 대한 양도세 등 과세특례 432 8. 선박투자회사 출자주식 양도시 비과세 폐지 435 <농어촌특별세법> 1. 농지대토 양도소득 감면에 대한 농어촌특별세 비과세 436

조세특례제한법

- 양도소득세 분야 -

		주요 개정 내용
◦ 농지 대토 비과세를 감면제도로 변경 및 8년 이상 자경농지 양도세 감면제도 중 자경하지 않는 농지상속인에 대하여는 감면 배제(’07.12.31.까지 양도분은 감면 적용) ◦ 농어촌주택 취득자 양도세 과세특례 08.12.31.까지 3년 연장 ◦ 원활한 법인전환 지원을 통한 중소기업의 구조조정 촉진 ◦ 중소기업이 사양산업으로부터 탈바꿈하여 지식 정보산업, 과학기술서비스업 등으로의 전환을 지원 ◦ 중소기업의 금융부채 상환을 통한 재무구조개선 지원 ◦ 선박투자회사 출자주식 양도시 비과세 폐지(감면 일몰시한 도래)

【관계법령】

◦ 조세특례제한법 중 개정법률(법률 제7839호) : 2005.12.31. 공포

◦ 조세특례제한법 시행령 중 개정령(대통령령 제19255호) : 2005.12.31.공포

◦ 조세특례제한법 시행령 중 개정령(대통령령 제19329호) : 2006.2.9.공포

1. 농지대토 감면제도로 전환 및 감면요건 조정

(소득세법 제89조제4항 삭제, 조특법 제70조 신설, 제133조제2항 개정)

가. 개정취지

◦ 농지대토 비과세제도가 과도한 농지 대체취득 수요를 유발하여 지가를 상승시키고 토지시장을 불안하게 하는 요인으로 작용하고 있으므로

- 비과세제도를 감면한도가 있는 감면제도로 전환하여 농지의 대체취득 수요를 감소시키고 토지시장의 안정을 유도

나. 개정내용

종 전			개 정
◦ 농지대토 비과세 - 감면한도 없음 ◦ 농지 대토 비과세 요건 - 대체취득 요건 ∙종전농지 면적 이상 또는 ∙가액의 1/2이상 취득			◦ 감면제도(100%)로 전환 - 감면한도 : 5년간 1억원 * 8년 자경 감면한도와 동일 ◦ 농지 대토 감면 요건 - 대체취득 요건 완화 ∙종전농지 면적 1/2이상 또는 ∙가액의 1/3이상 취득

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 양도하여 대토하는 분부터 적용

2. 8년 자경농지 양도세 감면제도 개선

(조세특례제한법 시행령 제69조)

가. 개정취지

◦ 상속인이 경작하지 않는 경우 감면요건 합리화

- 8년이상 자경농지 양도세 감면제도중 자경하지 않는 농지상속인에 대한 감면요건을 합리적으로 개선

◦ 자경의 정의 명확화

- 조특법령에 자경에 대한 정의규정 없이 기본통칙으로 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하거나 자기책임하에 농사를 지은 경우로서 대리경작 등을 제외하고 있으나

- ‘자기책임하에 농사를 지은 경우’라는 개념이 명확하지 않아 납세자의 불필요한 민원 및 실질적으로 영농에 종사하지 않아도 감면되는 문제 발생

◦ 농지의 효율적 이용관리를 위한 농지법의 자경 개념과 일치

- 직접 경작하거나 자기책임하에 농사 → 농작업에 상시 종사하거나 2분의 1이상을 자기의 노동력으로 경작

나. 개정내용

종 전			개 정
◦ 상속받은 농지는 피상속인의 경작기간을 포함하여 8년이상인 경우 전부 감면			◦ 상속인이 경작하지 않는 경우 감면요건 합리화 - 8년 자경요건을 갖춘 농지를 상속받은 후 3년내 양도시 감면

종 전			개 정
- 감면한도: 연간 1억원 ◦ 자경 : 직접 경작하거나 자기책임하에 농사를 지은 경우로서 대리경작 등은 제외 (기본통칙 69-0…3)			- 감면한도 합리적 조정 : 5년간 1억원 ◦ 자경의 정의 명확화 - 농작업에 상시 종사하거나 2분의 1 이상을 자기노동력으로 경작 (농지법 §2)

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.2.9. 이후 양도하는 분부터 적용

◦ 2005년말까지 농지를 상속받은 상속인은 시행일부터 2년 이내(2007년)까지 양도하는 경우 종전규정 적용

3. 농어촌주택 취득자 양도세 과세특례 연장

(조세특례제한법 제99조의4)

가. 개정취지

◦ 도시민의 농어촌 주택 취득을 지원하여 도시자본의 농촌유입을 촉진하고 농촌지역경제 활성화

나. 개정내용

종 전			개 정
◦ 농어촌주택을 취득하여 1세대2주택이 된 경우 - 농어촌주택 외 주택 양도시1주택 소유로 간주 * 농어촌주택 ∙광역시, 수도권과 투기지역외 소재 ∙주택 45평(아파트 35평), 대지 200평이하 ∙취득당시 기준시가 7천만원이하, 일반주택 양도당시 1억원이하 - 농어촌주택 취득시한 : ’05.12.31.			- 일몰시한 연장 : ’08.12.31.까지 3년간 연장

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

4. 법인전환에 대한 양도세 이월과세 요건 완화

(조세특례제한법 시행령 제29조)

가. 개정취지

◦ 원활한 법인전환 지원을 통한 중소기업의 구조조정 촉진

나. 개정내용

종 전			개 정
◦ 개인이 다음 방법에 의하여 법인전환시 양도세 이월과세 - 사업용 고정자산을 현물출자 - 1년 이상 영위한 사업의 모든 권리와 의무를 포괄양도 * 이월과세 : 개인이 사업용부동산을 현물출자 등으로 법인에 양도시 개인에 대하여 양도세를 과세하지 않고 추후 법인이 양도시 종전 개인이 납부할 양도세액 상당액을 납부			- 사업의 모든 권리와 의무를 포괄 양도 ∙1년 이상 사업 요건 폐지

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 권리와 의무를 포괄 양도하는 분부터 적용

5. 사업전환 중소기업에 대한 과세특례

(조세특례제한법 제33조, 시행령 제30조)

가. 개정취지

◦ 중소기업이 사양산업으로부터 탈바꿈하여 지식 정보산업, 과학기술서비스업 등으로의 전환을 지원

나. 개정내용

종 전			개 정
<신 설>			○ ’08.12.31.까지 5년이상 사업을 영위한 중소기업이 업종을 전환하기 위해 사업용 고정자산을 처분하는 경우 양도소득세 과세이연(개인), 법인세 분할과세(법인) ○ 요건 - 전환전사업 : 업종제한 없음 - 전환후사업 ∙제조, 연구개발업, 부가통신업, 과학기술서비스업등 창업지원 대상 21개 업종 * 전환전사업은 소재지역에 제한이 없으나 전환후사업은 수도권과밀억제권역외 소재 지역에서 개시한 경우만 적용

종 전			개 정
<신 설>			◦ 전환기간 : 전환전 사업용자산 양도후 1년내 사업전환 ◦ 사업전환의 범위 - 전환전사업에 직접 사용하던 사업용 고정자산을 사업장 단위별로 양도할 것 ◦ 사업용고정자산의 범위 - 사업에 직접 사용되는 유․무형고정자산 ◦ 지원내용 個人 - 기계장치등 취득분 양도세 50% 감면 ∙전환전사업용고정자산 양도에 따른 양도세 산출세액 × 전환사업용 기계장치 취득가액 × 50% * 양도세 감면한도 1억원(농특세 비과세) - 토지․건물취득분 양도세 과세이연 ∙전환전사업용고정자산 양도차익 × 전환사업용 토지․건물 취득가액 / 전환전사업용고정자산 양도가액 法人 : 3년거치 3년분할 익금산입 ∙전환전사업용고정자산 양도차익 × 전환사업용고정자산 취득가액 / 전환전사업용고정자산 양도가액 * 양도차익 = 양도가액－장부가액－이월결손금

종 전			개 정
<신 설>			◦ 예정가액 - 전환전사업용고정자산 양도일이 속하는 사업연도 다음 사업연도에 전환사업용고정자산을 취득한 경우에는 위 산식 중 전환사업용자산취득가액 대신 예정가액에 의함 ◦ 사후관리 - 전환전 사업용고정자산 양도일부터 1년이내 사업전환을 하지 아니하거나 전환사업 개시후 3년이내 폐지한 경우 ∙익금에 산입하지 아니한 금액, 과세이연금액에 상당하는 양도세액, 양도세 감면세액 전액 추징 - 예정가액에 미달하게 전환사업용고정자산을 취득한 경우 ∙전환 사업용고정자산을 실제 취득한 가액 기준으로 계산한 분할과세대상금액, 과세이연금액, 감면세액을 초과하는 금액 추징 - 이자상당가산액 : 미납기간 1일 1만분의3(연 10.75%) ◦ 서류제출 個人 - 세액감면․과세이연신청서, 사업전환(예정)․완료명세서 法人 - 양도차익명세및분할익금산입조정명세서 - 사업전환(예정)명세서, 사업전환완료보고서

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 최초로 전환전사업의 사업용 고정자산 양도분부터 적용

<참고> 계산 사례

제조업을 영위하는 중소기업(개인사업자)이

- 공장부지(장부가액 15억원, 시가 30억원)를 처분하고

- 물류산업으로 업종을 전환하기 위해 토지(20억원)와 기계장치(10억원)를 취득한 경우

○ 공장부지를 처분한 양도차익(15억원) 중

- 토지 취득에 사용된 금액은 과세이연*하여 당해 토지를 처분하는 시점에서 과세

* 15억원 × 20억원(토지 취득가액)/30억원(공장 양도가액)  〓 10억원

→ 당해 토지의 취득가액은 실제 취득가액(20억원)에서 과세이연금액(10억원)을 차감한 10억원이 되며, 추후 양도시 양도차익이 그만큼 커지게 되어 과세

- 기계장치* 취득에 사용된 금액은 양도소득세 50%감면

* 15억원 × 10억원(기계 취득가액)/30억원(공장 양도가액)  〓 5억원

→ 5억원에 상당하는 양도세의 50% 감면

6. 중소기업 금융부채상환등에 대한 과세특례

(조세특례제한법 제34조, 시행령 제31조)

가. 개정취지

◦ 중소기업의 금융부채 상환을 통한 재무구조개선 지원

나. 개정내용

종 전			개 정
<신 설>			◦ '07.12.31.까지 5년 이상 사업을 영위한 중소기업이 채권금융기관과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 경우로서 일정요건 충족시 세제지원 ◦ 요건 - 협약서에 채무면제, 부동산처분에 따른 채무상환계획이 포함되어 있을 것 - 금융기관과 특수관계가 없을 것 - 금융채무의 범위 ∙중소기업이 보유하고 있는 금융기관에 대한 채무 ∙사업과 관련하여 차입한 차입금(당좌차월 제외) 및 이자 ∙자금조달목적으로 발행한 회사채 또는 기업어음으로서 채권금융기관이 매입하거나 보증한 것

종 전			개 정
<신 설>			◦ 주채권금융기관과 체결한 경영정상화계획에 포함되어야 할 내용 - 채권금융기관별 금융부채 총액 및 내역 - 부동산 보유명세 - 양도부동산의 명세 및 양도예정가액 - 채무면제․상환계획(양도일부터 3월내 채무상환 포함) ◦ 채무상환기한의 판정 - 사업용부동산 양도일(소득세법상 양도일)부터 3월이내 채무를 상환 - 다만, 장기할부조건으로 양도한 경우에는 각회 부불금 수입일부터 3월이내 채무상환한 분에 대해서만 적용 ◦ 분할익금대상 채무면제익에서 차감하는 결손금의 범위 - 결손금(합병․분할에 의한 승계결손금 제외)으로서 그 후 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액(5년경과 결손금을 포함) ◦ 세제지원 - 채무재조정에 따라 채무를 면제받은 경우 그 채무면제익에 대해 3년거치 3년분할 익금산입 - 사업용부동산을 처분하여 금융부채를 상환하는 경우 ∙個人 : 50% 양도세 감면(한도 1억원, 농특세 비과세) 사업용부동산 양도에 따른 양도세 산출세액 × 부채(예정)상환액 / 사업용부동산 양도가액 × 50%

종 전			개 정
<신 설>			∙法人 : 양도차익 3년 거치 3년 분할 익금 산입 사업용부동산 양도차익×부채(예정)상환액/사업용부동산 양도가액 * 양도차익 : 양도가액－장부가액－이월결손금 ∙채권금융기관 : 채무면제액 손금산입 ◦ 사후관리 - 채무를 상환 하지 아니하거나 채무상환후 3년내 폐지한 경우 ∙익금에 산입하지 아니한 금액, 양도세 감면세액 전액 추징 - 부채예정상환액에 미달하게 상환한 경우 ∙실제 채무상환액을 기준으로 계산한 분할과세 대상금액, 감면세액을 초과하는 금액 추징 - 이자상당가산액 : 미납기간 1일 1만분의3 ◦ 서류제출 - 중소기업 ∙경영정상화계획이행 협약서, 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서, 부채상환(예정)명세서, 부채상환완료보고서, 채무면제명세서

종 전			개 정
<신 설>			- 채권금융기관 ∙경영정상화계획이행 협약서 및 이행실적

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 최초로 사업용부동산을 양도 또는 채무를 면제받거나 면제하는 분부터 적용

<참고>  계산 사례

① 사업용 부동산을 처분하여 금융부채 상환

사업용 부동산(장부가액 5억원, 시가 10억원)을 처분하여 금융부채(8억원) 상환

ㅇ 양도차익(5억원)중 금융부채 상환에 사용된 금액*에 대하여

* 5억원 × 8억원(부채상환액)/10억원(양도가액) 〓 4억원

- 법인 : 3년거치 3년분할 과세

⇒ 3년후부터 매년 1.33억원씩 3년간 익금산입

- 개인 : 양도세 감면

⇒ 4억원에 상당하는 양도세의 50% 감면

② 채권금융기관이 채권재조정으로 일부 채무를 면제한 경우

- 중소기업 : 채무면제익에 대해 3년거치 3년분할 과세

- 채권금융기관 : 면제한 채무액을 손비로 인정

7. 중소기업 주주 등의 자산증여에 대한 양도세 등 과세특례

(조세특례제한법 제41조, 시행령 제38조)

가. 개정취지

◦ 기업회생을 위한 중소기업 최대주주의 자구노력을 지원

나. 개정내용

종 전			개 정
<신 설>			◦ '07.12.31까지 5년이상 사업을 영위한 중소기업이 채권금융기관과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 경우로서 일정요건 충족시 세제지원 ◦ 요건 - 협약서에 자산증여․부동산처분에 따른 채무상환계획이 포함되어 있을 것 - 금융기관과 특수관계가 없을 것 - 분할익금산입대상 자산수증익에서 차감하는 결손금의 범위 ∙결손금(합병․분할에 의한 승계결손금 제외)으로서 그 후 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액(5년경과 결손금 포함)

종 전			개 정
<신 설>			◦ 주주등의 범위(최대주주) - 주주1인(개인)과 그 특수관계자가 보유한 주식 또는 지분을 합하여 그 보유주식의 합계가 가장 많은 경우의 당해 주주등 * 특수관계자의 범위(상증영 §19②) - 친족, 사용인 및 사용인외의 자로서 생계유지자, 기업집단, 출연설립한 비영리법인, 기업집단의 임원이 이사장인 비영리법인, 1차지배 30%, 2차지배 50% ◦ 주채권금융기관과 체결한 경영정상화계획에 포함되어야 할 내용 - 채권금융기관별 금융부채 총액 및 내역 - 주주등 지분보유 내역 - 주주등 증여자산의 명세 및 예정가액 - 처분대금 증여시 양도일 등으로부터 1월 이내 증여 - 채무상환계획 ◦ 세제지원 - 법인이 최대주주로부터 자산을 증여받는 경우 그 수증익에 대해 3년거치 3년분할 익금산입, 등록세․취득세 비과세 ∙분할과세대상금액 증여받은 자산가액(결손금 초과액)중 채무(예정)상환액 - 최대주주가 부동산을 처분하여 처분대금 증여시 양도세 50% 감면(한도 1억원, 농특세 비과세) ∙주주등 소유부동산 양도에 따른 양도세 산출세액 × 증여가액 / 주주등 소유 부동산 양도가액 × 50%

종 전			개 정
<신 설>			- 결손법인에의 자산증여에 대한 증여의제 규정 적용배제 * 최대주주 : 특수관계자 포함하여 보유주식수 가장 많은 개인주주 ◦ 사후관리 - 채무를 상환하지 아니하거나 채무상환후 3년이내 폐지한 경우 - 익금에 산입하지 아니한 금액, 양도세 감면세액 전액 추징 ◦ 예정상환액에 미달하게 상환한 경우 - 실제 채무상환액을 기준으로 계산한 분할과세대상금액, 감면세액을 초과하는 금액 추징 - 이자상당가산액 : 미납기간 1일 1만분의3 ◦ 서류제출 - 중소기업 ∙경영정상화계획이행 협약서, 수증자산명세및부채상환(예정)명세서, 부채상환완료보고서 제출 - 주주 등 ∙부동산양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 세액감면신청서 - 채권금융기관 ∙경영정상화계획이행 협약서 및 이행실적

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 최초로 자산을 무상으로 받거나 부동산을 양도하는 분부터 적용

8. 선박투자회사 출자주식 양도시 비과세 폐지

(조세특례제한법 제87조의5)

가. 개정취지

◦ 부동산투자회사등 여타 Fund등에 비해 과도한 지원 및 감면 일몰시한 도래

나. 개정내용

종 전			개 정
◦ 선박투자회사에 출자하여 취득한 주식 양도시 양도세 비과세 - 신설 및 일몰시한 : ’04.1.1.～’05.12.31.			<삭 제> ◦ 일몰시한 도래 - 개정전 취득한 주식을 개정후 양도하는 경우 종전규정 적용(부칙 신설)

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

<농어촌특별세법>

1. 농지대토 양도소득 감면에 대한 농어촌특별세 비과세

(농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항)

가. 개정취지

◦ 농지대토 비과세제도를 감면제도로 전환함에 따른 농지대토 양도소득 감면에 대한 농특세 비과세 규정 마련

나. 개정내용

종 전			개 정
◦ 다음 감면시 농특세 비과세 - 농어민, 농어민을 조합원으로 하는 단체(영농조합법인등)에 대한 감면 ∙ 8년 자경농지 감면 등 <신 설>			- 농지대토 감면

다. 적용시기 및 적용례

◦ 2006.1.1. 이후 감면받는 분부터 적용