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2024년 세법 개정
후속 시행령 개정안

2025. 1. 16.

기 획 재 정 부

목  차

Ⅰ. 기본방향 및 주요내용	1

Ⅱ. 주요 개정 내용	2

1. 경제의 역동성 지원	2

1) 투자·고용·지역발전 촉진	2

2) 기업경쟁력 제고	5

3) 자본시장 활성화	7

2. 민생경제 회복	8

1) 결혼·출산·양육 지원	8

2) 서민·중산층 부담 경감	9

3. 조세체계 합리화	11

1) 세부담 적정화 및 조세제도 효율화	11

2) 과세형평성 및 세원투명성 제고	14

4. 납세자 친화적 환경 구축	16

1) 납세자 편의 제고	16

2) 납세자 권익 보호	17

Ⅲ. 추진 일정	18

Ⅰ. 기본방향 및 주요내용

	< 기 본 방 향 >
◇ '24년 국회통과 세법을 차질 없이 시행하기 위한 세부사항 마련 ◇ 경제의 역동성 지원 및 민생 경제 회복을 세제 측면에서 적극 뒷받침

1. 경제의 역동성 지원

□국가전략기술 및 신성장·원천기술 범위 확대

□R&D 비용 세액공제 적용대상 확대

□우수 해외인재 소득세 감면 신설

□종부세 1세대 1주택 특례 지방저가주택 대상 확대

□가업상속공제 대상 업종 확대 및 사업용자산 범위 합리화

□개인투자용 국채 과세특례 대상 확대

2. 민생경제 회복

□기업 출산지원금에 대한 비과세 적용기준 세부사항 규정

□수영장·체력단련장 시설이용료 소득공제 범위 구체화

□승용차 개별소비세 세율 한시 인하

□부가가치세 환급 대상 농업용 기자재 확대

□전통주에 대한 주세 경감 확대 및 주류 관련 제도 개선

3. 조세체계 합리화

□종업원 할인혜택 시가 판단 및 비과세 범위 등 구체화

□고가주택 2주택자의 간주임대료 과세대상 구체화

□다주택자 양도세 중과 한시 배제 기한 1년 연장

□주택 용도변경 후 양도시 과세기준 합리화

4. 납세자 친화적 환경 구축

□대환대출 시 전세자금대출 이자상환액 소득공제 적용

□비거주자·외국법인 국채 비과세 신청절차 개선

□국제거래 관련 과태료 규정 정비

□특별재난지역 납부기한 연장 등 특례 적용대상 확대

Ⅱ. 주요 개정 내용

1		경제의 역동성 지원

1) 투자·고용·지역발전 촉진

□ 국가전략기술* 범위 확대 (조특령)

* 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 40~50%, 중견·대기업 30~40%) 적용

ㅇ 소재･부품･장비 관련 기술 및 바이오에너지 생산기술 5개 신설

* (반도체) 3D 적층형 반도체 설계·제조 및 관련 신소재 개발 기술

(이차전지) 양극재용 고순도 금속 화합물 제조･가공기술

(디스플레이) 디스플레이 하이브리드 커버 윈도우 소재 기술,
마이크로LED 에피·전사·접합 소재, 부품 및 장비 기술

(수소) 수소 처리 바이오에너지 생산 기술

ㅇ 반도체 분야를 중심으로 첨단 기술을 추가

	세부 기술
반도체	차세대 메모리반도체 관련 소부장 설계·제조기술 → HBM 등 추가
	에너지효율향상 전력 반도체 설계, 제조 기술 → 전력관리반도체(PMIC)추가
	차세대 디지털기기 SoC 설계, 제조 기술 → UWB(ultra wide band)추가
	고성능 마이크로 센서의 설계, 제조, 패키징 기술→ HDR(high dynamic range)추가
바이오	바이오의약품 소재 기술 → Buffer 소재 추가

□ 신성장·원천기술* 범위 확대 (조특령)

* 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 30~40%, 중견·대기업 20~30%) 적용

ㅇ 기후위기 대응을 위해 수소, 에너지 분야 기술 3개 신설

* (수소) 선박용 암모니아 연료기반 수소생산 시스템 및 연료전지 적용 기술,
수소 가스터빈 복합발전용 암모니아 분해 기반 청정수소 생산기술

(에너지효율·수송) 그린수소 생산 해양 플랫폼 설계기술

ㅇ 첨단 소부장 분야 기술범위 구체화 및 탄소중립 분야 기술 확대

	세부 기술
첨단 소부장	첨단 머시닝센터 설계, 제조기술 범위 구체화(확대)
	첨단 터닝센터 설계, 제조기술 범위 구체화(확대)
탄소중립	석유계 고분자 대체 바이오케미칼 원료 생산기술(확대)

□ R&D 비용 세액공제 적용대상 확대 (조특령)

※ ➊ 「반도체 생태계 종합지원 추진방안」(’24.6.26.)에서 발표
➌ 「사회이동성 개선방안」(’24.5.1.)에서 발표

➊ 연구시설 임차료, 소프트웨어 대여･구입비 등도 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구·인력개발비 세액공제 적용대상에 포함

* R&D용 시설 임차료, 소프트웨어 대여･구입비, 기술정보비, 기술지도비,
디자인 개발지도비, 특허 조사･분석비 등

➋ 인공지능 분야 연구개발 지원 확대를 위해 클라우드 이용료에 대해 연구·인력개발비 세액공제 적용

➌ 사내 교육프로그램을 청년 등 일반에게 제공하기 위한 비용(예: 강사료 등)에 대해 인력개발비 세액공제 적용

□ 우수 해외인재 소득세 감면 신설 (조특령)

※ 「글로벌 개방 혁신을 위한 첨단산업 해외인재 유치·활용 전략」(’24.9.27.)에서 발표

ㅇ ｢첨단산업 인재혁신 특별법｣상 우수 해외인재*(K-Tech Pass 소지자)에 대해 최초 근로제공일 이후 10년간 소득세 50% 감면

* 글로벌 Top100 공대 석박사 졸업자로서 글로벌 우수기업에서 3년 이상 근무를 포함하여 8년 이상 근무경력이 있는 자

□ 외국인투자 수입자본재에 대한 관세등 감면기간 확대 (조특령)

※ ｢2025년 경제정책방향｣('25.1.2.)에서 발표

ㅇ 외국인투자 목적으로 수입한 자본재에 대한 관세․개소세․부가세 감면 기간을 최대 7년까지 확대

* (현행) 5년 100% 감면 + 1년 연장 가능 → (개정) 5년 100% 감면 + 2년 연장 가능

□ 기회발전특구 세제지원* 업종 확대 (조특령)

* 기회발전특구 창업기업에 대해 소득세·법인세 감면(5년간 100% + 2년간 50%)

※ 「기업ㆍ지역 투자활성화 방안」(’24.12.18.)에서 일부 발표

ㅇ 지역균형발전 지원을 위해 LNG 등 천연가스 공급업, 신ㆍ재생에너지(수소 등) 공급업을 기회발전특구 세액감면 대상 업종에 추가

□ 개인투자조합 출자시 소득공제 추징* 예외사유 확대 (조특령)

* 3년 이내 출자·투자지분을 이전·회수하는 경우 등 소득공제 추징

ㅇ 벤처투자 선순환 지원을 위해 개인투자조합을 통한 벤처투자 시 소득공제(투자액의 30~100%) 추징 예외사유 확대*

* (현행) 투자자 사망·해외이주, 천재지변, 벤처투자조합 등 해산 →
(개정) 개인투자조합이 일정기간(투자일로부터 1년 이후) 및 일정 요건(예: 투자기업의 증권시장 상장)을 충족하여 해산하는 경우 추가

□ 북한이탈주민 통합고용세액공제 우대*대상 추가 (조특령)

* 통합고용 공제액(중소/중견/대, 만원): (기본)850~950/450/0 (우대)1,450~1,550/800/400
↳ 우대대상: 청년 정규직, 60세 이상 고령자, 장애인, 경력단절여성 등

ㅇ 북한이탈주민의 안정적 사회정착을 돕기 위하여 통합고용세액공제 우대대상에 북한이탈주민을 추가

□ 종부세 1세대 1주택 특례* 지방 저가주택 대상 확대 (종부령)

※ ｢2025년 경제정책방향｣('25.1.2.)에서 발표

* 1주택자가 지방 저가주택 1채 보유시 1세대 1주택 특례(기본공제 12억원 등) 적용

ㅇ 종합부동산세 1세대 1주택자 판정시 주택 수에서 제외하는 지방 저가주택 범위 확대(공시가격 3억원 이하 → 4억원 이하)

□ 인구감소지역 주택 취득자에 대한 과세특례* 세부사항 규정 (조특령)

※ 「2024년 경제정책방향」('24.1.4.)에서 발표

* (양도세) 비과세 및 장기보유특별공제 최대 80% 적용
(종부세) 기본공제 12억원 및 고령자·장기보유 세액공제 최대 80% 적용

	< 법률(조특법§71의2) 개정내용 >
◇ 1주택자가 ‘24.1.4.~’26.12.31. 인구감소지역 내 주택 취득시 1세대 1주택 특례 적용 □주택소재지, 주택가액 요건 등은 시행령 위임

ㅇ (주택소재지) 인구감소지역 소재. 수도권‧광역시는 제외하되, 수도권 내 접경지역 및 광역시 내 군지역은 포함

▪ 기존 1주택과 동일한 시‧군‧구 소재 신규 주택 취득은 제외

ㅇ (주택가액 상한) 공시가격 4억원*

* 양도세는 취득시점, 종부세는 과세시점 기준

□ 비수도권 준공후 미분양주택 취득자 과세특례 세부사항 규정 (조특령)

※ 「주택공급 확대 및 건설경기 보완방안」('24.1.10.)에서 발표

	< 법률(조특법§98의9) 개정내용 >
◇ 1주택자가 ‘24.1.10.~’25.12.31. 수도권 밖의 준공후 미분양주택 취득시 1세대 1주택 특례 신설 → 구체적인 주택요건 등은 시행령에 위임

ㅇ 전용면적 85m2 및 취득가액 6억원 이하 주택을 대상으로 적용

2) 기업경쟁력 제고

□ 가업상속공제 대상업종 확대 (상증령)

※ 「2025년 경제정책방향｣(‘25.1.2.)에서 발표

ㅇ 가업상속공제 대상 업종에 ｢소상공인법｣에 따른 백년가게* 추가

* 30년 이상 계속하여 사업한 소상공인(제조업 제외) 중 제품・서비스 차별성, 지역사회 기여도 등을 고려하여 중기부 장관이 지정한 자

□ 가업상속공제 대상 사업용자산 범위 합리화 (상증령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

ㅇ 가업상속공제가 적용되는 사업용 자산에 법인임직원 임대주택, 주택자금 대여금 등 추가 및 개인비사업용토지 제외

□ 해운기업 법인세 과세표준 특례 재설계 세부사항 규정 (조특령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(조특법§104의10) 개정내용 >
◇ 국적선박 확충 유도를 위해 기준선박(국적선사가 소유한 선박 등)과 기준선박이 아닌 선박(용선)에 대한 운항일 이익 차등 적용 근거 마련 및 일몰 5년 연장 □운항일 이익 수준 등은 시행령에 위임

ㅇ 기준선박 외 선박에 대한 운항일 이익 30% 인상

개별선박순톤수	톤당 1운항일 이익			개별선박순톤수	톤당 1운항일 이익
	기준선박	기준선박 外			기준선박	기준선박 外
1,000톤 이하분	14원	18.2원		10,000~25,000톤	7원	9.1원
1,000~10,000톤	11원	14.3원		25,000톤 초과분	4원	5.2원

□ 벤처기업 복수의결권주식 취득 과세특례 세부사항 규정 (조특령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(조특법 §47) 개정내용 >
◇ 벤처기업 복수의결권주식* 취득시 현물출자로 발생한 양도소득에 대해 복수의결권주식의 보통주 전환시까지 과세이연 규정 신설 * 벤처기업 창업주의 의결권 보호를 위해 발행되는 최대 10개의 의결권이 있는 주식 □이연된 양도세 납부방식, 신청방법 등 구체적 내용은 시행령에 위임

ㅇ (계산방법) 복수의결권주식의 양도 또는 보통주 전환*시 과세이연금액에 대한 양도세 산출

* 복수의결권주식 존속기간 만료, 상속, 허위·부정 발행 등

ㅇ (납부시기) 복수의결권주식 양도일 또는 보통주 전환일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고시 납부

ㅇ (신청방법) 현물출자일이 속하는 반기 말일부터 2개월 내 과세이연신청서 등을 세무서장에게 제출

□ 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제* 합리화 (조특령)

※ 「선진 벤처투자 시장 도약 방안」(’24.10.2.)에서 발표

* 기술혁신형 중소기업을 인수하는 경우 해당 기업 기술가치금액의 5%를 법인세에서 공제

ㅇ (대상 확대) 벤처기업 주식인수 활성화를 위해 임원으로 계속 재직하는 기존 지배주주에 대한 세액공제 제한 요건 완화

* (현행) 주식인수 후에도 기존 지배주주가 임원으로 계속 재직하는 경우 세액공제 배제 →
(개정) 임원으로 계속 재직하더라도 지분비율 20% 이하 보유 시 세액공제 적용

ㅇ (평가방식 조정) 객관적 기준에 따라 혜택을 적용받을 수 있도록 기술평가기관이 평가한 금액으로 평가방식 일원화

* (현행) 기술평가기관이 평가한 기술가치 또는 [매입가액 – (피인수법인 순자산시가의 120%)] → (개정) 기술평가기관이 평가한 기술가치

3) 자본시장 활성화

□ 개인투자용 국채 과세특례 대상 확대 (조특령)

※ ｢2025년 경제정책방향｣('25.1.2.)에서 발표

ㅇ 국민 자산형성 지원을 위해 개인투자용 국채에 대한 과세특례* 적용대상 확대(10년물 → 5년물 이상)

* 개인당 매입한도 2억원 이하에 대해 이자소득 분리과세(14%) 적용

□ 집합투자기구 분배유보 범위 조정 (소득령)

ㅇ 적격 집합투자기구(연 1회이상 결산·분배 의무) 중 TR* ETF에 대한 분배유보 범위 조정(이자·배당 제외)

* 보유기간 중 이자·배당수익 등이 발생하더라도 분배하지 않고 그 수익 등을 전액 재투자한 뒤 환매ㆍ양도시 보유기간 총수익누계액(total return)을 분배하는 방식

ㅇ 다만, 국내 시장 지원을 위해 국내주식형 ETF(기초자산 주식 비과세)는 이자·배당 분배 유보 선택 가능

※ ‘25.7.1일 이후 발생하는 이자·배당분부터 적용

□ 조각투자상품으로부터의 이익 세부사항 규정 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(소득법 §17) 개정내용 >
◇ 조각투자상품에 해당하는 비금전 신탁 수익증권 및 투자계약증권으로부터의 이익은 배당소득으로 과세 ※ 적용시기 : ‘25.7.1. 이후 지급받는 분부터 적용 □조각투자상품의 구체적 범위, 이익 등은 시행령에 위임

ㅇ (조각투자상품 범위) 자본시장법에 따라 발행·모집하고, 연 1회 이상 분배하는 비금전 신탁 수익증권 및 투자계약증권

ㅇ (조각투자상품 이익) 분배금 및 증권의 양도 거래(계좌간 이체, 명의변경, 실물양도) 이익을 포함하고, 각종 보수·수수료는 공제

□ 부동산투자회사*(리츠) 배당가능이익 범위 합리화 (법인령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

* REITs등 유동화전문회사의 경우 배당가능이익의 90% 이상 배당 시 배당금액만큼 소득금액에서 공제

ㅇ 「자본시장법」상 부동산펀드*와 형평성을 감안하여 부동산투자회사가 보유한 부동산 등 자산의 평가이익을 배당가능이익에서 제외

* 상장리츠와 유사한 「자본시장법」 상 부동산집합투자기구의 경우에는 부동산 등 집합투자재산의 평가이익을 배당가능이익에서 제외

2		민생경제 회복

1) 결혼·출산·양육 지원

□ 기업 출산지원금의 비과세 적용기준 세부사항 규정 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(소득법§12(3)머) 개정내용 >
◇ 근로자등의 출산과 관련하여 출생일 이후 2년 이내에 사용자로부터 최대 2차례에 걸쳐 지급받은 금액 전액 비과세 □ 비과세 적용 제외 대상 및 최대 지급횟수 적용기준을 시행령에 위임

ㅇ (비과세 제외) 개인사업자사용자와 친족관계에 있는 자 또는 법인법인의 지배주주등(지배주주와 친족관계 및 경영지배관계에 있는 자)

ㅇ (지급횟수 기준) 사용자별*로 2회 지급분까지 인정하고, 출산일 이후 3차례 이상 지급 시 최초 2차례 지급분까지 비과세

* 이직 시 지급횟수를 누적계산하지 않음

□ 반기 근로장려금 환수금액에 대한 환수기간 연장* (조특령)

* (현행) 반기 근로장려금 초과지급시 5년간 발생한 근로‧자녀장려금에서 차감 후 소득세 납부고지

ㅇ 근로장려금 환수금액 발생 시 환수결정 후 근로‧자녀장려금 차감기간 연장(5년→10년)

2) 서민·중산층 부담 경감

□ 수영장ㆍ체력단련장 시설이용료 소득공제 세부사항 규정 (조특령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(조특법§126의2) 개정내용 >
◇ 체육시설 시설이용료에 대해 신용카드등 소득공제 적용(30%)하고, 체육시설 이용료의 구체적 범위는 시행령에 위임

ㅇ (대상시설) 「체육시설법 시행령」에 따른 수영장 및 체력단련장

ㅇ (공제범위) 시설이용료*만 인정

* 운동강습비 및 회원권 비용 등 시설이용과 직접 관련이 없는 비용은 제외

□ 연금계좌 추가납입 대상 확대 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안」('24.7.25.)에서 발표

ㅇ 부부합산 1주택인 기초연금수급자의 장기 보유(10년) 부동산 양도차익을 연금계좌 추가납입(생애 누적한도 1억원) 허용

□ 승용차 개별소비세 세율 한시 인하 (개소령)

※ 「2025년 경제정책방향｣(‘25.1.2)에서 발표

ㅇ 소비회복 지원을 위해 승용차 개별소비세 세율을  ’25년 상반기(1.3.~6.30.) 한시 인하(5% → 3.5%, 100만원 한도)

□ 부가가치세 환급 대상 농업용 기자재 확대 (영농기자재등 면세규정)

※ ➊ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

➊ 영농비용 경감을 위해 농업용 기자재에 대한 부가가치세
환급 대상에 스마트팜용 LED조명, 인삼재배용 거적을 추가

➋ 콩나물재배업을 지원대상*에 포함

* 농업용 기자재에 대한 부가가치세 환급 및 영세율, 면세유 공급 대상에 포함

□ 전통주에 대한 주세 경감 확대 (주세령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

ㅇ 전통주 산업 지원을 위해 전통주에 대한 세율 경감대상 제조자 및 경감한도 확대

	현 행	개 정
경감대상 제조자	▪ 전년도 출고량 발효주 500㎘, 증류주 250㎘ 이하	▪ 전년도 출고량 발효주 1,000㎘, 증류주 500㎘ 이하
경감한도 및 경감율	▪ (발효주) 200㎘ 이하 : 50% ▪ (증류주) 100㎘ 이하 : 50%	▪ (발효주) 200㎘ 이하 : 50% 200~400㎘ : 30% ▪ (증류주) 100㎘ 이하 : 50% 100~200㎘ : 30%

□ 주류 관련 제도 개선 (주세령·주류면허령)

※ ➊「2025년 경제정책방향｣(‘25.1.2.) 및 ➋,➌「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

➊ 소규모 주류제조면허 확대*, 납세병마개 관련 제도개선** 등 주류제조 관련 규제 완화

* (현행) 맥주·탁주·약주·청주·과실주 → (개정) 위스키·브랜디·증류식 소주 추가

** (현행) 납세병마개 제조자 지정제 운용 → (개정) 등록제로 전환

➋ 영세 주류제조자의 부담 완화를 위해 주류의 나무통 숙성시 인정되는 실감량* 한도 확대(연 2%→4%)

* 주류 생산과정(여과‧저장‧용기주입 등)에서 발생하는 손실분

➌ 주류산업 진입여건 개선을 위해 종합주류도매업 면허요건 중 창고면적 기준 완화(66㎡→22㎡)

3		조세체계 합리화

1) 세부담 적정화 및 조세제도 효율화

□ 종업원 할인혜택 시가 판단 및 비과세 범위 등 세부사항 규정 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(소득법§12(3)처) 개정내용 >
◇ 기업이 생산ㆍ공급하는 재화ㆍ용역을 종사하는 임원등에게 시가보다 낮은 가격으로 제공함으로써 임원등이 얻는 이익을 근로소득으로 명확화 - 자기소비 목적을 요건으로 하고, 재판매 금지기간 및 금액 한도는 시행령에 위임

ㅇ (시가의 판단기준) 동일기간 일반소비자와의 정상 거래가격을 시가로 인정하고, 판매불가능 재화*는 할인가를 시가로 인정

* 파손ㆍ변질ㆍ유효기간 도과 등으로 해당 종업원이 아니면 판매할 수 없는 경우에는 할인가격을 시가로 판단 가능

ㅇ (비과세 금액) Max(시가의 20%*, 연 240만원)

* 연간 종업원 할인혜택을 받아 구입한 재화ㆍ용역별 시가를 합산한 금액 기준

ㅇ (재판매 금지기간) 자동차ㆍ가전은 2년, 그 외 재화는 1년

□ 고가주택 2주택자의 간주임대료 과세대상 구체화 (소득령)

* 간주임대료: 전세보증금(3억원 초과분)의 60%에 대한 이자상당액(정기예금이자율 3.5%)

ㅇ 고가주택(기준시가 12억원 초과) 2주택자에 대한 간주임대료 과세대상을 전세보증금 합계 12억원 초과로 규정(’26.1.1. 시행)

□ 다주택자 양도세 중과 한시 배제 기한 1년 연장 (소득령)

※ 「2025년 경제정책방향」('25.1.2.)에서 발표

ㅇ 다주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우 양도소득세 중과*를 배제하는 기한을 ’25.5.9.에서 ’26.5.9.까지로 1년 연장

* 중과세율: (2주택) 기본세율+20%p, (3주택 이상) 기본세율+30%p

□ 주택 용도변경 후 양도시 과세기준 합리화 (소득령)

ㅇ 주택에서 상가 등으로 용도변경 후 양도한 건물에 대한 1주택 여부* 판정 기준 시점을 양도시점에서 매매계약시점으로 조정

* 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 특례(최대 80%) 적용 기준

□ 거주자의 가상자산 취득가액 산정방식 보완 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안｣(‘24.7.25.)에서 발표

	< 법률(소득법§37) 개정내용 >
◇ 가상자산의 실제 취득가액 확인이 곤란한 경우 양도가액의 일정비율을 취득가액으로 의제하는 방법 허용 * 단, 동종 가상자산 전체에 적용하고, 수수료 등 별도 부대비용 불인정 □실제 취득가액 확인곤란 사유 및 구체적 의제비율 등을 시행령에 위임

ㅇ 국내 거래소 외 거래, 장부미비 등 취득가액 확인이 불가능한 경우 양도가액의 50%를 취득가액으로 의제 허용

□ 거주자 판정기준 보완 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안」('24.7.25.)에서 발표

ㅇ 1년 중 183일 이상 거소를 둔 경우 외에 전년도부터 계속하여 183일 이상 거소를 둔 경우에도 거주자로 판정

□ 비영리법인의 수익사업 범위 합리화 (법인령)

ㅇ 비영리법인이 장기간(10년 이상) 고유목적사업에 사용한 유·무형자산의 처분 수입에 대한 과세 범위* 합리화

* (현행) 처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 사용시 처분수입 과세 제외 →

(개정) 고유목적사업에 총 10년 이상 사용한 자산 처분시 처분수입 중 보유기간 대비 사용기간만큼 과세 제외(현행 방식도 적용 가능)

□ 민간임대주택에 대한 세제지원 (소득령‧법인령‧종부령)

※ 「주택공급 확대 및 건설경기 보완방안」('24.1.10.), ｢2025년 경제정책방향｣('25.1.2.)에서 발표

ㅇ 단기민간임대주택*에 대해 양도세‧법인세(건설형) 중과, 종부세 합산 배제 및 거주주택에 대한 양도세 1세대 1주택 비과세 적용

* 의무임대기간이 6년인 비아파트(「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 ‘25.6월 도입)

▪ 건설형: 공시가격 6억원 이하

▪ 매입형: 공시가격 수도권 4억원, 비수도권 2억원 이하

ㅇ 임대주택 공급 활성화를 위해 양도세 중과가 배제되는 건설형 장기민간임대주택* 가액요건 상향(공시가격 6→9억원, 법인은 현행 9억원)

* 의무임대기간이 10년인 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택

ㅇ 30호 이상 건설 또는 매입하여 공급하는 민간임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 가액기준 상향*

* [건설형] (현행) 공시가격 9억원 이하 → (개정) 12억원 이하
[매입형] (현행) 공시가격 6억원 이하 → (개정) 9억원 이하(비수도권 6억원 이하)

□ 유연탄 개별소비세 세율 일원화 (개소령)

ㅇ 환경에 미치는 영향 등을 고려하여 발열량에 따른 차등세율 과세방식을 단일세율로 전환(’25.7.1 이후 수입신고 분부터 적용)

* (현행) 고열량탄 49원/kg, 중열량탄 46원/kg, 저열량탄 43원/kg → (개정) 46원/kg

□ 중소기업 등 범위 합리화 (조특령)

※ 「2024년 세법개정안」('24.7.25.)에서 발표

ㅇ 법인, 개인사업자간 조세 중립성을 제고*하기 위해 부동산임대업 법인은 조특법상 중소·중견기업에서 제외

* 개인사업자의 경우 부동산임대업에서 발생한 소득은 투자·고용 등 ｢조특법｣상 과세특례 대상에서 제외되나, 법인은 부동산임대업도 과세특례 대상

ㅇ 법인을 활용한 개인의 조세회피를 방지하기 위해 ‘성실신고확인대상 소규모 법인*’을 조특법상 중소･중견기업에서 제외

* (요건: ➊+➋+➌) ➊ 지배주주등 지분율 50% 초과, ➋ 부동산임대업이 주된 사업 또는 부동산임대･이자･배당소득이 매출액의 50% 이상, ➌ 상시근로자 5인 미만

2) 세원투명성 강화 및 과세형평 제고

□ 현금영수증 의무발급 대상 업종 확대 (소득령)

※ 「2024년 세법개정안」('24.7.25.)에서 발표

ㅇ 소득파악 기반 확충을 위해 4개 업종*을 현금영수증 의무발급 대상 업종에 추가(138→142개 업종, ’26.1.1. 시행)

* ➊기념품, 관광 민예품 및 장식용품 소매업, ➋사진 처리업, ➌낚시장 운영업, ➍기타 수상오락 서비스업

□ 중소기업 취업자 소득세 감면* 대상 업종 조정 (조특령)

* 중소기업(농어업ㆍ제조업ㆍ도매업 등) 취업자에 대해 3~5년간 70~90% 소득세 감면

ㅇ 고소득‧전문직종인 취업 선호업종*을 중소기업 취업자 소득세 감면 대상 업종에서 제외

* 수의업, 부동산 임대업, 가상자산 매매 및 중개업, 관세사업

□ 면세점 송객용역 매입자납부특례 관련 세부사항 규정 (조특령)

※ 「2024년 세법개정안」('24.7.25.)에서 발표

	< 법률(조특법§106의11 신설) 개정내용 >
◇ 면세점 등이 송객수수료에 대한 부가가치세를 직접 납부하는 매입자 납부특례 신설 □송객용역의 정의, 매입자의 부가가치세 입금 기한 등은 시행령에 위임

ㅇ (송객용역 정의) 면세점에 관광객을 유치·알선하기 위한 목적으로 면세점 홍보, 관광객 모집·안내 또는 기타 편의 제공 행위

ㅇ (부가가치세 입금 기한) 송객 후 7일 이내

□ AEO 업체 대상 과태료 감경혜택 폐지 (관세령)

ㅇ 수출입안전관리우수업체*(AEO)는 높은 수준의 준법성이
요구되는 점을 고려하여 AEO업체에 대한 과태료 감경 폐지

* AEO(Authorized Economic Operator): 관세청이 법규준수 이력, 물류안전 관리 등을 공인한 업체로서 신속통관∙조사면제∙과태료 감경 등 혜택 제공 중

□ 비영리법인 인건비 제한 합리화 (법인령)

ㅇ 고유목적사업준비금 지출 연한(5년)을 감안하여 인건비 제한(총급여 8천만원 이하)을 적용받는 비영리법인의 범위를 합리화*

* (현행) 해당 사업연도를 기준으로 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리법인

(개정) 현행 또는 해당 사업연도 및 직전 5개 사업연도를 기준으로 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리법인

□ 현금영수증 신고포상금 지급액 인하 (국기령)

※ 「2024년 세법개정안」(’24.7.25)에서 발표

ㅇ 영세사업자의 단순 착오 등을 악용하는 사례가 늘어나는 점을 고려, 현금영수증 미발급, 발급 거부등에 대한 신고포상금 한도 인하

▪(건당 한도) 50만원 → 25만원 / (인당 연간 한도) 200만원 → 100만원

4		납세자 친화적 환경 구축

1) 납세자 편의 제고

□ 전자기부금영수증 의무발급 기준 구체화 (소득령·법인령)

※ 「2024년 세법개정안」(’24.7.25)에서 발표

	< 법률(소득법 §160의3, 법인법§112의2) 개정내용 >
◇ 직전연도 기부금영수증 발급액이 3억원 이상으로서 일정 금액을 초과하는 단체에 대해 다음연도 1.10.까지 전자기부금영수증 발급 의무 신설 □ 구체적인 기준금액은 시행령에 위임

ㅇ 전자기부금영수증 의무발급 기준금액을 직전연도 기부금영수증 발급합계액 3억원으로 규정

□ 대환대출 시 전세자금대출 이자상환액 소득공제* 적용 (소득령)

* 무주택자의 주택임차차입금 원리금상환액의 40%를 연 400만원 한도로 소득공제

ㅇ 전세자금 대환대출 시 금융기관으로 직접 차입금을 입금하는 경우도 소득공제 적용

* (현행) 대출기관에서 임대인 계좌로 직접 입금하는 경우에만 주택임차차입금 소득공제 가능

□ 비거주자·외국법인 국채 비과세 신청절차 개선 (소득령·법인령)

ㅇ 비거주자·외국법인 비과세신청서 제출절차 간소화* 및 거래보유명세서 제출방법** 개선

* (현행) 사모펀드는 하위투자자별로 제출 → (개정) 공모·사모 모두 펀드별로 제출

** (현행) 사전 제출 → (개정) 사후 확인(세무서장 요청시 제출)

□ 수입물품 가격신고 제도 개선 (관세령)

ㅇ 납세자의 가격신고 부담 완화를 위해 운영 중인 일괄 가격신고 요건* 완화

* (현행) ‘같은 물품’을 ‘같은 조건’으로 반복 수입 시 1년 범위 내 일괄 가격신고 가능 → (개정) ‘같은 물품’ 삭제

ㅇ 물품 가격신고 시 함께 제출해야 하는 과세자료 명확화*

* 가산요소, 공제요소, 간접지급금액 등의 계약서 등을 구체적으로 명시

2) 납세자 권익 보호

□ 국제거래 관련 과태료 규정 정비 (국조령)

※ 「2024년 세법개정안」(’24.7.25)에서 발표

ㅇ 해외금융계좌 신고의무·금융정보 제공의무 등 불이행에 대한 과태료 부과기준 합리화

* (해외금융계좌 신고) 10%∼20% 누진율, 20억원 한도 → 10% 단일율, 10억원 한도
(금융정보 제공) 금융기관별 2천만원/1천만원 → 계좌별 30만원/10만원, 한도는 동일

□ 특별재난지역 납부기한 연장 등 특례 적용대상 확대 (국징령)

※ 「2024년 세법개정안」(’24.7.25)에서 발표

ㅇ 특별재난지역 내 납부기한 연장·납부고지 유예, 압류·매각 유예 특례 적용대상에 특별재난지역에서 피해를 입은 자 추가

* (현행) 특별재난지역 내에 사업장을 가진 자로 한정 →
(개정) 특별재난지역 내에서 부상당한 자 및 사망한 자의 상속인 추가

□ 고액 체납자에 대한 출국금지 요청 기준 합리화 (국징령, 관세령)

ㅇ 고액 체납 방지를 위해 5천만원 이상 국세·관세등 체납자에 대한 출국금지 요청 기준*을 합리화

* ➊ 출국금지 요청일 기준 5천만원 이상 체납(현행과 동일)

➋ 출국금지 요청일로부터 과거 1년간 출국 3회 판단 기준 변경
(현행) 체납 5천만원 이상인 상태에서 출국한 경우만 포함 →
(개정) 체납금액 기준 삭제

□ 관세조사 재조사 금지 예외사유 추가 (관세령)

	< 법률(관세법 §111) 개정내용 >
◇ 관세 재조사 금지의 예외사유를 시행령에 위임 * 법률에 열거중인 사유(관세탈루등 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우, 과세전적부심 등에 따른 재조사 결정 등)와 유사한 사유

ㅇ 관세조사 재조사 금지 예외사유로서 납세자에게 유리한
관세환급금 결정을 위한 확인조사 등을 추가

Ⅲ. 추진 일정

1	개정대상 시행령 : 총 21개

□ 내국세(18개)

ㅇ 국세기본법·국세징수법·소득세법·법인세법·상속세 및 증여세법·부가가치세법·조세특례제한법·종합부동산세법·개별소비세법·교통·에너지·환경세법·주세법·교육세법·증권거래세법·농어촌특별세법·국제조세조정에 관한 법률·과세자료의 제출에 관한 법률·주류 면허 등에 관한 법률 시행령,  농‧축산‧임‧어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정

□ 관세(3개)

ㅇ 관세법·자유무역협정관세법 시행령, 최빈개발도상국에 대한 특혜관세 공여 규정

2	추진 일정

□ '25.1.16.(목), 시행령 개정안 발표

□ '25.1.17.(금) ~ 2.5.(수), 입법예고

□ '25.2월중, 국무회의

□ '25.2월말, 공포