조세특례 자가 점검표

1. 인적사항

법인명		대표자
소재지		사업자번호
업 종		설립일

2. 감면종류

감면종류		관련법령

3. 점검할 사항

점검할 내용	점검할 사항	확인한 내용	적합 여부	판정
①감면요건	대상법인 해당 여부
	대상업종 해당 여부
	감면대상 자산 또는 소득 여부
②감면금액 계산	공제․감면금액 계산 적정여부
	공제․감면율 적정 여부
③감면제외 요건	수도권내 투자 배제여부(§130)
④중복적용 여부	세액감면과 세액공제의 중복(§127④)
	세액감면간 중복(§127⑤)
	세액공제간 중복(§127②)
⑤최저한세 적용	최저한세 초과 감면여부(§132)
⑥농특세 적용	감면액에 대한 농특세 납부여부
⑦의무이행	투자자산 2년내 처분여부(§146)
⑧적용시기	감면개시전 감면 여부
	감면만료(일몰) 후 감면 여부
⑨준비금 환입	준비금 환입 누락 여부
	이자상당액 가산액 징수여부 (미사용액, 사업폐지 등 환입)

조세특례 자가 점검 요령

- 2007.12.31. 결산법인 기준 -

1. 공통적인 사항

가. 공제감면 대상업종

○ 조세특례제한법에서는 해당 사업을 영위하는 경우에 한해 감면을 적용하거나 특정 업종에 대해서는 감면을 배제하므로 감면을 적용받고자 하는 법인은 먼저 영위하는 사업이 감면업종에 해당하는지 검토하여야 함

- 업종의 분류는 조특법의 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 한국표준산업분류에 따름

* 사업자등록한 업종과 실제 영위업종이 다른 경우에는 실제 영위업종에 따라 감면사업 해당여부를 판단하되 세무서에 사업장등록 정정신고를 하여야 함

나. 세액공제 대상자산

○ 일반적으로 중고자산은 투자세액공제를 적용할 수 없음

- 경락에 의해 취득하는 자산과 사업을 양수하면서 취득하는 자산은 중고자산에 해당

- 해외에서 매입하는 기계장치 등에 대하여도 중고여부를 검토

- 운용리스자산은 세액공제 대상이 아니며, 계약종료 후 운용리스자산을 취득하더라도 중고자산이므로 세액공제를 받을 수 없음

* 금융리스는 최초 계약일이 속하는 사업연도에 투자세액공제

○ 기존설비에 대한 보수 또는 자본적지출액도 투자세액공제를 적용할 수 없음

다. 투자금액의 계산

○ 투자금액의 일정률을 투자완료일이 속하는 사업연도 법인세에서 일괄공제하고 투자가 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 이루어지는 경우 당해 사업연도에 투자한 금액에 대해 세액공제

○ 세액공제대상 투자금액은 다음과 같이 계산

* 투자금액의 계산(영§4③) : ①과 ②중 큰 금액에서 ③을 차감

① 총투자금액에 작업진행률(법령 §69②)에 의해 계산한 금액

② 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액

③ 당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 금액과 공제대상이 되기 전에 투자분으로서 ①을 준용하여 계산한 금액

○ 투자금액의 계산시 유의할 사항

- “지출한 금액□이라 함은 당해 과세연도 중 실제로 지출된 현금(어음지급분으로서 당해과세연도 중에 결제된 것을 포함) 지급분(선급금 제외)만을 말함

○ 임시투자세액공제 적용방법

- 투자가 일시에 완료되는 경우 투자한 과세연도에 일괄 공제하고

- 투자가 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 이루어지는 경우 원칙적으로 투자완료시점에 일시공제하는 방법을 선택할 수 없고 투자가 이루어지는 각 과세연도별로 공제받아야 함

라. 감면세액의 계산(법인세법 §59②)

○ 감면사업과 기타사업을 겸영하는 경우 각각의 사업을 구분경리하여야 하며 감면세액은 다음과 같이 계산

감면소득

감면세액 = 법인세 산출세액 × ──────  × 감면율

과세표준금액

- 이월결손금은 이월된 당해 결손금의 범위내에서 이월결손금이 발생한 사업의 소득에서 공제함

○ 감면사업과 기타사업의 공통손익은 다음의 방법으로 안분계산

- 공통익금 : 수입금액 또는 매출액에 비례(법인세법시행규칙§76⑥,⑦)

- 공통손금 : 동일업종은 매출액, 다른 업종은 개별손금에 비례

* 업종구분은 한국표준산업분류상 소분류에 의하고 소분류 해당업종이 없을 때에는 중분류에 의함

○ 감면대상 소득계산시 이자수익․유가증권처분이익 등은 포함되지 않음

마. 수도권과밀억제권역의 투자에 대한 감면 배제(조특법 §130)

○  ’89.12.31 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 영위하는 내국인과 ’90.1.1 이후 수도권과밀억제권에 사업장을 설치하거나 종전의 사업장을 이전한 중소기업이

수도권과밀억제권역에 설치한 사업장에서 사용하기 위한 증설투자에 대하여는 다음 투자세액공제를 배제

① §5【중소기업투자세액공제】①1호(사업용자산), 2호(판매시점정보관리시스템설비)

* 3호(정보보호시스템설비) 제외 ⇨ 세액공제가능

② §11【연구및인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】②3호(신기술 사업용자산)

* 1호(연구시험용시설), 2호(직업훈련용시설) 제외

③ §24【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】 ①1호(공정개선･자동화시설), 2호(첨단기술설비)

* 4~7호(ERP, 전자상거래설비, 공급망관리설비, 고객관계관리설비) 제외

④ §25【환경․안전설비투자 등에 대한 세액공제】①3～6, 8, 10호

* 2호(환경보전시설), 7호(비상대비시설), 9호(기술유출방지설비) 제외

⑤ §26【임시투자세액공제】

* ④, ⑤는 90년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한해 감면배제

⇨ 중소기업이 ’04. 1. 1. 이후에 대체투자를 하는 경우에는 투자세액공제 허용(증설투자는 원칙적으로 감면 배제)

* 디지털방송장비(대체투자분. 단, §26 적용시는 증설투자 포함) 및 정보통신장비는 제외

○ 중소기업이 아닌 자가 수도권과밀억제권에 새로이 사업장을 설치하거나 종전의 사업장을 이전하는 경우에 사업용 고정자산 투자에 대하여는 다음 투자세액공제를 배제

* 디지털방송장비(대체투자분. 단, §26 적용시는 증설투자 포함) 및 정보통신장비는 제외

① §11② 3호 (연구시험용시설, 직업훈련용시설 제외)

②  §24① 1,2호 (ERP, 전자상거래설비, 공급망관리설비, 고객관계관리설비 제외)

③ §25① 3～6, 8, 10호 (환경보전시설, 비상대비시설, 기술유출방지설비 제외)

④ §26

'89. 12. 31.이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 영위하는 내국인이 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 사업장에 사용하기 위한 투자에 대하여는 임시투자세액공제 적용이 가능

바. 중복지원의 배제(조특법 §127)

○ 아래 세액감면과 세액공제는 동일한 사업연도에 서로 중복하여 신청할 수 없음

① 세 액 감 면		② 세 액 공 제
법조문	공제감면내용	법조문	공제감면내용
§6	창업중소기업 등 세액감면	§5	중소기업 투자세액공제
§7	중소기업특별세액감면	§11	연구인력개발설비 투자세액공제
§12의2	연구개발특구입주기업 세액감면	§24	생산성향상시설 투자세액공제
§31	중소기업통합에 따른 세액감면승계	§25	환경･안전설비 투자세액공제
§32	법인전환에 따른 세액감면 승계	§25의2	에너지절약시설 투자세액공제
§33의2	사업전환중소기업 세액감면	§26	임시투자세액공제
§63	지방이전중소기업 세액감면	§94	근로자복지증진 투자세액공제
§63의2②	수도권외 이전법인 세액감면	§104	공동전산망화물운송비 세액공제
§64	농공단지입주기업 세액감면
§66	영농조합법인 세액감면
§67	영어조합법인 세액감면
§68	농업회사법인 세액감면
§121의8	제주첨단과학기술단지 입주기업세액감면
§121의9②	제주투자진흥지구 및 제주자유 무역지역내 입주기업세액감면
§121의17② 외	기업도시개발사업세액 감면 등

- 투자세액공제를 이월공제 받은 경우에는 공제대상 사업연도(투자한 사업연도)의 세액감면과 중복적용 여부를 판단

* 2008년부터 §25의3(환경보전시설), §25의4(의약품 품질관리 개선시설), §63의3(지방대학 맞춤형 교육비용세액공제)이 신설되어 추가됨

○ 동일한 사업장에서 아래 감면이 동시에 적용되는 경우 하나만 선택하여 적용

법조문	감 면 내 용
§6	창업중소기업 등 세액감면
§7	중소기업특별세액감면
§12의2	연구개발특구입주기업 세액감면
§31	중소기업통합에 따른 세액감면승계
§32	법인전환에 따른 세액감면 승계
§33의2	사업전환중소기업 세액감면
§63	지방이전중소기업 세액감면
§63의2②	수도권외 이전법인 세액감면
§64	농공단지입주기업 세액감면
§121의2	외국인투자에 대한 법인세 감면
§121의4	외국인 투자기업에 대한 증자시 조세감면
§121의8	제주첨단과학기술단지입주기업세액감면
§121의9②	제주투자진흥지구 및 제주자유무역지역내 입주기업세액감면
§121의17②	기업도시개발사업세액감면 등

○ 동일한 투자자산에 대하여 아래 세액공제가 동시에 적용되는 경우 하나만 선택하여 적용하여야 함

법조문	감 면 내 용
§5	중소기업투자세액공제
§11	연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 또는 일시상각
§24	생산성향상시설투자에 대한 세액공제
§25	환경ㆍ안전설비투자에 대한 투자세액공제
§25의2	에너지절약시설투자에 대한 세액공제
§26	임시투자세액공제
구§62①,②	지방이전기업에 대한 투자세액공제 또는 일시상각('03.12.30 삭제)
§94	근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 투자세액공제 등

* 2008년부터 §63의3(지방대학 맞춤형 교육비용세액공제)이 신설･추가됨

사. 감면세액의 추징(조특법 §146)

○ 투자세액공제를 받은 자산을 투자완료일로부터 2년내 처분한 경우에는 처분한 날이 속하는 과세연도 과세표준 신고시 처분자산의 세액공제상당액에 이자상당가산액(조특령§137②)을 가산하여 납부

- 현물출자․합병․분할, 분할합병, 자산교환, 통합․사업전환․사업승계, 내용연수 경과의 경우에는 처분한 것으로 보지 아니함

아. 공제감면 적용순서

○ 동일한 과세기간에 최저한세 적용대상인 공제감면세액과 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 동시에 적용하는 경우

- 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 차감하고 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용

<예> 최저한세 적용대상인 이월된 “임시투자세액공제”와 최저한세 적용대상이 아닌“수도권외 지역이전법인에 대한 임시특별세액감면”이 동시에 적용되는 경우 최저한세 범위까지 임시투자세액공제를 먼저 공제(재정경제부 조세지출예산과-112, 2005.2.5)

	<참고> 2007년부터 시행되는 주요감면
- 중소기업지원설비에 대한 손금산입 특례(조특법§8) - 연구 및 인력개발비 세액공제 확대(조특법§10) - 사업전환 중소기업 세액감면(조특법§33의2) - 문화비로 지출한 접대비의 손금산입 특례(조특법§136) - 수도권 밖 지방이전 중소기업 최저한세 적용배제(§132)

2. 조세특례제한법의 조문별 주요 내용

가. 중소기업특별세액 감면(§7)

○ 대상법인

- 수도권에 소재하는 소기업(지식기반산업은 중기업까지 포함)

- 지방에 소재하는 중소기업

* 수도권의 범위 : 수도권정비계획법에 의한 수도권(서울, 경기, 인천 전지역)

* 소기업의 범위 : 종업원수가 제조업은 100명, 광업․건설업․물류산업․여객운송업은 50명, 기타 사업은 10명 미만인 기업

* 지식기반산업 : 엔지니어링사업, 부가통신업, 연구및개발업, 정보처리 및 기타컴퓨터운영 관련업

○ 대상업종

1. 제조업, 2. 광업, 3. 건설업, 4. 물류산업, 5. 운수업 중 여객운송업,

6. 어업, 7. 도매업, 8. 소매업, 9. 전기통신업, 10. 연구 및 개발업,

11. 방송업, 12. 엔지니어링사업, 13. 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터 운영관련업,

14. 작물재배업('05.12.31 개정시 종자 및 묘목생산업에서 범위 확대),

15. 축산업, 16. 의료업(의원ㆍ치과의원 및 한의원 제외),

17. 자동차정비업, 18. 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업, 19. 폐수처리업,

20. 과학 및 기술서비스업, 21. 전문디자인업, 22. 포장 및 충전업,

23.  영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한함),

24. 공연산업(자영 예술가 제외), 25. 뉴스제공업,

26.  관광사업(카지노, 관광유흥음식점 및 외국인전용유흥음식점업 제외),

27. 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업,

28. 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업, 29. 건설폐기물처리업,

30. 선박관리업, 31. 분뇨수집ㆍ운반업, 32. 직업기술분야 학원,

33. 무역전시산업, 34. 광고업, 35. 토양정화업

○ 감면내용

기업규모	사업장소재지	감면업종	감면비율
소기업	수도권내	제조업 등	20%
		도․소매업 등	10%
	수도권외	제조업 등	30%
		도․소매업 등	10%
중기업	수도권내	지식기반산업	10%
	수도권외	제조업 등	15%
	수도권외	도․소매업 등	5%

* 사업장별로 판단(단, 본점이 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 간주)

나. 창업중소기업 등에 대한 세액감면(§6)

○ 감면대상법인

- 창업중소기업 : 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업

* 수도권과밀억제권역에 지점 설치시 감면배제

- 창업벤처중소기업 : 창업후 2년이내에 벤처기업으로 확인받은 중소기업(2008.1.1. 이후 확인받은 분부터는 3년)

○ 대상업종

1. 제조업, 2. 광업, 3. 부가통신업, 4. 연구 및 개발업,

5. 과학 및 기술서비스업, 6. 전문디자인업, 7. 방송법에 의한 방송사업,

8. 방송프로그램제작업, 9. 엔지니어링사업(기술사의 엔지니어링활동 포함),

10. 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 11. 물류산업,

12. 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한함),

13. 공연산업(자영예술가 제외), 14. 관광진흥법에 의한 관광숙박업,

15. 관광객이용시설업, 16. 국제회의업, 17. 유원시설업, 18. 광고업,

19. 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 20. 무역전시산업,

21. 직업기술분야 학원

○ 감면내용

- 소득세․법인세 : 창업(벤처확인)후 최초 소득발생 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날까지 당해사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 후 3년(’03년까지 5년)간 50% 세액감면

- 법인세 감면분에 대한 농어촌특별세는 비과세

○ 현물출자․사업양수 또는 개별자산의 인수․매입을 통하여 종전 사업에 사용되던 자산가액이 사업개시 당시 사업용자산 총가액의 30% 이하인 경우 창업으로 봄

○ 사업연도중에 창업벤처중소기업에 해당되는 경우에도 그 과세연도에 발생한 전체소득에 대하여 동조의 규정을 적용받을 수 있음

다. 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제(§7의2)

○ 대상법인 : 구매대금을 환어음 등 조세지원대상 결제수단으로 지급하는 내국기업

* 중소기업과 중소기업간의 거래이어야 함(단, 일반기업이 네트워크론제도를 이용하여 중소기업에 지급하는 구매대금을 포함)

○ 구매대금 결제수단

- 환어음․판매대금추심의뢰서를 결제하는 방식으로 지급하는 경우

- 기업구매전용카드 또는 외상매출채권담보대출제도, 구매론, 네트워크론을 이용하여 지급하는 경우

․기업구매전용카드 사용금액 또는 외상매출채권담보대출제도 이용금액은 구매 기업의 구매 카드대금 지급기한 또는 대출금상환기한이 세금계산서 작성일부터 60일이내이고, 카드사 등 금융기관이 판매기업에 대하여 상환청구권을 행사할 수 없는 것이어야 함(단, 네트원크론은 세금계산서 작성일 이전에 판매기업에 상환청구권을 행사하는 것 포함)

○ 공제내용

- (환어음․판매대금추심의뢰서 결제금액 ＋ 기업구매전용카드 사용금액 ＋ 외상매출채권담보대출․구매론․네트워크론제도 이용금액 － 약속어음 결제금액) × 공제율

- 공제율 : 30일 이내 결제분 0.3%(중소기업이 ’07.6.1이후 결제하는 분부터 0.4%), 31～60일 이내 결제분 0.15%

- 한도 : 법인세 산출세액의 10%

라. 연구․인력개발비에 대한 세액공제(§10)

○ 지원내용 : 연구․인력개발비가 있는 경우 다음 ①, ②중 선택하여 세액공제

○ 대상법인：내국기업(소비성서비스업은 제외)

○ 공제내용

중소기업	① 당해연도 연구․인력개발비 발생액의 15% 공제 ② 직전 4년간 연구․인력개발비 평균발생액 초과금액의 50% 공제
일반기업	① 직전 4년간 연구․인력개발비 평균발생액 초과금액의 40% 공제 * 대학 및 중소기업에게 위탁한 연구개발비는 50% <2008.1.1. 이후 개시사업연도부터> ② 당해연도 R&D지출액 × (3% +α) * α(3%한도) = R&D지출액/매출액 × 1/2

○ 세액공제대상비용(조특법 시행령 별표6)

- 연구개발：연구개발전담부서 직원의 인건비, 재료비 시설임차비 및 이용료, 특정연구기관 등에 지출한 기술개발 위탁비

- 인력개발 : 국내외의 전문연구기관․대학 등 위탁교육훈련비 직업 훈련기관 위탁훈련비 등

마. 임시투자세액공제(§26)

○ 적용업종

1. 광업, 2. 제조업, 3. 건설업, 4. 도매업, 5. 소매업, 6. 전기통신업,

7. 연구 및 개발업, 8. 포장 및 충전업, 9. 전문디자인업, 10. 영화산업,

11. 영화관운영업, 12. 방송업, 13. 엔지니어링사업

14. 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 15. 물류산업,

16.「관광진흥법」에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업,

17. 폐기물처리업, 18. 폐수처리업,

19.「하수도법」에 따른 분뇨수집･운반업 및 개인하수처리시설관리업,

20. 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 따른 가축분뇨 관련영업,

21. 과학 및 기술서비스업, 22. 종자 및 묘목생산업, 23. 축산업,

24. 수산물 부화 및 종묘생산업, 25. 공연산업,

26. 교육서비스업(컴퓨터학원에 한함),

27.「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업,

28.「노인복지법」에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업,

29. 뉴스제공업

○ 대상시설

건설업의 중장비, 도․소매업 또는 물류산업의 유통산업합리화시설, 관광숙박업 및 국제회의기획업의 사업용 건물 및 구축물, 전기통신업의 무선설비, 기타업종의 사업용자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기 제외)

* 사업용자산 : 조특법 시행규칙 제3조(법인세법시행규칙 별표6의 자산)

○ 공제율 : 투자금액의 7%(’06.1.1 이후)

* 중고품에 의한 투자, 기존설비에 대한 보수･자본적지출 및 운용리스는 투자세액공제대상 아님

바. 준비금의 익금환입

○ 손금에 산입한 준비금을 환입할 때에는 다음과 같은 회계처리에 의해 익금에 산입

결 산 조 정	신 고 조 정
(차) △△ 준비금 1,000 (고정부채) (대) △△준비금 환입 1,000 (영업외수익) ⇒ [세무조정] 없음	(차) △△ 준비금 1,000 (자본, 잉여금) (대)미처분이익잉여금 1,000 (자본, 잉여금) ⇒ [세무조정] ․ △△ 준비금 1,000 익금산입(유보)

○ 사용기준 사용액(법정사용액)은

- 3년째 되는 날이 속하는 사업연도부터 3년간 균등 환입

* 법정사용액은 임의환입 불가

○ 미사용액 및 사업폐지 등의 경우

- 미사용액은 3년째 되는 날이 속하는 사업연도에 일시환입하여야 함

- 미사용액은 3년내 임의환입 가능(기본통칙 4-0…1)

- 사업폐지나 법인해산의 경우 사유발생 사업연도에 준비금계정잔액을 익금산입 하여야 함

* 미사용액 및 사업폐지 등의 사유로 환입하는 경우에는 이자상당가산액을 납부하여야 함

○ 이자상당가산액 계산방법

이자상당 가산액	=	손금산입에 따른 법인세 차액	×	가산기간	×	가산율

* 가산기간 : 준비금 손금산입 사업연도 종료일의 다음날부터 준비금 익금환입 사업연도 종료일까지의 기간

* 가산율 : 1일 3/10,000

3. 일몰이 종료된 감면

○ 일몰기한 : 2003.12.31. 이전에 종료하는 사업연도

- 중소기업투자준비금(§4)

- 투융자손실준비금(§17)

- 유통개선지원준비금(§75)

○ 해외파견비 임시세액공제(§10의2)

-  2005.12.31일 이전에 종료하는 사업연도

○ 기술이전소득에 대한 과세특례(§12①)

- 2005.12.31일 이전에 종료하는 사업연도

○ 고용증대 특별세액공제(§30의4)

-  2005.12.31일 이전에 종료하는 사업연도

○ 상장기업 자사주처분손실준비금 손금산입(§104의3)

-  2005.12.31일 이전에 종료하는 사업연도

○ 일몰기한 : 2006.12.31. 이전에 종료하는 사업연도

- 코스닥상장 중소기업 사업손실준비금(§8의2)

- 연구 및 인력개발 준비금 손금산입(§9)

- 사회간접자본투자준비금(§28)

- 문화사업준비금(§104의9)

○ 고용창출형 창업기업 세액감면(§30의2)

-  2006.12.31일 이전에 종료하는 사업연도

○ 고용창출형 창업기업 결손금 이월공제기간 특례(§30의3)

-  2006.12.31일 이전에 종료하는 사업연도