보도일시	2014. 2. 24(월) 배포시부터
배포일시	2014. 2. 24(월)	담당부서	세제실 조세정책과
담당과장	황정훈 과장	담 당 자	정 형 서기관

제목: 2013년 세법․시행령개정 후속 시행규칙 개정

□ ‘13년 개정세법이 차질없이 시행되도록 세법․시행령에서 위임한 사항 등을 규정하기 위해 18개 시행규칙 개정 추진

ㅇ (개정대상 시행규칙) 총 18개 세법 시행규칙*

*국세기본법․국세징수법․조세특례제한법․소득세법․교육세법․증권거래세법․법인세법․과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률․종합부동산세법․상속세 및 증여세법․부가가치세법․개별소비세법․교통에너지환경세법․국제조세조정에 관한 법률․관세법․수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법․자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행규칙, 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제적용 등에 관한 특례규정

ㅇ (추진 일정) 입법예고․부처협의(2.24 ～3.6) 및 법제처 심사를 거쳐 공포할 예정

※ 자세한 사항은 아래 연락처로 문의하시기 바랍니다. (044-215-내선번호)

조세정책과(4113)	조세특례제도과(4131)	소득세제과(4155)
법인세제과(4171)	재산세제과(4211)	환경에너지세제과(4251)
국제조세제도과(4331)	관세제도과(4411)	FTA관세이행과(4491)

※ 별첨 : ‘13년 개정세법 후속 주요 시행규칙 개정내용

	기획재정부 대변인

별첨:‘13년 개정세법 후속 주요 시행규칙 개정내용

1. 소득세법 시행규칙

□ 연금계좌에서의 의료비인출 확인절차 신설(소득규칙 §16의3)

	< 시행령 개정내용(§40의2③) >
◇ 의료목적으로 인출하는 금액은 연금소득으로 과세(세율 3～5%) ㅇ 의료비는 의료비연금계좌(1인 1계좌)를 통해 인출

ㅇ (신 설) 연금계좌취급자에 대해 의료비연금계좌 중복지정여부,
동일 의료비 중복인출여부 확인의무 부여

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 인출신청하는 분부터 적용

□ 기부금대상 민간단체 추천·지정시기 신설(소득규칙 §44의2)

ㅇ (신 설) 안행부 장관이 매반기 1개월 전까지 기재부 장관에게 추천하고, 기재부 장관은 매반기 말일까지 지정

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 지정 또는 재지정하는 분부터 적용

□ 욕탕업에 대한 복식부기 의무 기준금액 조정(소득규칙 §65의2)

ㅇ (현 행)  개인서비스업의 경우 수입금액 7,500만원 이상자

ㅇ (개 정) 개인서비스업 중 영세업종에 해당하는 욕탕업에 대해 복식부기 의무 기준금액을 1.5억원으로 상향조정

ㅇ (적용시기) 시행일이 속하는 과세기간 분부터 적용

□ 연금외수령(기타소득)시 지급명세서 제출의무 규정(소득규칙 §97)

ㅇ (현 행)  기타소득금액이 건별 5만원 초과시 지급명세서 제출

* 단, 원고료 등은 5만원 이하인 경우에도 지급명세서 제출

ㅇ (개 정) 연금외수령*의 경우에는 기타소득금액이 5만원 이하인 경우에도 지급명세서 제출

* 연금수령요건을 갖추지 않고 연금계좌에서 인출

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 지급명세서를 제출하는 분부터 적용

2. 법인세법 시행규칙

□ 기부금 단체 추가 지정(법인규칙 별표6의4, 별표 6의7)

ㅇ (개 정) 기부금단체에 국제기구, 공공기관 등 추가

구 분	현 행	추가대상
지정기부금단체에 해당하는 국제기구	세계식량계획(WFP) 등 4개 국제기구	녹색기후기금(GCF)
법정기부금단체에 해당하는 공공기관등	대한적십자사 등 59개 공공기관등	대한결핵협회, 2015경북문경세계군인체육대회조직위원회, 2015세계물포럼조직위원회

ㅇ (적용시기) ’14.1.1일 이후 기부하는 분부터 적용

□ 지정기부금단체 사후관리 점검결과 통보기한 등 조정(법인규칙 §18의2)

구 분	1년～4년차	5년～6년차
		현행	개정
주무관청에 대한 기부금단체 의무이행여부 제출기한	3년 및 5년째 되는 해의 3.31일까지	주무관청 재지정 추천전일까지	7년째 되는 해의 3.31일까지
주무관청의 사후관리 점검결과 통보기한	3년 및 5년째 되는 해의 6.30일까지	주무관청 재지정 추천일까지	7년째 되는 해의 6.30일까지

ㅇ (적용시기) ‘14.1.1. 이후 점검대상이 되는 기부금단체부터 적용

□ 의료법인의 고유목적사업준비금 지출용도 확대(법인규칙 §29의2)

	< 시행령 개정내용(영§56⑥) >
◇ 의료법인의 고유목적사업 준비금 지출용도 확대 ㅇ 병원건물 등 고정자산 취득 외에 시행규칙으로 정하는 연구개발사업 추가

ㅇ (현 행) 병원건물 및 부속토지, 의료기기 등 고정자산 취득비용

ㅇ (개 정) 고유목적사업준비금 지출용도에 자체연구개발사업,
위탁공동연구개발사업 등 연구개발사업 추가

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 지출하는 분부터 적용

□ 기업분할에 따른 자산양도차익 과세이연 요건 보완

① 독립된 사업부문의 분할요건 구체화(법인규칙 §41)

	< 시행령 개정내용(영§82의2 ②⋅③) >
◇ 독립된 사업부문의 분할로 보지 아니하는 경우 ㅇ 시행규칙으로 정하는 부동산 임대업이 주업인 사업부문 ㅇ 사업용 고정자산가액(시행령에서 정하는 고정자산가액 제외)의 80% 이상이 부동산 관련 자산인 사업부문 ㅇ 주식등과 그와 관련된 자산⋅부채만을 분할하는 사업부문, 단, 시행규칙으로 정하는 지배목적 보유주식 분할은 독립된 사업부문의 분할로 인정

ㅇ (신 설) 자산총액 중 임대사업에 사용하는 자산가액 비중이 50% 이상인 경우 부동산임대업을 주업으로 판정

ㅇ (신 설) 분할일 현재 3년이상 영위한 사업부문에서 직접 사용한 부동산 등의 가액은 사업용고정자산가액 계산시 제외

ㅇ (신 설) 지배주주 등으로서 3년이상 보유한 주식 등은 지배목적 보유주식으로 인정

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 분할하는 분부터 적용

② 포괄승계 요건 구체화(법인규칙 §41의2)

	< 시행령 개정내용(영§82의2 ④⋅⑤) >
◇ 포괄승계 대상에서 제외되는 자산·부채의 범위 ㅇ 분할하기 어려운 자산으로서 시행규칙으로 정하는 자산 ㅇ 분할 사업부문이 승계하여야 하는 총자산(부채) 가액의 20% 이하인 자산⋅부채, 다만 비율계산방식은 시행규칙에 위임 ◇ 포괄승계로 인정되는 주식승계 등의 범위 ㅇ 지주회사를 설립함에 따라 주식등을 승계하는 경우 등 ㅇ 이와 유사한 경우로서 시행규칙으로 정하는 경우

ㅇ (신 설) 분할이 어려운 자산의 범위에 공동사용 상표권 포함

ㅇ (신 설) 포괄승계 예외에 해당하는 자산ㆍ부채 계산시 분할존속부문과 분할신설부문이 공동으로 사용하는 자산․부채는 각 부문별 사용비율 등으로 안분하여 합산

ㅇ (신 설) 포괄승계로 인정되는 주식승계 등의 사유* 구체화

① 법령상 의무에 따른 취득 등 사업에 반드시 필요한 경우, ② 분할신설부문과 매출 또는 매입 50% 이상을 차지하는 법인의 주식등을 이전하는 경우 등

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 분할하는 분부터 적용

□ 전자신고시 제출대상 부속서류 추가(법인규칙 §82)

ㅇ (현 행) 전자서식이 마련되지 않은 22종의 부속서류*는 전자신고시 제출대상에서 제외

* 익금불산입조정명세서, 접대비조정명세서, 책임준비금등명세서 등

ㅇ (개 정) 전자서식이 마련된 6종의 부속서류를 제출대상에 포함

* ①감가상각비조정명세서 ②기부금조정명세서 ③고유목적사업준비금조정명세서 ④대손충당금 및 대손금조정명세서 ⑤현물출자과세특례신청서 ⑥주요계정명세서

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 전자신고하는 분부터 적용

3. 조세특례제한법 시행규칙

□ 각종 투자세액공제대상 조정 (「‘14년 경제정책방향」등 旣발표내용 반영)

① 중소기업투자 세액공제(3%) (조특규칙 §3)

ㅇ (현 행) 사업용 유형자산(부동산, 소프트웨어, 차량·선박, 비품 등 제외), 운수업용 차량, 어업용 선박

ㅇ (개 정) 해당 업종에 직접 사용하는 소프트웨어* 추가

* 인사·급여·회계·재무 등 지원업무용 소프트웨어, 문서작성 등 일반사무용 소프트웨어, 운영체제(OS) 등 범용 소프트웨어 제외

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 투자하는 분부터 적용

② 에너지절약시설투자 세액공제(3~10%) (조특규칙 별표8의3)

ㅇ (현 행) 에너지절약설비, 고효율인증기자재 등

ㅇ (개 정) 에너지관리시스템(EMS)* 추가

* 건물·공장의 위치·용도별 에너지소비 측정, 흐름 제어를 통해 에너지사용을 최적화하는 에너지관리 통합 솔루션

·건물에너지관리시스템(BEMS), 산업에너지관리시스템(FEMS)으로 구분

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 투자하는 분부터 적용

③ 고용창출투자세액공제(4~7%) (조특규칙 §14)

ㅇ (현 행) 사업용 유형자산, 문화시설(도서관·박물관·미술관·공연장) 등

ㅇ (개 정) 과학관 추가(｢과학관 설립운영 및 육성에 관한 법률｣상 등록)

ㅇ (적용시기) ‘14.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용

④ 생산성향상시설 투자세액공제(3~7%) (조특규칙 별표2)

ㅇ (현 행) 공정개선 및 자동화 시설, 공급망관리 시스템 설비, 정보화시설 및 첨단 기술설비 등

ㅇ (개 정) 차세대인터넷주소(IPv6) 지원 네트워크 장비 추가

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 투자하는 분부터 적용

⑤ 환경보전시설 투자세액공제(3~10%) (조특규칙 별표8의5)

ㅇ (현 행) 대기오염 및 악취방지시설, 소음·진동방지시설, 탈황시설 등

ㅇ (개 정) 탈황시설 중 중유재가공 시설* 제외

* 에너지절약시설투자세액공제 대상에서는 ’13년 시행령 개정시 제외

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 투자하는 분부터 적용

□ 농지대토시 경작개시 예외사유·기간 신설(조특규칙 §27의3)

	<시행령 개정내용(영§67)>
◇ 농지 대토시 새로운 농지 취득일(새로운 농지 취득 후 종전농지를 양도하는 경우에는 종전농지 양도일)부터 1년 이내에 경작개시 ㅇ 단, 질병 요양 등 시행규칙으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 시행규칙으로 정하는 기간 이내에 경작개시

ㅇ (신 설) 1년 이상의 치료·요양, 농지개량․자연재해로 휴경하는 경우 신규농지 취득일(또는 종전농지양도일)부터 2년 이내 경작개시

ㅇ (적용시기) ‘13.7.1. 이후 종전농지를 양도하고 신규농지를 취득하는 분부터 적용

4. 상속세 및 증여세법 시행규칙

□ 일감몰아주기과세 관련 지배주주 판정방법 명확화(상증규칙 §10의6)

	< 시행령 개정내용(§34의2①) >
◇ 수혜법인의 지배주주 판정에 있어 주식보유비율이 동일한 자가 2인 이상인 경우에는 시행규칙으로 정하는 자로 판정

ㅇ (현 행) 2명 이상이 지배주주 요건에 해당하는 경우 사실상 영향력이 더 큰 자를 지배주주로 판정

ㅇ (개 정) 지배주주가 2인 이상인 경우 지배주주 판정방법 명확화(① → ② → ③ 순서로 적용)

① 지배주주와 그 친족의 주식보유비율 합계가 가장 높은 자

② 지배주주와 특수관계에 있는 법인에 대한 수혜법인의 매출이 더 큰 경우 그 지배주주

③ 사업연도종료일로부터 소급하여 가장 최근에 수혜법인의 대표이사였던 자

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 신고기한이 도래하는 분부터 적용

□ 재산평가를 위한 공신력있는 감정기관 범위 확대(상증규칙§15)

ㅇ (현 행) ｢부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인

ㅇ (개 정) 동법에 따른 따른 개인 감정평가업자 포함

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 평가하는 분부터 적용

□ 부실감정기관 지정절차 보완(상증규칙§15)

구 분	현 행	개 정
지정절차	과세관청이 지정	과세관청이 재산재평가심의위원회 자문을 거쳐 지정
지정기간	과세관청이 의뢰한 다른 감정기관이 평가서를 작성한 날부터 1년의 범위 내	부실감정기관 지정통지서 수령일부터 1년의 범위 내
의견제출	< 신 설 >	부실감정기관 지정 전에 원감정기관의 의견제출기회 부여

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 지정하는 분부터 적용

5. 개별소비세법 시행규칙

□ 탄력세율 적용대상 가정․상업용 LPG프로판의 범위(개소규칙 §2)

	< 시행령 개정내용(영§2의2 >
◇ 전기의 대체연료인 LNG, 등유, LPG프로판에 대해 탄력세율(△30%)을 적용 ㅇ LNG : 60원/kg → 42원/kg ㅇ 등유 : 90원/ℓ → 63원/ℓ ㅇ LPG프로판(가정용․상업용)*: 20원/kg → 14원/kg * 가정용․상업용의 범위는 기획재정부령으로 위임

ㅇ (신 설) 프로판 탄력세율 적용대상을 LPG 충전사업자 및
LPG 도시가스사업자에게 공급하는 프로판으로 규정

ㅇ (적용시기) ‘14.7.1 이후 제조장 반출 또는 수입신고분부터 적용

6 . 국제조세 분야 시행규칙

□ 외국납부세액 환급에 따라 국내 추가납부세액 발생시 원화환산 방법 신설(소득규칙§60, 법인규칙§48)

ㅇ (신 설) 외국납부세액공제를 적용받은 후 외국에서 환급세액이 발생한 경우 국내에 추가납부하는 세액은 외국에 세액을 납부한 때의 환율을 적용하여 계산

ㅇ (적용시기) 시행일이 속하는 과세연도부터 적용

□ 외투기업에 대한 증자 관련 감면세액의 계산방식 개선
(법인규칙 별지8호 부표4)

ㅇ (현 행) 감면종료사업과 증자분사업을 구분경리하지 않고 과세표준을 신고하여도 증자 관련 세액감면 허용

ㅇ (개 정) 감면사업에 대한 구분경리원칙에 맞게 감면종료사업과 증자분사업을 구분경리하여 과세표준을 신고하는 경우에 한하여 증자 관련 세액감면 허용

ㅇ (적용시기) 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용

□ 고도기술감면 사후관리를 위한 투자내역 제출의무 신설
(조특규칙 §116의4 ⑤)

ㅇ (신 설) 고도기술감면대상 외투기업은 사업개시일 이후 자본금 및 사업용 고정자산 등 변동내역을 과세표준 신고시 제출

ㅇ (적용시기) 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용

7. 국세기본법 시행규칙

수정신고 대상 명확화(기본규칙§12)

ㅇ (신 설) 적격구조조정시 과세이연되는 양도차익 등을 과소신고한 경우 과세표준․세액의 변동이 없더라도 수정신고 허용

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 수정신고 하는 분부터 적용

□ 국세환급가산금 계산시 적용되는 이자율 조정(기본규칙§19의3)

ㅇ (현 행) 年 3.4%

ㅇ (개 정) 최근 이자율(1년만기 정기예금)을 감안, 年 2.9%로 인하

※ 임대보증금 간주임대료 계산시 적용이자율, 주택임차차입금 상환액 소득공제 대상인 사인간 차입금의 기준이자율 등도 年 3.4% → 2.9%로 조정

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 기간분부터 적용

8 . 국세징수법 시행규칙

□ 한국자산관리공사에 대한 공매대행수수료 조정(징수규칙 §41의5)

현  행

개  정

구 분	요 율 (%)	최저수수료 (만원)
완납	0.5	12
해제	0.5	12
매각	2.8	12

구 분		요 율 (%)	최저수수료 (만원)
완납 ․ 해제	공매공고 전	0.6	12
	매각결정 전	0.9	18
	대금납부 전	1.2	24
매각		3.0	30
매각결정취소		1.2	24

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 공매대행을 의뢰하는 분부터 적용

9 . 관세 분야 시행규칙

□ 수입물품에 대해 관세가 면제되는 국제행사 추가(관세규칙 §43)

ㅇ (현 행) 국제행사를 위해 수입하는 물품에 대해 관세 면제

* 2011대구육상선수권대회, 2012여수세계박람회, 2014인천아시아경기대회 등

ㅇ (개 정) 2014년 인천장애인아시아경기대회, 2015년 광주하계유니버시아드대회, 2015년 세계물포럼 추가

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 수입신고하는 분부터 적용

□ 관세 면제대상 희귀병 치료제 범위 조정(관세규칙 별표 2)

ㅇ (현 행) 고셔병 치료제 등 10여종 관세 면제

ㅇ (개 정) 면제대상 제외: 뮤코다당증Ⅱ형(헌터증후군) 치료제 면제대상 추가: 야간 발작성 헤모글로빈뇨증

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 수입신고하는 분부터 적용

□ 원산지확인 요청에 대한 회신기간 신설(관세규칙 §77의2)

ㅇ (신 설) 우리나라 세관에서 수출국에 원산지확인 요청시 특혜관세 적용이 제한되는 상대국의 회신기간* 신설

- (아시아․태평양 무역협정) 4개월, (최빈개도국 특혜관세) 6개월

ㅇ (적용시기) ’14.1.1. 이후 원산지 확인요청분부터 적용