1. 증권거래세사무처리규정 신․구조문 대비표

종 전	개 정 내 용
제1조(목적) 이 규정은 증권거래세 신고업무와 과세자료의 수집 및 처리 절차를 체계화하여 이를 실무에 적용하도록 함으로써 업무의 통일성과 효율성 및 과세의 적정성을 도모하는데 목적이 있다.	제1조(목적) -------------------- -- 사무처리에 대한 기본적인 사항을 정하여 사무처리의 통일성을 기하고 업무를 효율적으로 처리하는데 그------------------------ ---------------------------- -----------------
<신 설>	제2조(다른 법령 등과의 관계) 증권거래세 사무에 관하여 세법 등 법령에 규정된 사항을 제외하고는 이 규정에 따른다.
제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다. 1. “주식이동자료”란 「법인세법」 제60조에 따른 법인세의 과세표준신고서에 첨부하는 서류중 같은법 시행규칙 제82조제1항제52호에 규정하는 주식등변동상황명세서에 의하여 주식의 이동 내용을 기재한 자료를 말한다. 2. “장외거래자료”란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항에 규정하는 유가증권시장과 코스닥시장 외에서 매매한 증권의 거래내용을 기재한 자료를 말한다. 3. “신주인수권자료”란 상장법인이 주식을 발행하는 과정에서 「상법」제416조제6호에 따라 발행한 신주인수권증서의 내용을 기재한 자료를 말한다. <신 설>	제3조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 1. ---변동-------------------- ------------------------ ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------변동------------------------- 2. --------------------------- --------------------------- ----------------------------------제8조의2제4항제1호에 따른 유가증권시장, 코스닥시장, 코넥스 시장 외(이하 “증권시장”이라 함) ------------------- <삭제> 3. “재산세과장”이란 세무서에서 증권거래세 사무를 담당하는 과장으로 재산법인세과장, 개인납세과장, 세원관리과장을 포함한다.

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4. (생 략) <신 설>	4. 현행과 같음 5. “NTIS(엔티스)”란 국세의 부과･징수업무를 통합관리하기 위하여 운영하는 국세행정 전산시스템을 말한다.
<신 설>	제4조(신고서의 접수 및 입력) ① 증권거래세 신고 및 자진납부계산서의 접수를 담당하는 납세자보호담당관(민원봉사실장)은 「증권거래세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 신고서 등을 접수한 후 즉시 운영지원과장(업무지원팀장)에게 인계하여야 한다. ②세무서장(재산세과장)은 신고서 등의 접수 또는 전산입력 과정에서 확인된 다른 세무서 관할 신고서 등을 해당 납세지 관할 세무서장(재산세과장)에게 송부하여야 한다. ③ 신고서 등의 접수 및 전산입력에 대해 이 규정에서 정해지지 아니한 사항은「정보화센터사무처리규정」과「국세청민원사무처리규정」에 따른다.
제3조(신고서 등의 검토)증권거래세 신고업무 담당자는 신고서 및 부속서류(이하 신고서등 이라 한다) 기재사항의 정확성 여부 및 제출서류의 누락여부 등을 검토한다. 특히 다음과 같은 사항에 대해서는 입력오류 방지와 과세근거 확보 등을 위하여 중점 검토하여야 한다. 1. ～3호 (생략) 4. 기타 오류가 발생하기 쉬운 항목 5. 주권 또는 지분의 매매계약서--	제5조(신고서 등의 오류 검토)---- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1.～3호 (현행과 같음) 4.--------------------------(세액계산, 각종코드 오류 등) 5. 주식 등 매매계약서,------------
제4조(책번호 및 일련번호 부여)	<삭 제>
제6조(오류정정)	<삭 제>
제7조(신고납부 불일치 처리)	<삭 제>

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<신 설>	제6조(신고・납부 불일치 사유의 규명) 국세청장(자산과세국장)은 신고・납부 불일치 명세서를 납세지 관할 세무서장(재산세과장)에게 출력하고 이를 출력받은 세무서장(재산세과장)은 납부기한 다음달 마지막 날(자산과세국장이 별도 지정한 경우 그 지정일)까지 불일치 사유를 규명하여야 한다
제9조(무・과소납부 고지) ①부가가치세(부가소득세・세원관리)과장은 신고납부 불일치 규명작업이 끝난 후 출력되는 증권거래세 당연경정결의서(Ⅱ)에 기재된 건수・금액 등이 정확한지를 확인한 후 전산결재하여 운영지원과장에게 전산으로 부과통보하여야 한다. ② 세무서장-------	제7조(무․과소납부 고지) ①세무서장(재산세과장)------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ② 세무서장(재산세과장)-------
제10조(환 급) ①～③ (생 략)	제8조(환 급) ①,③ (현행과 같음) ②항 후단 “다만, 조사가 필요한 환급인 경우에는 조사 후 환급하여야 한다”삭제
<신 설>	제9조(수정신고서 및 기한후신고서의 처리) ① 세무서장(재산세과장)은 증권거래세 수정신고서나 기한후신고서(이하 “수정신고서 등”이라 한다)를 접수한 경우에는 제4조와 제5조를 준용하여 처리하여야 한다. ② 세무서장(재산세과장)은 제1항의 수정신고서 등의 처리 과정에서 납세자에게 서면으로 보완 요구를 하거나 현장확인을 실시할 수 있으며, 양도소득세 등 관련 세제 적정신고여부도 함께 검토하여야 한다.

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<신 설>	제10조(경정 등의 청구의 처리) ① 증권거래세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정의 청구(이하 “경정 등의 청구”라 한다)를 받은 납세지 관할 세무서장(재산세과장)은 청구를 받은 날부터 2월 이내에 처리하고, 그 결과를 청구인에게 통지하여야 한다. 다만, 처리기한까지 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 그 진행상황을 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. ② 경정등의 청구 처리과정에서 적용법률 등이 필요하거나 현장확인 이외의 사실 판단이 필요한 경우에는 과세기준자문 또는 과세사실판단자문위원회의 자문을 받아 처리할 수 있다. ③ 세무서장(재산세과장)은 경정 등의 청구 처리과정에서 추가 증빙 또는 해명자료의 제출을 요구하는 경우에는 납세자에게 서면(별지1호서식)으로 요청하여야 하며, 현장확인이 필요하다고 인정되는 경우에는 제24조에 따라 실시한다. ④ 세무서장(재산세과장)은 경정 등의 청구를 처리한 결과를 NTIS(엔티스)에 입력하여야 한다.
제11조(신고실적 등 관리)	< 삭 제 >
<신 설>	제11조(과세자료의 수집자료 활용) 국세청장(자산과세국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 증권거래세 과세에 필요한 다음 각 호의 자료를 수집하여 국세통합전산망에 입력하여야 한다. 1. 행정기관 등으로부터 과세에 활용할 수 있는 자료를 수집하거나 제출받는 경우 2. 「증권거래세법」 등 각종 법률에 따른 자료

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<신 설>	3. 세무조사, 과세자료 처리 등 업무처리과정에서 증권거래세 과세자료로서 활용할 가치가 있다고 인정되어 파생되는 자료 4. 그 밖의 증권거래세 과세자료로 활용할 수 있는 자료
<신 설>	제12조(증권계좌 간 이체내용자료 활용)①국세청장(자산과세국장)은 금융투자업자가 관리하는 증권계좌를 통해 증권거래세법 제3조제3호에 해당하는 납세의무자가 주권을 양도하는 경우 해당거래의 증권계좌 간 이체 내용 등을 수집하여야 한다. ② 국세청장(자산과세국장)은 수집한 증권계좌 간 이체내용 자료와 증권거래세 신고․결정자료와 비교하여 불일치 파일을 구축하고, 과세자료로 활용하여야 한다.
제12조(주식이동자료와 양도소득세 결정자료)①국세청장(전산정보관리관)은 주식이동파일과 증권거래세 신고사항 및 증권거래세 결의사항을 전산비교하여 증권거래세 불일치 파일을 구축하고, 구축된 파일에 의하여 증권거래세 자료전(별지 제3호 서식)과 증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)를 생성하여 납세지관할세무서장에게, 주식변동자료 오류명세서(별지 제1호 서식)를 출력하여 주식이동법인 관할세무서장 또는 자료입력 관할세무서장에게 각각 시달한다. ②법인납세국장은 재산세국장으로부터 양도소득세신고・결정자료를 전산파일로 요청하여 기존에 발생된 증권거래세자료전, 증권거래세신고・결정 자료와 전산비교하여 불일치파일을 구축하고	제14조(주식변동자료와 양도소득세 결정자료 활용) ① ------------ -----------------변동자료와 -- -----------------------------------------------------------------------------------------------파일을 생성하여 과세자료로 활용한다. ② 국세청장(자산과세국장)은 양도소득세 신고․결정사항과 증권거래세신고․결정사항을 전산비교하여 불일치파일을 구축하고, 과세자료로 활용한다.

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구축된 파일에 의하여 증권거래세 자료전(Ⅱ)(별지 제3-1호)을 생성하여 관할세무서장에 전산으로 시달한다
제13조(파생자료 수집) 지방국세청장 및 세무서장이 세무조사과정에서 수집한 조사파생자료는 TIS중앙(웹) 과세자료통합관리에 전산입력하여 해당 세무조사를 종료한 날부터 10일 이내에 해당 세무서의 부가가치세(부가소득세・세원관리)과장에게 통보하여야 한다.	제15조(파생자료 수집) --------- -----------------------------------------------------------NTIS(엔티스)---------------------------------------------------------------------------------세무서장(재산세과장)-----------------------------------------
제14조(장외거래자료 수집)	제13조(명의개서자료 활용) 국세청장(자산과세국장)은 한국예탁결제원 등에서 수집한 명의변경자료를 증권거래세 신고․결정와 자료전산 비교하여 불일치 파일을 구축하고, 과세자료로 활용하여야 한다.
제15조(신주인수권자료 수집)	<삭 제>
제16조(자료관리)①세무서의 부가가치세(부가소득세・세원관리)과장은 수시로 증권거래세 자료전 이송내역을 확인하여 수보결재하고 타서로부터 수보한 증권거래세자료전(Ⅰ)(Ⅱ)(별지 제3호, 제3-1호 서식)과 명의변경 자료전(별지 제3호의2 서식)을 수보 즉시 처리한다. ②제15조에 따른 법인의 명단을 수보한 세무서의 부가가치세(부가소득세・세원관리)과장은 신주인수권자료를 수집하여 증권거래세자료전을 수동작성하고 신주인수권을 교부받은 주주의 납세지별로 구분하여 증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)에 등재한다. ③타서관할 자료는 해당 자료를 수보한 날부터 20일 이내에 납세지 관할세무서장에게 전산으로 이송처리한다	제16조(과세자료 통․수보) ①세무서장(재산세과장)은 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ <삭 제> ② (현행 ③항과 같음)

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제17조(처리담당자의 지정) 세무서장은 제13조와 제16조에 따른 수동 및 전산출력 자료에 대하여 처리담당자를 지정(담당자 전산입력)하여 처리토록 한다	제17조(처리담당자의 지정) 세무서장(재산세과장)제11조부터 제16조에 따른 과세자료 --------------------------------------------------------
제19조(고지결정 등 처리) ① (생 략) ②상장법인 또는 코스닥상장법인의 주주로서 유가증권시장(「자본시장과 금융투자업에 대한 법률」 제9조제13항에 규정하는 시장을 말한다)을 통하여 주권 등을 양도한 사실이 확인된 때에는 증권거래세 자료전 종결처리(NFR1)에 장내거래임을 등재한 후 종결 처리한다.	제19조(고지결정 등 처리) ① 현행과 같음 ② 유가증권시장, 코스닥시장, 코넥스시장 상장법인-----증권시장 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------(DC10)------------------------------
제21조(무상양도자료 등의 조치) 과세자료를 처리할 때에 해당 주권 등이 무상 양도한 것으로 확인되거나 위장분산거래한 것으로 판명된 자료는 증여세 등의 과세자료로 활용하도록 양도자 또는 양수자의 확인을 받아 관할세무서장에게 통보하여야 한다.	제21조(무상양도자료 등의 조치)--- ------------------------------------- 명의신탁 한 것으로 ----------------------------양도자 또는 양수자의 확인 등 증빙서류를 첨부하여 관할 세무서장에게 통보하여야 한다.
<신 설>	제23조(증권거래세 과세자료 처리시 양도소득세 신고서 병행검토) 제17조에 따라 지정된 담당자는 과세자료 처리시 해당 주식 등에 대한 양도소득세 신고서의 양도가액, 주식 수, 양도자 등이 적정한지 검토하여 증권거래세 과세표준과 세액 결정에 활용하여야 한다.
제23조(주식이동자료의 처리)	< 삭 제>

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<신 설>	제24조(현장확인) ① 세무서장(재산세과장)은 증권거래세의 결정 또는 경정시 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 별도의 계획을 수립하여 현장확인을 실시할 수 있다. (2016.12.1. 신설) 1. 증권거래세 감면신청 등의 사실관계 확인을 위해 현장확인이 필요한 경우 2. 납세자가 제출한 서류의 사실 확인이 필요한 경우 3. 그 밖에 현장확인 ② 제1항의 현장확인은 증권거래세 납세지를 관할하는 세무서장(재산세과장)이 실시함을 원칙으로 한다. 다만, 현장확인 장소가 다른 지방국세청관할에 소재하거나 1일 근무시간 내에 처리가 어려운 경우에는 현장을 관할하는 세무서장(재산세과장)에게 현장확인을 의뢰할 수 있다. ③ 현장확인기간은 10일(근무일을 기준으로 한다) 이내로 하되 업무량을 감안하여 세무서장이 기간을 조정할 수 있다. ④ 세무서장(재산세과장)은 현장확인을 실시할 경우 현장확인반 편성, 현장확인할 내용 및 현장확인 결과 등을 기록하여 관리하여야한다. ⑤ 출장 공무원이 현장확인을 실시할 경우에는 납세자 및 관련인 등에게 현장확인 출장증(별지 제 2호 서식)을 제시하여야 한다.

종 전	개 정 내 용
제24조 (본점일괄납부 신고서의 접수 및 처리)	<제25조로 조항 변경>
제29조<일괄납부시기>	<제28조로 조항 변경>
제30조<일괄납부 신고․수정시고>	<제29조로 조항 변경>
제31조(관계문서철의 비치 및 기록관리)	<삭 제>
제32조(일괄납부의 전산관리)	<제30조로 조항 변경>
제33조(세액의 조정)	<제31조로 조항 변경>
제34조(신고서의 검토)	<제32조로 조항 변경>
제35조(유효기간) 이 규정은 「훈령·예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제248호)에 따라 이 규정을 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2016년11월30일까지 효력을 가진다.	제33조(유효기간)----------- --------------------------------------대통령훈령 제334호------------------- --------------------------------------------고려하여 2019년 11월 30일까지 재검토한다.