		보도참고자료
보도일시		2021. 3. 9.(화) 12:00부터 사용하여 주시기 바랍니다.

생산 부서:

법인납세국  공익중소법인지원팀

담 당  과 장

이병오 과  장

(044)204-3901

배포 일자:

2021년 3월 9일

담당자

원정재 사무관

박운영 사무관

(044)204-3912

(044)204-3917

공익법인은 출연재산 등 보고서를 3. 31.까지 제출하세요 - 올해부터는 소규모 공익법인도 결산서류 등을 4. 30.까지 공시해야 -

□  (출연재산 보고) 2020년 12월말 결산 공익법인은 3. 31.까지 ｢공익법인 출연재산 등에 대한 보고서｣를 제출하여야 하며, 홈택스로 편리하게 작성하여 제출할 수 있습니다.

○  (결산서류 공시) 또한, 4. 30.까지 결산서류 등을 홈택스에 공시(종교법인 제외)하여야 하며, 소규모* 공익법인은 간편서식으로 공시할 수 있습니다.

* 총자산가액이 5억 원 미만이면서 수입금액과 출연재산가액 합계액 3억 원 미만

□  (세정지원 확대) 국세청(청장 김대지)은 출연재산 보고와 결산서류 공시를 성실하게 이행할 수 있도록 적극적인 세정지원을 실시하고 있습니다.

○  납세서비스 재설계의 일환으로 홈택스 이용 시 오류를 바로 수정할 수 있는 ‘오류점검’과 ‘자동채움’서비스를 제공하고, 궁금한 사항을 찾아볼 수 있도록 서식마다 ‘작성요령 동영상’을 게시하였습니다.

○  홈택스의 ‘신고도움’서비스를 활용하여 세법상 의무이행* 여부를 스스로 확인하면 세법상 의무를 몰라서 가산세 등을 납부하는 불이익을 예방할 수 있습니다.

* 공익법인 전용계좌 개설･신고, 특수관계인 이사기준 1/5 준수 등

○  전 관서에 ｢공익법인 전문상담팀｣을 운영하여 공익법인 회계실무자 교육과 전화상담서비스를 제공하고 있습니다.

☐  (지정신청 안내) 올해부터 기부금대상 공익법인으로 지정추천을 받으려면 국세청에 신청해야 하며, 학술․장학단체 등 별도의 지정 절차 없이 기부금단체로 인정되던 공익법인도 신청해야 합니다.

☐  (의무이행 검증강화) 대기업 계열공익법인과 규모가 큰 불성실 혐의 공익법인에 대해 개별검증을 확대하고,

○  그 외 공익법인에 대해서는 탈루혐의별 전산분석을 통해 면밀히 검증할 예정이니, 세법상 의무를 성실히 이행해 주시기 바랍니다.

1	공익법인의 납세협력 의무이행 안내

☐  (출연재산 등 보고) 2020년 12월 결산 공익법인은 3. 31.까지 ｢공익법인 출연재산 등에 대한 보고서｣, ｢외부전문가 세무확인서｣, 주무관청에 제출한 결산서류 등을 관할세무서에 서면 또는 홈택스로 제출해야 하며

○  홈택스를 이용하는 경우 전년도에 제출한 내용을 채워주는 ‘자동채움’ 서비스를 통해 보다 편리하게 작성할 수 있습니다.

* (접근경로) 홈택스〉신고납부〉일반신고〉공익법인 보고서 제출

| 출연재산 보고서 제출의무 대상 및 서류 |

제출의무 대상	제출할 서류
① 출연받은 재산이 있는 모든 공익법인	① 출연재산 등에 대한 보고서(8종)
② 총자산가액 5억 원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액의 합계가 3억 원 이상인 공익법인	② 외부전문가의 세무확인서(7종)
③ 법령에 따라 주무관청에 결산서류를 제출하는 공익법인	③ 주무관청에 제출한 결산서류 (재무상태표, 운영성과표 등)

☐  (결산서류 등 공시) 2020년 12월 결산 모든 공익법인(종교단체는 제외)은 4. 30.까지 결산서류 등을 홈택스에 공시해야 합니다.

* (접근경로) 홈택스〉세금종류별서비스〉공익법인공시〉공시/공개 등록하기

○  소규모* 공익법인은 ‘간편서식’으로 공시할 수 있으며, 그 외 공익법인은 ‘표준서식’으로 공시해야 합니다.

* 총자산가액이 5억 원 미만이면서 수입금액과 출연재산가액 합계가 3억 원 미만

| 공익법인 결산서류 등의 공시 서류 |

구분	간편서식	표준서식
공시 대상 서류	1. 공익법인 결산서류 등의 공시 간편서식	1. 공익법인 결산서류 등의 공시_표준서식 2. 기부금품의 수입 및 지출 명세서 3. 주식 등의 출연･취득･보유 및 처분 명세서 4. 출연자 및 이사 등 주요 구성원 현황 명세서 5. 출연받은 재산의 공익목적사용 현황 6. 운용소득 사용명세서 7. 재무제표 8. 감사보고서

2	공익법인에 대한 세정지원 확대

☐  (공시오류 예방) 공익법인이 쉽고 정확하게 납세협력의무를 이행할 수 있도록 홈택스 공시시스템을 개편하였습니다.

○  (오류점검) 종전에는 공익법인이 결산서류 등 공시를 완료하면 국세청에서 공시자료를 분석하여 오류를 수정･재공시 안내하였으나

-  올해는 공시자료 입력단계에서 분석한 오류를 ｢알림창｣으로 표시하여 공익법인이 오류를 즉시 수정하도록 개선하였습니다.

○  (자동채움) 재무제표를 먼저 입력하면 다른 공시서식에 재무제표 관련 항목이 자동입력 되도록 전산시스템을 개편하였습니다.

| 결산공시 ‘자동채움’서비스 개요 |

○  (작성요령 동영상) 출연재산 보고와 결산서류 공시에 도움이 되도록 서식 작성요령과 오류유형 등을 설명한 동영상을 홈택스 작성 화면마다 게시하고 있습니다.

☐  (비대면 안내 강화) 코로나19 상황을 감안하여 공익법인의 납세협력 의무이행에 대한 온라인 안내를 확대하고 있습니다.

○  (신고도움자료) 의무 위반 시 증여세가 과세되는 항목*에 공익법인별 해당사항이 있는 경우 홈택스를 통해 안내하고 있으며,

*  출연재산 공익목적사업에 미달사용 외 17종

○  (공익법인 전문상담팀) 전 관서에 전담팀을 운영하여 공익법인 회계실무자를 대상으로 비대면 설명회*를 실시하고, 전화상담서비스를 제공하는 등 지원을 확대하고 있습니다.

*  서울대 회계‧재정연구센터와 협업하여 ’21. 2. 5. 온라인 교육 실시(620명 참여)

○  (모바일 안내) 올해부터 결산서류 등 공시의무가 있는 소규모 공익법인이 기한 내 공시할 수 있도록 법인대표자에게 모바일 안내를 실시 할 예정입니다.

3	공익법인(구.지정기부금단체) 지정신청 및 의무이행

☐  (지정신청) 올해부터 기부금대상 공익법인 지정추천을 받으려는 비영리법인 등은 주무관청이 아닌 관할세무서에 신청을 해야 합니다.

○  신청기한은 지정을 희망하는 분기 마지막 달의 전전 달 10일까지*이며, 국세청 추천을 거쳐 기획재정부에서 매분기 말일에 최종 지정·고시합니다.

*  지정신청 기한에 대해 입법예고 진행 중이며, 3월 중순 공포 예정

| 공익법인 신청 및 지정기한 |

구 분	1분기	2분기	3분기	4분기
신청기간	’20.10.11.~’21.1.10.	’21.1.11.~4.10.	’21.4.11~7.10.	’21.7.11~10.10.
지정·고시	’21.3.31.	’21.6.30.	’21.9.30.	’21.12.31.

☞ (’21년  지정 희망하는 경우) ’21.10.10.까지 신청, 지정된 경우 ’21.1.1.부터 소급적용

○ 그동안 법령에 의해 지정신청 절차 없이 기부금단체로 인정되었으나, ’21년에 새로이 기획재정부 지정을 받아야 하는 단체*는 지정신청을 누락하지 않도록 유의하기 바랍니다.

*  ’18. 2. 13. 이전에 인허가를 받은 학술연구･장학･예술 단체 등

☐  (의무이행 보고) ’20년 12월 결산 공익법인은 4. 30.까지1) 법인세법상 의무이행2) 여부를 주무관청에 보고해야 하며, 미이행 시 공익법인 지정이 취소되거나 불성실 공익법인으로 공개될 수 있습니다.

1) 종전 3개월에서 4개월로 연장하여 입법예고 진행 중이며 3월 중순 공포 예정

2) 기부금 모금액 및 활용실적 공개, 전용계좌 개설·사용 등

4	불성실 공익법인에 대한 철저한 검증

☐  (공익법인 검증) 공익법인이 세법상 혜택을 누리면서 특정 기업 주식을 과다하게 보유하는 등 세법상 의무를 위반하는 사례가 발생함에 따라,

○  (계열 공익법인) 지방청 ｢공익법인 전담팀｣에서 모든 대기업 계열공익법인의 세법상 의무이행에 대해 검증을 실시하여 편법적인 상속･증여 등을 차단하고 있으며

| 주요 의무이행 검증 내용 |

○  (비계열 공익법인) 자산･수입 규모가 크고 불성실 혐의가 있는 공익법인에 대한 개별검증을 지속적으로 확대하고

○  (소규모 공익법인) 그 외 공익법인은 탈루혐의별 전산분석을 통해 검증대상을 선정하여 사후관리를 실시하고 있습니다.

☐  (세무조사) 검증과정에서 탈루혐의가 큰 경우에는 지방청 ｢공익법인 조사전담팀｣에서 세무조사를 실시하여 탈법행위를 차단하고 있습니다.

☐  국세청은 앞으로도 불성실 공익법인에 대해서는 법과 원칙에 따라 엄정히 대응하고 투명한 기부문화 정착과 공익사업의 활성화를 위한 세정지원을 지속적으로 확대해 나가겠습니다.

참고자료

1. 공익법인 정의와 세제상 혜택	1

2. 공익법인이 이행해야 하는 세법상 의무	2

3. 출연재산 등에 대한 보고서 제출서류	6

4. 신고도움서비스 제공	7

5. 주요 세법개정 내용	8

6. 기부금대상 공익법인 지정추천과 의무이행점검	10

7. 공익법인 주요 탈루 사례	11

참고 1		공익법인 정의와 세제상 혜택

□  공익법인이란 (상증법시행령 §12)

○ 법인세법상 비영리법인 중 아래의 공익사업을 영위하는 자

| 공익사업유형 |

① 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

② 학교 및 유치원을 설립･경영하는 사업

③ 사회복지법인이 운영하는 사업

④ 의료법인이 운영하는 사업

⑤ 법인세법§24②1호의 기부금을 받는 자가 기부금으로 운영하는 사업(한국학교, 전문모금기관)

⑥ 법인세법 시행령§39①1호 따른 공익법인 및 소득세법 시행령§80①5호에 따른 공익단체

⑦  법인세법 시행령§39①2호 다목에 따른 사회복지․문화․예술․교육․종교․자선․학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 기부금으로 운영하는 사업

※ 기부금대상 공익법인은 ⑥ 또는 ⑦에 해당하는 자

□  공익법인에 대한 세제상 혜택

○  (상속․증여세)  공익법인이 재산을 출연받는 시점에 상속세와 증여세 면제 (일반 비영리법인의 경우 과세)

○  (법인세)  수익사업만 법인세 신고･납부 의무가 있으며 고유목적사업준비금 설정과 이자소득･자산양도소득에 대한 특례 적용 가능

○  (부가가치세)  고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화･용역에 대해 비과세

□  성실공익법인이란 (상증법 §16 개정 전의 것)

○  공익법인 중 다음의 8가지 요건을 충족하는 공익법인

① 운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

② 출연자 및 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것

③ 외부회계감사 이행          ④ 전용계좌 개설 및 사용

⑤ 결산서류 등 공시이행       ⑥ 장부의 작성･비치

⑦ 특수관계인 간 자기내부거래를 하지 아니할 것

⑧  상증법 §48 ⑩에 따른 광고･홍보를 하지 아니할 것

□  성실공익법인에 대한 세제상 혜택

○  동일기업의 주식보유 제한비율 완화
: (일반공익법인) 5% → (성실공익법인) 10% 또는 20%

○  계열회사 주식보유 한도 완화
: (일반공익법인) 총자산가액의 30%∼50% → (성실공익법인) 제한없음

참고 2		공익법인이 이행해야 하는 세법상 의무

□  납세협력의무

의무사항	관련 법령	내 용	의무위반 시 가산세
보고서 등 제출의무	상증법 §48 ⑤, §78 ③	⦁(대상) 출연재산이 있는 공익법인 ⦁(제출) 결산에 관한 서류, 공익법인 출연재산 등 보고서 ⦁(기한) 사업연도 종료일부터 3개월 이내 ☞ 홈택스(www.hometax.go.kr) ＞ 신고납부 ＞ 일반신고 ＞ 공익법인보고서 제출	⦁미제출･불분명금액 관련 증여세액 x 1% (1억 원 한도)
결산서류 등 공시의무	상증법 §50의3, §78 ⑪	⦁(대상) 모든 공익법인(종교법인 제외) 다만, 자산총액 5억 원 미만이면서 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액 합계액이 3억 원 미만인 경우 간편서식 가능 ⦁(기한) 사업연도 종료일부터 4개월 이내 ⦁(방법) 국세청 홈페이지 게재 ☞ 홈택스(www.hometax.go.kr) > 세금종류별서비스 ＞ 공익법인 공시 ＞ 결산서류 등 공시	⦁시정 요구(1개월 이내 공시, 오류 시정)를 이행하지 않은 경우 - 자산총액 x 0.5%
장부의 작성･ 비치 의무	상증법 §51, §78 ⑤	⦁사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용내용 등에 대한 장부 작성하고 관계 증명서류와 함께 10년간 보존	⦁(수입금액＋출연재산) × 0.07%
외부전문가 세무확인서 보고	상증법 §50②, §78 ⑤	⦁(대상) 자산총액 5억 원 이상 또는 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액 합계액이 3억 원 이상인 경우 ⦁(제출) 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 제출 ⦁(기한) 사업연도 종료일부터 3개월 이내	⦁MAX (①,②) ① (수입금액 ＋출연재산) × 0.07% ② 100만원 (1억 원 한도)

의무사항	관련 법령	내 용	의무위반 시 가산세
외부회계감사를 받아야 할 의무	상증법 §50 ③, §78 ⑤	⦁(대상) 직전 사업연도 총자산가액 100억 원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계액이 50억 원 이상 또는 출연재산가액이 20억 원 이상인 법인은 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 함(종교･학교법인 제외) ⦁(제출) 감사보고서 ⦁(기한) 사업연도 종료일부터 3개월 이내	⦁(수입금액＋출연재산 ) × 0.07%
전용계좌 개설･ 사용의무	상증법 §50의2, §78 ⑩	⦁(대상) 직접 공익목적사업과 관련하여 수입과 지출이 있는 경우 ⦁(기한) 최초 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내 개설신고 ⦁(변경･추가) 사유발생일부터 1개월 이내에 신고	⦁미사용금액의 0.5% ⦁미신고시 MAX(①,② ) ① 공익수입금액 × 0.5% ② 대상거래금액 × 0.5%
공익법인 회계기준 적용의무	상증법 §50의4	⦁(대상) 외부 회계감사의무, 결산서류 공시의무 이행시 기획재정부 「공익법인 회계기준 심의위원회」에서 정한 회계기준 적용(의료법인, 학교법인 제외)
기부금영수증 발급내역 작성･ 보관･제출 의무	법법 §112의2, 법법 §75의4	⦁(대상) 기부금영수증을 발급하는 법인 ⦁(제출) 기부금영수증 발급명세서 ⦁(기한) 사업연도 종료일부터 6개월 이내 관할세무서에 제출, 5년간 보관 ⦁미작성･미보관시 불성실기부금 수령단체 명단공개 대상(국기법 §85의5)	⦁사실과 다르게 발급한 금액 × 5% ⦁명세서 미작성 금액 × 0.2%
계산서합계표 등 자료제출 의무	법법 §120의3, 법법 §121, 법법 §75의8, 부법 §54	⦁(대상) 계산서를 수취 또는 교부한 경우 ⦁(제출) 매입처별 세금계산서합계표 및 매출･매입처별 계산서합계표 제출 ⦁(기한) 매년 2월 10일까지 제출 ⦁국가･지방자치단체, 비영리법인(수익사업부분 제외)은 가산세 적용 제외	⦁미제출한 공급가액 × 0.5%

□  출연재산 사용에 관한 의무사항

의무사항	관련 법령	내 용	의무위반 시 가산세
출연재산을 직접 공익목적 사업에 사용	상증법§48 ②1호, 상증령 §38	⦁재산을 출연받은 때에는 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용을 시작하고 이후 계속하여 사용하여야 함	⦁증여세 부과 공익목적사업 외 사용, 3년내 미사용 금액, 3년 이후 사용중단 금액
출연재산 매각대금을 직접 공익목적 사업에 사용	상증법§48 ②(4･5호), 상증령§38 ④･⑦, 상증법 §78⑨	⦁매각한 날이 속하는 사업연도의 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90%에 상당하는 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여야 함	⦁공익목적사업 외 사용, 90%에 미달 사용한 금액에 증여세 부과 ⦁1년 이내 30%, 2년 이내 60% 미달 사용시 미달사용 금액의 10% 가산세 부과
출연재산 운용소득을 직접 공익목적 사업에 사용	상증법 §48 ②3~5호, 상증령 §38 ⑤･⑥, 상증법 §78⑨	⦁출연재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 경우 그 운용소득의 70%(성실공익법인 80%)에 상당하는 금액 이상을 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하여야 함	⦁ 증여세 부과 [eqn: 출연재산평가액``` TIMES {목적외사용금액} over {운용소득금액}] ⦁가산세 부과 기준미달 사용한 금액 × 10%
주식 출연 제한	상증법 §48①, 상증령 §37	⦁내국법인의 의결권 있는 주식 등을 출연받은 경우 동일한 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 5%(10%, 20%) 초과 금지	⦁증여세 부과 초과하는 가액에 부과
주식 취득 제한	상증법 §16②, 상증법 §48②2호, 상증령 §37	⦁출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우 동일한 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수 등의 5%(10%, 20%) 초과 금지	⦁증여세 부과 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액
주식 매각 의무	상증법 §49, 상증법 §78④	⦁’96. 12. 31. 현재 동일한 내국법인에 대한 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 보유하고 있는 경우 일정기한까지 매각하여야 함 - 5%∼20% 이하 : 3년 이내('99. 12. 31.) 처분 - 20% 초과 : 5년 이내('01. 12. 31.) 처분	⦁가산세 부과 5% 초과 보유주식의 매사업연도말 현재의 시가×5%(부과기간 : 10년) ⦁성실공익법인 등은 제외
계열주식 보유한도	상증법 §48⑨, 상증법 §78⑦	⦁총재산가액 중 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 30%(50%*) 초과 금지 * 외부감사, 전용계좌 개설･사용, 결산서류 공시 이행하는 경우	⦁가산세 부과 30%(50%) 초과 보유 주식의 매사업연도말 현재의 시가 × 5% ⦁성실공익법인 제외

의무사항	관련 법령	내 용	의무위반 시 가산세
출연재산 일정비율 의무사용	상증법 §48②7호, 상증법 §78 ⑨	⦁총자산가액 5억 원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계 액이 3억 원 이상인 공익법인, 성실공익법인 - 원칙 : 출연재산가액 1% 이상 - 동일주식 10% 초과 : 출연재산가액 3% 이상	⦁가산세 부과 (사용기준금액－직접 공익목적 사용금액) × 10%
출연자 등의 이사 취임시 지켜야 할 일	상증법 §48 ⑧, 상증법 §78 ⑥	⦁출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등(의료법인 제외)의 현재 이사 수의 1/5을 초과하여 이사가 되거나, 그 공익법인 등의 임직원으로 취임 금지	⦁가산세 부과 기준 초과한 이사 등과 관련하여 지출된 직･간접경비 상당액 전액
특정기업의 광고 등 행위 금지	상증법 §48 ⑩, 상증법 §78 ⑧	⦁특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가 시키기 위하여 정당한 대가를 받지 아니하고 광고･홍보 금지	⦁가산세 부과 - 신문, 잡지 등 ☞ 광고, 홍보 비용 - 팜플렛･입장권 등 ☞ 행사비용 전액
자기내부거래시 지켜야 할 일	상증법 §48 ③, 상증령 §39	⦁출연받은 재산을 출연자 및 그의 특수관계자가 정당한 대가를 지급하지 않고 사용･수익 금지	⦁증여세 부과 - 무상사용 ☞ 출연재산가액에 부과 - 낮은 가액으로 사용 ☞ 차액이 증여가액
특정계층에만 공익사업의 혜택 제공 금지	상증법 §48② 8호, 상증령 §38⑧ 2호	⦁출생지･직업･학연 등 특정계층에만 혜택이 제공되는 경우 출연받은 재산을 공익목적에 사용하지 않은 것으로 봄	⦁증여세 부과 특정계층에 제공된 재산가액 ･이익이 증여가액
공익법인 해산 시 지켜야 할 일	상증법 §48② 8호, 상증령 §38⑧ 1호	⦁공익사업을 종료하고 해산 시 그 잔여재산을 국가･지방자치단체 또는 유사한 공익사업을 영위하는 공익법인에 귀속시켜야 함	⦁증여세(법인세) 부과 국가 등에 귀속하지 않은 재산가액
기부금영수증 발급내역 작성․보관 및 제출의무	법법§112의2, 법법§75의4	⦁(대상) 기부금영수증을 발급하는 법인 ⦁(제출) 기부금영수증 발급명세서 ⦁(기한) 사업연도 종료일부터 6개월 이내 관할세무서에 제출, 5년간 보관 * 미작성·미보관시 불성실기부금 수령단체 명단공개 대상(국기법§85의5)	⦁사실과 다르게 발급한 금액 × 5 % ⦁명세서 미작성 금액 × 0.2%

참고 3		출연재산 등에 대한 보고서 제출서류

□  제출대상 및 서류 목록

구분	출연재산 보고서제출대상	외부전문가 세무확인대상
대상 법인	출연받은 재산이 있는 모든 공익법인	총자산가액 5억 원 이상이거나 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억 원 이상인 공익법인
제출 대상 서류	1. 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 2. 출연재산･운용소득･매각대금의 사용계획 및 진도 내역서 3. 출연받은 재산의 사용명세서 4. 출연재산 매각대금 사용명세서 5. 운용소득의 사용 명세서 6. 주식(출자지분)보유명세서 7. 이사 등 선임명세서 8. 특정기업광고 등 명세서	1. 공익법인 등의 세무확인서 2. 공익법인 등의 세무확인 결과 집계표 3. 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서 4. 수혜자 선정 부적정명세서 5. 재산의 운용 및 수익사업내역 부적정명세서 6. 장부의 작성･비치 의무 불이행 등 명세서 7. 보유부동산 명세서
	- 주무관청에 제출한 결산서류가 있는 경우 함께 제출(서면제출) - 외부전문가 세무확인대상 공익법인은 일반공익법인이 제출하는 서식 외에 세무확인서, 세무확인결과 집계표 등을 추가제출 하여야 함 - 외부전문가 세무확인서 등 제출제외 공익법인도 일반공익법인이 제출하는 보고서 제출하여야 함
제출 방법	- 홈택스(www.hometax.go.kr) > 신고/납부 > 일반신고 > ‘공익법인 보고서제출’ - (제출기한) 사업연도 종료일로부터 3개월 이내
제출 제외 법인	-	1. 총자산가액 5억 미만이면서 수입금액, 출연받은 재산가액의 합계액이 3억 미만인 공익법인 2. 불특정다수인으로부터 출연받은 공익법인(출연자 등이 5%미만 출연) 3. 국가 또는 지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로 감사원의 회계검사를 받는 공익법인

참고 4		신고도움서비스 제공

□  공익법인의 세법상 의무사항 전반에 대한 맞춤형 신고도움 자료를 제공하여 성실신고를 사전 지원

번호	신고도움서비스 내용
①	∙특수관계가 있는 임직원에게 급여를 지급한 공익법인에 대한 안내
②	∙종합합산부동산 보유 등 출연재산 공익목적사업 등에 미사용한 안내
③	∙출연재산 3년내 직접 공익목적사업 미달사용 안내
④	∙출연재산 매각대금을 직접 공익목적사업에 미달사용 안내
⑤	∙출연재산 운용소득을 직접 공익목적사업에 미달사용 안내
⑥	∙부동산 양도 이력이 있는 공익법인에게 매각대금의 사용의무 안내
⑦	∙특수관계인과의 중요한 거래내역은 재무제표 주석으로 기재 하도록 안내
⑧	∙전용계좌 미개설 공익법인에 대한 전용계좌개설･신고의무 안내
⑨	∙폐업․해산혐의 법인에 대한 잔여재산 사용시 유의사항 안내
⑩	∙외부전문가 세무확인서 제출의무 안내
⑪	∙외부회계감사 의무대상에 대한 공시의무 안내
⑫	∙주식 5% 초과 보유자에 대한 성실공익법인 요건 준수안내
⑬	∙성실공익법인 등의 출연재산 의무사용 안내
⑭	∙총자산 대비 주식 보유비율 30% 초과법인에 대해 의무사항 안내
⑮	∙공시대상기업집단 소속 공익법인의 출연재산 매각대금 사용제한 안내
	∙고가자산의 공익목적 사용의무에 대한 안내
	∙기부금영수증 발급명세 작성･보관･제출의무 안내
	∙결산서류 등 의무공시 시 성실하게 서식을 작성하도록 안내

○  (조회경로)  홈택스 > 신고/납부 > 공익법인 보고서 제출 > 신고도움자료 확인

참고 5		주요 세법개정 내용

□  주식초과보유 공익법인의 의무이행 신고제 도입

○  (개정내용)  내국법인의 의결권 있는 주식을 5% 초과 출연･취득하거나, 계열법인 주식가액이 총재산가액의 30%를 초과하는 공익법인 등은 요건 충족 여부를 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 관할 지방국세청장에게 신고

○  (적용시기)  ’21. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터

구분	종 전	변 경
	성실공익법인 확인 [상속세및증여세법§16②(2)]	의무이행 여부 신고 [상속세및증여세법§48⑪]
개요	주식 기준을 초과 보유하는 공익법인은 5년마다 주무관청을 통해 관할 지방국세청장에게 성실공익법인 확인 신청	주식 기준을 초과 보유하는 공익법인은 요건 충족 여부를 관할 지방국세청장에게 신고
요건	① 운용소득을 80%사용 ② 자기내부거래 금지 ③ 이사 1/5 초과 취임 금지 ④ 계열법인 광고‧홍보 금지 ⑤ 외부 회계감사의무 ⑥ 전용계좌 개설‧사용 ⑦ 결산서류 공시 ⑧ 장부 작성‧비치	①∼ ④ 좌동 - 출연재산가액의 1% 이상 사용의무* 추가 (* ’22년 귀속부터 적용)
제재	▪ (요건 미충족시) 주식 5% 초과분에 대해 증여세 부과	▪ (요건 미충족시) 주식 5% 초과분에 대해 증여세 부과 ▪ (미신고 가산세 신설) 자산총액의 0.5%

□  출연재산의 공익목적 사용의무 위반 명확화

○  (개정내용)  출연받은 재산은 출연받은 날로부터 3년 이내에 공익목적사업 등에 전부 사용하여야 하고, 3년 이후에도 직접 공익목적사업 등에 계속 사용

○  (적용시기)  ’21. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터

법 령	종 전	변 경
상속세 및 증여세법 §48②(1)	공익목적 외 사용하거나, 출연받은 날부터 3년 이내에 공익목적 등에 미사용한 경우	(추가) 3년 이후 공익목적 등에 계속 사용하지 않는 경우

□  출연재산 의무지출 대상 확대

○  (개정내용)  총자산가액 5억 원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계액 3억 원 이상인 공익법인(종교단체 제외)은 매년 수익용 재산의 1% 이상을 공익목적사업에 의무지출

○  (적용시기)  ’21. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터

법 령	종 전	변 경
상속세 및 증여세법 §48②(7)	지분율 5%(10%)를 초과하여 주식을 보유한 성실공익법인 수익용 자산의 1%(3%)	(추가) 총자산 5억 원 또는 수입금액 등 3억 원 이상인 법인 - 수익용 자산의 1%

□  공익법인의 납세협력 의무 완화

○  (개정내용)  매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 해당 법인 및 국세청 홈페이지에 공개

○  (적용시기)  ’21. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터

법 령	종 전	변 경
법인세법 시행령§38⑧	기부금 모금액 및 활용실적 공개기한 사업연도 종료일로부터 3개월이내	사업연도 종료일로부터 4개월이내

* 상증법§50의3①2호에 따라 ‘기부금 수입 및 지출명세서’를 표준서식으로 공시한 경우 의무를 이행한 것으로 인정

□  공익법인 지정추천 신청기한 신설

○  (개정내용)  비영리법인 등은 추천신청서를 분기 마지막 달의 전전 달 10일까지, 국세청은 추천서를 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 제출

○  (적용시기)  ’21. 1. 1. 이후 공익법인으로 지정하는 분부터 적용

법 령	종 전	변 경
법인세법 시행규칙§19	기부금대상 공익법인 지정절차 - (비영리→국세청) 별도 기한 없음 - (국세청→기재부) 분기 종료일 2개월 전까지	추천신청 및 추천기한 설정 - 해당 분기의 마지막 달의 전전 달 10일까지 - 해당 분기의 마지막 달의 직전 달 10일까지

□  공익법인 등의 의무이행 여부 보고기한 연장

○  (개정내용)  의무이행 보고기한을 사업연도 종료일부터 4개월 이내로 변경

○  (적용시기)  ’21. 1. 1. 당시 사업연도 종료일부터 3개월이 지나지 않은 경우부터

법 령	종 전	변 경
법인세법 시행규칙 §19, §19의2	보고기한 - 사업연도 종료일부터 3개월 이내	사업연도 종료일부터 4개월 이내

참고 6		기부금대상 공익법인(舊지정기부금단체) 지정추천과 의무이행 점검

□  공익법인 관리 일원화 (법인세법 시행령§39)

○  공익법인 지정추천 및 의무이행 점검 기관 변경(주무관청 → 국세청)

* (지정추천) ’21.1.1. 이후 지정하는 분부터 적용

(의무이행) ’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 대한 사후관리 분부터 적용

○  (지정추천)  ’21년부터 지정 신청한 단체가 공익법인 지정 요건*을 충족하는지 국세청이 검토하여 기획재정부에 지정 추천

* 수입을 공익목적에 사용하고 수혜자 불특정 다수, 기부금 모금․활용실적 공개 등 5개

○  (의무이행 점검)  현재는 주무관청이 기부금단체 의무이행을 점검하고 있으나, ’22년부터는 국세청에서 직접 점검

□  법령에 의해 기부금단체로 인정되었던 단체

○  ’21년부터 지정추천을 통해 기획재정부장관으로부터 지정을 받아야 기부금대상 공익법인으로서 지위를 유지

① ’18.2.13. 전에 인․허가 받은 학술연구․장학․기술진흥․문화예술․환경보호단체

② ’18.2.13. 전에 구 법인세법 시행규칙 별표6의2로 지정됐던 기부금단체

③ ’18.1.1. 전에 구 법인세법 시행규칙 별표6의7로 지정됐던 단체 중 지정기한이 만료되는 단체

□  기부금대상 공익법인 의무이행 (법인세법 시행령§39⑤)

① 다음의 요건을 충족할 것 (기재부장관이 지정･고시한 공익법인만 해당)

(가)  정관의 내용상 수입을 공익을 위해 사용할 것 등

(나)  해산시 잔여재산을 국가 등에 귀속하는 내용을 정관에 포함

(다)  홈페이지를 개설하고 기부금을 공개하는 내용을 정관에 포함

② 수입을 공익을 위해 사용할 것 등

③ 매년 기부금 모금액과 활용실적을 단체의 홈페이지와 홈택스에 각각 공개

④ 선거운동을 한 사실이 없을 것(해당법인 또는 그 대표자)

⑤ 수익사업 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상 직접 고유목적사업에 지출

⑥ 공익목적사업용 전용계좌를 개설하여 사용할 것

⑦ 결산서류 등을 공시할 것

⑧ 공익법인 회계기준에 따라 외부 회계감사를 받을 것

참고 7		공익법인 주요 탈루 사례

사례 1	성실공익법인 요건을 충족하지 못하여 동일 주식 5% 초과 보유에 대한 가산세 부과

□ 기본사항

○ ▢▢▢재단
○ ▢▢▢▢계열

□ 관련법령: ｢상속세 및 증여세법｣ §49, §78④

○  (5% 초과 보유주식에 대한 매각의무)  ’96.12.31. 현재 공익법인이 동일한 내국법인 주식을 5% 초과 보유하는 경우, ’99.12.31까지* 처분하여야 하며 위반시 5% 초과분에 대한 가산세 부과

* 20% 초과 보유시 ’01.12.31.까지 처분

- 단, 성실공익법인 등은 주식 기준 5%를 초과하여 보유 가능

□  의무위반 내용

○  ▢▢▢재단은 ’△△년에 계열회사 대표를 재단이사로 선임하면서 성실공익법인 요건인 특수관계인 이사기준 1/5을 충족하지 못하였으나

- 내국법인 주식을 매각하지 않고, 5% 기준을 초과하여 계속 보유

□  조치사항

○  5% 초과 보유주식의 시가 000억 원에 대한 가산세 000억 원 추징

사례 2	공익법인이 특수관계인인 계열사 퇴직 이사를 임직원으로 채용하여 급여 등 직 ․ 간접 경비를 부당하게 지출

□ 기본사항

○ ▢▢▢재단
○ ▢▢계열

□ 관련법령: ｢상속세 및 증여세법｣ §48⑧, §78⑥

○  (특수관계인 임직원 채용 제한)  출연자 또는 그 특수관계인은 상증령 §38⑪에 따른 공익법인의 임직원 취임 금지

※ 상증령 §38⑪

1. 출연자와 제2조의2제1항제3호의 관계에 있는 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

2. 출연자와 제2조의2제1항제4호의 관계에 있는 자가 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

3. 출연자와 제2조의2제1항제5호 또는 제8호의 관계에 있는 비영리법인

□  주요 탈루내용

○  ▢▢▢재단은 계열사 이사로 퇴직 후 5년이 경과하지 않은 특수관계인을 임직원으로 채용하여 급여･퇴직금 및 복리후생비 등을 부당하게 지급

□  조치사항

○  특수관계인에게 지급한 급여 등 직･간접 경비 전액에 대하여 가산세 0억 원 추징

사례 3	공익법인이 출연자의 특수관계인인 계열사에 출연받은 재산을 부당하게 저가로 임대하여 자기내부거래 위반

□ 기본사항

○ 재단▢▢
○ ▢▢▢계열

□ 관련법령: ｢상속세 및 증여세법｣ §48③, 같은법 시행령 §39

○  (자기내부거래 금지)  공익법인이 출연받은 재산, 출연받은 재산을 원본으로 취득한 재산 등을 특수관계인이 정당한 대가를 지급하지 않고 사용･수익 금지

□  주요 탈루내용

○  재단▢▢은 출연받은 토지에 신축한 건물을 사주일가가 지배하는 계열사에 저가로 임대하여 출연재산에 대한 증여세 추징

□  조치사항

○  정상대가와 저가임대료의 차액에 해당하는 출연재산가액 00억 원에 대한 증여세 00억 원 추징