국세청		보도참고자료

보도시점	2024. 11.11.(월) 12:00	배포	2024. 11.11.(월) 10:00

국세청, 의료비 과다공제 가산세 면제 위해 감사원 ‘컨설팅’ 받아

- 뒤늦게 의료비를 환급받은 근로자가 가산세를 부담하는 불이익을 해소 -

□  국세청(청장 강민수)은 감사원(원장 최재해)에게 사전컨설팅을 신청하여 근로자가 종합소득세 신고기한 이후에 수령하는 국민건강보험공단(이하 ‘건보공단’)의 ‘본인부담상한제 환급금*’(이하 ‘의료비 환급금’)에 대하여 과다공제자에게 적용되는 가산세를 면제하도록 최종 의견을 받았습니다.

*  연간 보험적용 본인부담금이 상한액을 초과한 경우 그 초과금액을 국민건강보험공단에서 부담함으로써 과도한 의료비 지출로 경제적 어려움을 겪는 국민의 가계부담을 완화하는 제도

□   (기관 간 칸막이를 넘어, 국민을 위한 적극행정 추진)

○  현행 세법상 ‘의료비 환급금’은 의료비 세액공제 대상이 아니므로 연말정산(3월) 또는 종합소득세 신고(5월) 시 의료비에서 차감하고 신고하여야 하나

-  건보공단에서는 지출연도 다음해 8월말 이후 환급금이 결정․지급되어 납세자는 신고기한까지 그 금액을 알 수 없어 과다공제가 발생합니다.

○  국세청은 가산세가 발생되지 않도록 신고기한 전에 의료비 환급금 자료를 받고자 건보공단과 협의를 진행하였으나, 건보공단의 일정상 시기를 앞당겨 자료를 수집하는 것은 불가함을 확인하였습니다.

○  이에 국세청은 납세자에게 귀책을 물을 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 자체 판단하였지만 법적 불확실성을 해소하기 위해 보다 정확한 판단근거를 마련하고자 감사원에 『적극행정 컨설팅』을 신청하였습니다.

□  (감사원 사전컨설팅을 활용한 가산세 면제 근거 마련)

○  감사원은 『찾아가는 사전컨설팅』을 통해 국세청을 방문하여 관련 내용을 경청하고 가산세를 면제할 정당한 사유에 대한 판례 및 기획재정부 질의 등 다방면으로 심도 깊은 검토를 수행하였습니다.

-  국세청은 건보공단의 업무처리방식과 지급시기에 대한 감사원의 이해도를 높이기 위하여 건보공단으로부터 설명 자료를 협조 받아 감사원에 제출하는 등 지속적인 업무 공유를 진행하였습니다.

○  국세청과 감사원이 협업한 결과, 의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우 납세의무자에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라는 결정을 이끌어 내어 납세자의 불이익을 해소할 수 있게 되었습니다.

□  (향후 계획)

○  앞으로도 국세청은 국민의 불편에 귀 기울이고 적극행정으로 문제를 신속하게 해결하는 등 최선의 노력을 다하겠다고 밝혔습니다.

Ι 의료비 과다공제 사례 Ι

○  세종시에 사는 근로자 이○○씨는 ’22년 위암 수술을 하면서 총급여 4천만원 중 의료비로 1,200만원을 지출하고 ’23년 2월 연말정산 시 의료비 세액공제 162만원*을 공제 받았습니다.

*  총급여 4천만원 × 3%=120만원을 초과해 지출한 의료비 1,080만원의 15%

-  이후 ’23년 9월에 건보공단으로부터 의료비 환급금으로 500만원을 돌려받아 의료비로 인한 가계 부담을 덜 수 있었습니다.

-  그러나, 이○○씨는 ’24년 9월에 회사로부터 해당 의료비 환급금을 의료비에서 차감하지 않아 과다공제를 받았으므로 가산세 16만원을 포함해 근로소득세 91만원을 추가납부 해야 한다는 안내를 받았습니다.

-  국세상담센터를 통해 상담을 받은 이○○씨는 연말정산이 끝나고 6개월도 더 지나서 돌려받은 사후환급금을 연말정산 때 차감하지 못해 가산세를 부담하는 것은 억울하다는 생각이 들었습니다.

< 이○○씨의 의료비 추가납부 금액 >

1) 정상신고 시 본세 : 1,200만원-(4천만원×3%)-500만원(의료비 환급금) = 580만원×15% = 87만원, ∴ (과소납부 세액) 162만원(당초신고) - 87만원(수정신고) = 75만원

2)  과소신고가산세·납부지연가산세 : (75만원×10%)+(75만원×0.022%×539일) = 163,935원(경과일수는 ‘24.11.10.에 개인이 수정신고·납부한 것으로 가정하고 계산)

담당 부서 <총괄>	법인납세국 원천세과	책임자	과 장	정헌미	(044-204-3341)
		담당자	사무관	홍성훈	(044-204-3347)
<협조>	감사원	책임자	과 장	이경재	(02-2011-3596)
	사전컨설팅담당관	담당자	부감사관	김태호	(02-2011-3177)
<협조>	국민건강보험공단	책임자	부 장	장미정	(033-736-4601)
	재난상한제운영부	담당자	팀 장	이정애	(033-736-4636)

참고 1		자주 묻는 질문

1		의료비 본인부담금 상한액을 초과하여 공단으로부터 지급받은 금액(본인부담 상한제 환급금)은 왜 세액공제 대상 의료비에서 차감해야 하나요?

○ 의료비 세액공제 제도의 목적은 근로자의 실질적인 의료비 부담 절감입니다.

따라서 의료비 본인부담금 상한액을 초과하여 건보공단에서 돌려받은 의료비는 실제 부담한 것으로 보기 어려우므로 공제 대상 의료비에서 제외해야 합니다.

[ 의료비 세액공제 계산 사례 ]

’24년 총급여가 5천만 원인 근로자 A가 의료비로 250만 원을 지출했으나, 본인부담금 상한액을 초과하여 30만원을 돌려받았다면 ’24년 귀속 연말정산 시 세액공제 대상 의료비는?

= 총급여의 3%를 초과하여 지출한 의료비 - 본인부담 상한제 상한제 환급금 수령액

= {250만 원 - (5,000만원 × 3%)} - 30만 원 = (250만 원 - 150만 원) - 30만 원 = 70만 원

2		아들이 기본공제 대상자인 아버지를 위해 지출한 의료비를 세액공제 받았는데, 본인부담 상한제 환급금은 수진자인 아버지가 신청하여 지급받았습니다. 이런 경우에도 아들은 세액공제를 받을 수 없나요?

○  세액공제 대상 의료비는 근로자가 직접 부담하는 의료비를 한도로 하므로, 본인 외의 자에게 상한제 환급금이 지급된 경우라도 해당 금액은 세액공제 대상에서 제외됩니다.

※ 근로자가 지급받지 않은 본인부담상한제 환급금을 세액공제 대상에 포함할 경우, 실제 부담한 의료비보다 세액공제 대상 의료비 금액이 더 커지는 문제 발생

3		3년 전 국세청의 과다공제 점검 때 의료비 상한제 환급금을 잘못 공제받았던 부분을 수정신고하고 가산세를 냈었는데, 이번에 가산세를 내지 않아도 된다는 해석이 나왔다면 3년 전에 냈던 가산세는 돌려받을 수 있는 건가요?

○  동일한 사실관계에 대한 해석이므로, 기존에 동일한 의료비 상한제 환급금으로 인해 가산세를 부담하였다면 해당 부분에 대해서는 소득세 경정청구를 통해 가산세를 감면받을 수 있습니다.

다만, 경정청구는 신고기한으로부터 5년간만 가능하므로, ’19년 귀속(’20.5.31.신고기한)이후분 부터만 경정청구가 가능합니다.

참고 2		의료비 과다공제 점검절차

○ 근로자는 ’22년 의료비를 지출한 연도에 대해

1) '23.3월 근로소득 연말정산 시, '22년 의료비 지출액에 대해 ‘의료비 세액공제액’ 신고·납부

2) 건보공단은 '23.8월말경 '22년도 의료비 지출액에 대한 본인부담상한액 산정 후, 의료비 환급금 지급대상 개인에게 지급안내문 발송 및 환급 실시

3) 의료비 환급금을 지급받은 개인은 '22년 귀속 소득세에 대한 수정신고 이행

☞ ’22년도 귀속 종합소득세 신고기한('23.5.31.) 경과 후 수정신고자는 가산세 부담