｢법인세 사무처리규정｣

신․구조문대비표

현 행	개 정 안
제2장 세적관리 제7절 연결납세방식 제33조(승인 및 통지) ①∼② (생략)	제2장 세적관리 제7절 연결납세방식 제33조(승인 및 통지) ①∼② (현행과 같음)
<신설>	③ 지방청장(법인세과장)은 연결납세방식 적용 신청서를 제출한 세무대리인이 세무사법 제14조의3제1항에 따른 “수임제한대상 공직퇴임세무사”로 확인되는 경우 같은 항의 단서에 해당하는지 등을 검토하여 의견을 작성하여야 한다.
<신설>	④ 제3항에 따른 검토 결과 세무사법 제14조의3제1항 단서에 해당되지 않는 경우에는 ｢세무대리업무에 관한 사무처리규정｣ 제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다.
제3장 신고관리 제2절 신고서 접수관리 제54조(감가상각방법신고서 전산입력 등 처리) ①∼⑤ (생략)	제3장 신고관리 제2절 신고서 접수관리 제54조(감가상각방법신고서 전산입력 등 처리) ①∼⑤ (현행과 같음)
<신설>	⑥ 지방청장(법인세과장) 또는 세무서장(법인세과장)은 감가상각방법의 변경신청서 및 내용연수 승인(변경승인) 신청서를 제출한 세무대리인이 세무사법 제14조의3제1항에 따른 “수임제한대상 공직퇴임세무사”로 확인되는 경우 같은 항의 단서에 해당하는지 등을 검토하여 의견을 작성하여야 한다.
<신설>	⑦ 제6항에 따른 검토 결과 세무사법 제14조의3제1항 단서에 해당되지 않는 경우에는 ｢세무대리업무에 관한 사무처리규정｣ 제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다.
제3장 신고관리 제3절 수정신고, 경정청구 등 제72조(수정신고서 등의 처리) ①∼④ (생략)	제3장 신고관리 제3절 수정신고, 경정청구 등 제72조(수정신고서 등의 처리) ①∼④ (현행과 같음)
<신설>	⑤ 지방청장(법인세과장) 또는 세무서장(법인세과장)은 기한후 신고서 및 경정청구서를 제출한 세무대리인이 세무사법 제14조의3제1항에 따른 “수임제한대상 공직퇴임세무사”로 확인되는 경우 같은 항의 단서에 해당하는지 등을 검토하여 의견을 작성하여야 한다.
<신설>	⑥ 제5항에 따른 검토 결과 세무사법 제14조의3제1항 단서에 해당되지 않는 경우에는 ｢세무대리업무에 관한 사무처리규정｣ 제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다.
제6장 공익법인 관리 제3절 세적관리 제136조(세적정리)	제6장 공익법인 관리 제3절 세적관리 제136조(세적정리)
① 세무서장(법인세과장)은 비영리법인의 세적자료를 수집하여 정관ㆍ주무관청의 설립허가서 등에 따라 공익사업 해당여부를 확인한 후 전산에 입력하여 관리한다.	① 본청 공익중소법인지원팀장·세무서장(법인세과장)은------- ------------------------- ------------------------------------------------.
제6장 공익법인 관리 제7절 성실공익법인 확인 제147조(성실공익법인 확인 신청서류 접수)	제6장 공익법인 관리 제7절 공익법인의 주식보유 관련 의무이행 여부 신고 제147조(주식보유 관련 의무이행 신고서류 접수)
① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 매 반기 종료일 30일 이내(5월, 11월)까지 주무관청으로부터 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조제5항에 따라 성실공익법인에 해당하는지 여부를 확인받으려는 공익법인의 ‘성실공익법인 확인 신청서류를 통보받아 접수하는 경우 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제4조제1항 각 호에 따른 서류의 송부여부를 검토하여야 한다.	① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 「상속세 및 증여세법」제48조제13항에 따라 공익법인의 주식보유 관련 의무이행 신고 서류를 접수하는 즉시 전산에 입력하여야 한다. 다만, 공익법인이 신고서류를 홈택스로 전자제출 하는 경우에는 전산입력을 생략한다.
<신설>	② 지방국세청장(성실납세지원국장)은 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제13조의2제2항 각 호에 따른 신고서 및 서류의 제출여부를 검토하여 보완이 필요한 경우에는 보정을 요구하여야 한다.
② 주무관청이 없는 경우에는 공익법인의 관할세무서장(법인세과장)이 해당 서류를 공익법인으로부터 제출받아 지방국세청장(성실납세지원국장)에게 송부하여야 한다.	<삭제>
③ 지방국세청장(성실납세지원국장) 성실공익법인이 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조제5항에 따라 5년마다 재확인 받으려는 경우에는 5년간의「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제4조제1항 각 호에 따른 서류를 모두 제출받아야 한다.	<삭제>
④ 지방국세청장(성실납세지원국장)은 성실공익법인 확인신청 접수현황을 매 반기 종료월 10일까지 국세청장(공익중소법인지원팀장)에게 보고하여야 한다.	③ 지방국세청장(성실납세지원국장)은 공익법인의 의무이행 신고서가 접수된 경우 접수된 달의 다음달 10일까지 국세청장(공익중소법인지원팀장)에게 보고하여야 한다.
제148조(성실공익법인 요건 충족여부 검토)	제148조(주식보유 요건 충족여부 검토)
① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 성실공익법인 해당여부를 확인 신청한 공익법인이 「상속세 및 증여세법」 제16조제2항제2호 및 「상속세 및 증여세법 시행령」 제13조제3항 각 호에 규정된 성실공익법인 요건을 모두 충족하였는지 면밀히 검토하여 성실공익법인 해당여부를 매 반기 종료 월의 다음달 말일(1월, 7월)까지 국세청장(공익중소법인지원팀장)에게 보고하여야 한다.	① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 의무이행 여부를 신고한 공익법인이「상속세 및 증여세법」제48조제11항 각 호 및「상속세 및 증여세법 시행령」제41조의2제1항 내지 제3항 각 호에 규정된 주식보유 요건을 모두 충족하였는지 여부를 면밀히 검토하고 그 결과를 해당 공익법인의 사업연도 종료일부터 8개월 이내 국세청장(공익중소법인지원팀장)에게 보고하여야 한다.
② 제1항에 따른 성실공익법인이 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단한다. 다만,「의료법」에 따른 의료법인의 요건 충족여부를 판단하는 경우로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제13조제3항제2호의 요건의 경우에는 해당 사업연도(성실공익법인으로 처음 확인받으려는 경우로 한정한다)의 제2분기부터 제4분기까지를 기준으로 판단한다.	② 제1항에 따른 주식보유 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 해당 사업연도 전체를 기준으로 판단한다.
③ 지방국세청장(성실납세지원국장)은 요건 충족여부 확인을 위하여 주무관청 또는 해당 공익법인에게 추가 자료제출을 요구할 수 있다.	③ 지방국세청장(성실납세지원국장)은 요건 충족여부 확인을 위하여 해당 공익법인에 추가 자료제출을 요구할 수 있다.
제149조(성실공익법인 확인 결과 통보) 국세청장(공익중소법인지원팀장)은 지방국세청장(성실납세지원국장)이 성실공익법인 해당여부에 대하여 확인한 결과를 매 반기 종료일부터 60일 이내에 해당 공익법인과 주무관청에 통보하여야 한다.	제149조(요건 충족여부 검토결과 통보) 국세청장(공익중소법인지원팀장)은 지방국세청장(성실납세지원국장)이 주식보유 요건 충족여부에 대하여 검토한 결과를 해당 공익법인의 사업연도 종료일부터 9개월 이내에 해당 공익법인과 주무관청에 통보하여야 한다.
제150조(사후관리) 지방국세청장(성실납세지원국장)은 성실공익법인 요건 확인 결과 성실공익법인 요건 위반으로 증여세 등 추징사유가 발생하는 경우 즉시 증여세 등을 추징하여야 한다.	제150조(사후관리) ① 지방국세청장(성실납세지원국장)은 주식보유 요건 검토 결과 요건 위반으로 증여세 등 추징사유가 발생하는 경우 즉시 증여세 등을 추징하고 제148조제1항에 따른 요건 충족여부 검토결과 보고 시 함께 보고하여야 한다.
<신설>	② 지방국세청장(성실납세지원국장)은 「상속세 및 증여세법」제48조제13항 및 같은 법 시행령 제41조의2제6항, 같은 법 시행규칙 제13조의2제1항에 따른 주식보유 의무이행 신고대상 공익법인이 의무이행 여부를 신고하지 아니한 경우, 제78조제14항에 따른 가산세를 부과하여야 한다.
제9장 보칙 제189조(재검토기한) 이 규정은 「훈령・예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 규정을 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2024년 3월 1일까지 재검토한다.	제9장 보칙 제189조(재검토기한) 이 규정은 「훈령・예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2022년 11월 24일 기준으로 매 3년이 되는 시점(2025년 11월 23일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.
<신설>	부칙(2022. 11. 24. 국세청훈령 제****호) 부칙 제1조(시행일) 이 훈령은 2022년 11월 24일부터 시행한다.