국세청훈령 제0000호(0000. 0. 0.)

양도소득세 사무처리규정

+제1장  총칙

+제1조(목적) 이 규정은 양도소득세 사무처리에 관한 기본적인 사항을 정하여 사무처리의 통일성을 기하고 업무를 효율적으로 처리하는데 그 목적이 있다.

+제2조(다른 훈령 등과의 관계) ① 양도소득세 사무처리는 다른 훈령 등에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규정에 따른다.

② 양도소득세 조사와 관련한 제반절차 등에 관하여 이 규정에 열거되지 아니한 사항은 ｢조사사무처리규정｣을 준용한다.

+제3조(국세행정 전산시스템에 따른 업무처리) 양도소득세의 부과‧징수, 과세자료의 수집‧관리, 감면사후관리 등의 업무는 국세행정 전산시스템(이하 “엔티스”라 함)으로 처리하여야 한다. 다만, 조세채권 확보 등을 위해 불가피한 경우에는 수동으로 처리할 수 있으며, 수동으로 처리한 경우에도 전산 구축이 필요한 자료는 엔티스에 수록하여야 한다.

+제2장  양도소득세 신고 및 과세자료 관리

+제1절 신고관리

+제4조(신고관리 기본방향) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및  세무서장(재산제세 담당과장, 세무서에서 양도소득세 업무를 담당하는 과장을 말한다. 이하 같다)은 납세자가 양도소득세를 신고･납부하는데 불편이 없도록 납세서비스를 제공하여야 한다.

② 국세청장(부동산납세과장)은 납세자가 성실 신고하는데 도움이 되도록 신고 전에 안내자료를 제공할 수 있다.

+제4조의2(자체계획의 수립) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(재산제세 담당과장)은 양도소득세 예정(확정)신고 관리업무를 집행함에 있어 납세자에 대한 신고안내, 성실신고 유도 등 효율적인 신고관리를 위하여 관서별 실정에 맞는 세부계획을 수립하여 시행한다.

② 세무서장(재산제세 담당과장)은 예정(확정)신고 대상자에게 안내문을 발송하고 전자신고나 우편신고 등을 성실히 안내한다.

③ 예정(확정)신고 안내를 받은 납세자가 해명자료 등을 제출하는 경우에는 엔티스에 입력하여 관리한다.

④ 납세지 관할 세무서장(재산제세 담당과장)은 예정(확정)신고 대상자 중 「소득세법 시행령」 제176조제5항제2호에 따라 무신고자에 대해 결정을 하고자 하는 경우 기한 후 신고를 서면(별지 제5호 서식)으로 안내하여야 한다.

+제5조(신고서의 접수 및 입력) ① 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서의 접수를 담당하는 납세자보호담당관(민원봉사실장) 또는 재산제세 담당과장은 ｢소득세법｣ 및 ｢조세특례제한법｣에 따른 신고서 등을 접수하고 전자서고에 등록한다.

② 세무서장(납세자보호담당관 또는 재산제세 담당과장)은 접수된 신고서 등을 전산입력하기 위하여 정보화센터로 전산 이송한다.

③ 신고서 등의 접수 및 전산입력에 대해 이 규정에서 정해지지 아니한 사항은「정보화센터사무처리규정」과「국세청민원사무처리규정」에 따른다.

+제6조(신고․납부 불일치 사유의 규명) 국세청장(자산과세국장)은 신고․납부 불일치 명세를  엔티스에 생성하고, 납세지 관할 세무서장(재산제세 담당과장)은 납부기한 다음달 마지막 날(자산과세국장이 별도 지정한 경우 그 지정일)까지 불일치 사유를 규명하여야 한다.

+제6조의2(경정 등의 청구의 처리)  ① 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정의 청구(이하“경정 등의 청구”라 한다)를 받은 세무서장(재산제세 담당과장)은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 처리하여 그 결과를 청구인에게 문서로써 통지(납세자의 경정 등의 청구 내용대로 경정․결정하여 환급하는 경우에는 환급금 통지서로 갈음할 수 있다)하여야 한다. 다만, 처리기한까지 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 그 진행상황을 청구인에게 문서로 통지하여야 한다.

② 경정 등의 청구 처리과정에서 적용법률 등의 자문이 필요하거나 현장확인 이외의 사실 판단이 필요한 경우에는 국세법령해석심의위원회 또는 과세사실판단자문위원회의 자문을 받아 처리하여야 한다.

③ 세무서장(재산제세 담당과장)은 경정 등의 청구 처리과정에서 추가 증빙 또는 해명자료 등의 제출을 요구하는 경우에는 납세자에게 서면(별지 제1호 서식)으로 요청하여야 하며, 현장확인이 필요하다고 인정되는 경우에는 제12조의2에 따라 현장확인을 실시할 수 있다.

④ 세무서장(재산제세 담당과장)은 경정 등의 청구 처리결과를 엔티스에 입력하여야 한다.

+제6조의3(수정신고서 등의 처리) 세무서장(재산제세 담당과장)은 기한 후 신고서 또는 수정신고서가 접수된 경우 신고내용과 증빙서류 등을 검토하여 신고일로부터 3개월 이내에 결정하여야 한다. 다만, 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 서면으로 통지하여야 한다.

+제2절  과세자료의 관리 및 처리

+제7조(과세자료의 수집 및 입력) 세무서장(재산제세 담당과장)은 양도소득세 과세에 필요한 다음 각 호의 자료를 수집하여 즉시 엔티스에 입력하여야 한다.

1.  행정기관 등으로부터 과세에 활용할 수 있는 자료를 수집하거나 제출받는 경우

2.  ｢과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률｣에 따른 자료

3.  세무조사, 과세자료 처리 등 업무처리과정에서 양도소득세 과세

4.  그 밖의 소득세법령에 의해 양도소득세 과세에 활용할 수 있는 자료

제7조의2(사업자 또는 법인 관련 자료의 관리) ① 국세청장(자산과세국장)은 엔티스에 입력된 자료 중 다음 각 호의 자료에 대하여는 사업자 관련 자료로서 관리하여야 한다.

1. 건설업 및 부동산매매업에 해당하는 자료

2. 납세자가 법인인 자료

3. 가등기 자료

② 제1항에 따른 자료 분류에 대해 자산과세국장은 개인납세국장 및 법인납세국장의 의견을 조회하여 분류할 수 있다.

③ 사업자자료 및 법인자료, 가등기자료는 자산과세국장이 구축한 자료를 이용하여 자료 활용 주무국인 개인납세국장 및 법인납세국장이 해당 과세자료를 생성하여 관리한다.

+제8조(과세자료의 통보) 지방국세청장 및 세무서장(재산제세 담당과장)은 국세에 관한 사무를 처리하는 과정에서 양도소득세 과세에 활용할 수 있는 거래내역을 발견한 경우에는 양도소득세 과세자료를 엔티스에 입력하여 납세지 관할 세무서장에게 통보하여야 한다.

+제9조(과세자료의 생성) 국세청장(자산과세국장)은 양도소득세 과세자료를 엔티스에 생성하여 납세지 관할 세무서장(재산제세 담당과장)에게 송부하고 세무서장(재산제세 담당과장)은 즉시 전산으로 담당자를 지정하여야 한다.

+제10조(과세자료의 처리) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 양도소득세 과세자료 처리 시 납세자의 해명이 필요한 경우에는 과세자료 해명 안내문(별지 제1호 서식)과 권리보호요청 제도에 관한 안내문을 납세자에게 발송하여야 한다.

② 세무서장(재산제세 담당과장)은 납세자가 해명자료를 제출한 경우에 해명자료를 성실하게 검토하여 처리하고, 그 처리결과를 해명자료 검토결과 통지서(별지 제2호 서식)에 따라 해당 납세자에게 통지하여야 한다.

③ 제1항에 따른 해명내용이 불명확하거나 납세자가 해명요구에 따르지 않는 경우에는 제12조의2에 따라 현장확인을 거쳐 처리하거나 조사대상으로 선정하여 처리할 수 있다.

+제11조(사업자관련 과세자료의 처리) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 과세자료를 작성하거나 처리하는 과정에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세자료를 발견한 경우에는 즉시 해당 사업자에 대한 과세업무를 담당하는 과장에게 인계하여야 한다.

1. 건설업 및 부동산매매업에 해당하는 과세자료

2. 납세자가 법인인 과세자료

3. 가등기 자료

② 자산과세국장은 법인납세국장(법인세과장)으로부터 개인이 법인에게 출연한 자료명세를 통보받아 과세자료로 활용한다.

+제12조(과세자료의 처리 후 결정․경정) 세무서장(재산제세 담당과장)은 ｢소득세법｣ 제114조에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정․경정한다. 다만, 결정 및 경정결과 당초 신고 또는 부과 처분된 양도소득세를 취소하는 경우에는 납세자에게 그 내용을 서면(별지 제3호 서식)으로 통지하여야 한다.

+제12조의2(현장확인) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 양도소득세 결정 또는 경정시 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유 등을 구체적으로 명시한 출장계획을 수립하여 현장확인을 실시할 수 있다.

1. 주택 또는 농지 양도자료 중 서면검토만으로 비과세․감면요건 충족여부를 확인할 수 없는 경우

2. 제10조에 따라 납세자가 제출한 해명자료에 대해 현장확인이 필요하거나 세무서장(재산제세 담당과장)의 해명요구에 응하지 아니한 경우로서 현장확인이 필요한 경우

3. 감사기관(감사원, 국세청 및 지방국세청 감사관 등)의 요청이 있는 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 업무처리를 위해 현장확인이 필요한 경우

② 현장확인은 양도소득세의 납세지를 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)이 실시함을 원칙으로 한다. 다만, 현장확인 장소가 다른 지방국세청 관할에 소재하거나 1일 근무시간 내에 처리가 어려운 경우에는 현장을 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 현장확인을 의뢰할 수 있다.

③ 현장확인 계획 수립시에 현장확인 기간은 7일(토요일․공휴일 포함) 이내로 하여야 한다.

④ 제2항 단서에 따라 현장확인을 의뢰받은 세무서장(재산제세 담당과장)은 의뢰받은 날로부터 20일 이내에 현장확인 결과를 납세지를 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 회신하여야 한다.

⑤ 현장확인 장소와 납세지가 같은 지방국세청의 관할인 경우에도 민원처리기한이나 출장거리 등 업무의 효율성을 감안하여 지방국세청장(조사국장, 양도소득세 조사를 담당하는 국장을 말한다. 이하 같다)이 별도의 기준을 마련하여 현장확인을 시행할 수 있다.

⑥ 세무서장(재산제세 담당과장)은 현장확인을 실시할 경우 현장확인반 편성, 현장확인할 내용 및 현장확인 결과 등을 기록하여 관리하여야 한다.

⑦ 현장확인 출장명령을 받은 직원은 납세자 및 관련인 등에게 현장확인 출장증(「조사사무처리규정」 별지 제22호 서식)을 반드시 제시하여 세무조사로 인식되지 않도록 해야 한다.

⑧ 현장확인 과정에서 실지조사가 필요하다고 인정되는 경우에는 현장확인 종결보고서 결재 후 실지조사로 전환할 수 있다.

+제13조(과세예고 통지) ① 세무서장(재산제세 담당과장)이 양도소득세를 결정․경정한 사항이 과세예고 통지 대상인 경우에는 과세예고 통지를 하여야 한다.

② 과세예고 통지와 관련된 업무처리절차는 ｢과세전적부심사사무처리규정｣에 따른다.

+제14조(과세표준과 세액의 통지 및 지방소득세 자료의 통보) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 양도소득세 과세자료를 처리하고 다음 각 호의 구분에 따라 해당 양도자에게 과세표준과 세액을 통지하여야 한다.

1.  고지세액이 있는 경우에는 해당 고지서의 ‘산출근거’ 란에 과세표준, 세율, 세액, 그 밖의 필요한 사항을 기재하여 고지

2. 고지세액이 없는 경우에는 양도소득세 납부할 세액이 없음을 서면(별지 제4호 서식)으로 통지

② 국세청장(자산과세국장)은 엔티스에 입력된 양도소득세 신고 및 결정․경정 내용 등을 지방소득세 전산자료의 생성을 위해 행정자치부장관에게 통보하여야 한다.

+제3장  양도소득세 조사

+제1절  조사대상자의 선정

+제15조(조사의 관할) ① 양도소득세 조사는 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 실시한다. 다만, 부동산투기 등과 관련한 기획조사 등은 양도물건 소재지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 할 수 있다.

② 지방국세청장(관할 지방국세청장이 다른 경우에는 국세청장(자산과세국장))은 세무관서별 업무량과 조사인력 등을 고려하여 조사관할을 조정할 수 있다.

③ 조사대상자의 양도가액 및 세금누락 혐의 규모, 조사의 업무량 등을 감안하여 조사관할의 조정이 필요하다고 인정되는 경우 세무서장은 지방국세청장(조사국장)에게, 지방국세청장은 세무서장에게 조사관할의 조정을 요청하거나 위임할 수 있으며, 이 경우 문서로 하여야 한다.

④ 지방국세청장 또는 세무서장이 세무조사를 시작한 이후에 납세자의 납세지가 변경되거나 조세 불복 청구의 결정에 따라 재조사를 하는 때에는 원래 조사관서에서 관할한다

+제16조(조사대상자의 선정방법 및 절차) ① 조사대상자 선정은 지방청․세무서별 특성을 고려한 후 엔티스 등을 활용하여 누락유형별 분석범위를 정해 비정기선정 방법에 의한다.

② 엔티스를 이용하여 선정할 경우 신고서 단위 검증사유 해당여부, 성실도 점수, 사후결의당시 미결자료 생성여부 등을 감안하여 선정자료로 활용한다.

③ 조사대상자는 공평과세와 세법질서의 확립을 위하여 ｢국세기본법｣ 제81조의6제3항에 따른 범위 안에서 납세지(기획조사는 양도자산 소재지 포함)를 관할 지방국세청장 또는 세무서장이 선정한다. 이 경우 세무서장은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 지방국세청장(조사국장)의 승인을 받아야 한다.

1. 재외국민 인감경유자 등 긴급조사 대상으로 선정하는 경우

2. 불복청구결정에 따라 재조사를 하는 경우

④ 조사대상자를 선정할 때에는 납세자의 세무조사 이력 및 조사진행상황을 확인하여 중복 선정되지 않도록 하여야 한다.

+제17조(삭제)

+제18조(중복조사의 금지) ① 조사공무원은 세무조사를 실시함에 있어 ｢국세기본법｣ 제81조의4제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2에서 정한 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 하여서는 아니 되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사중단․조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 취하여야 한다. 다만, 제12조의2에 의한 현장확인은 조사로 보지 아니한다.

② 중복조사 방지를 위하여 지방국세청 조사국장, 성실납세지원국장 및 세무서장은 조사대상자 선정내용 및 조사결과 등을 전산에 입력하여 관리하여야 한다.

+제2절  조사계획의 수립

+제19조(조사계획의 수립) 지방국세청장 및 세무서장은 조사대상자에 대하여 적정한 조사진도가 유지되도록 조사계획을 수립․시행하여야 한다.

+제20조(조사기간) ① 지방국세청장 및 세무서장이 조사기간을 정할 때에는 ｢국세기본법｣ 제81조의8에 따라 양도가액 및 조사의 업무량 등을 감안하여 조사에 필요한 최소한의 기간으로 정하여야 한다.   ② 조사관서장은 제1항에 따라 조사기간을 정함에 있어 ｢국세기본법｣ 제81조의8제2항에서 정하는 조사대상 과세기간 중 양도가액이 가장 큰 과세기간의 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 하여야 한다. 다만, ｢국세기본법」제81조의8제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

+제21조(조사기간의 계산) ① 조사기간의 계산은 조사시작일부터 조사종결일까지의 기간으로 하며, 조사기간 중의 토요일․공휴일을 포함하여 계산한다.

② 제30조에 따라 세무조사가 중지된 기간은 ｢국세기본법｣ 제81조의8제4항 단서에 따라 조사기간 계산에 포함하지 아니한다.

+제21조의2(조사의 분류) ① 양도소득세 조사는 일반조사와 간편조사로 분류한다.

② 양도소득세 간편조사는 소규모 납세자의 불편을 완화하기 위해 짧은 기간 동안 최소한의 범위에서 상담 위주로 실시하는 양도소득세 조사를 말한다.

③ 양도소득세 일반조사는 양도소득세 간편조사 외의 양도소득세 조사를 말한다.

+제22조(조사의 범위) ① 양도소득세 실지조사를 할 때에는 조사대상으로 선정된 과세연도의 과세대상 자산 전부를 조사하며 조사대상 선정연도 이외의 과세기간에 미결 과세자료가 있는 경우에는 함께 처리하여야 한다.

② 조사공무원이 ｢국세기본법 시행령」 제63조의11 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 조사범위를 확대하고자 하는 경우에는 ｢납세자보호사무처리규정｣에 따라 조사범위 확대를 신청하여 승인을 받아야 한다.

③ 조사공무원은 제2항에 따라 조사범위가 확대된 경우에는 그 사실을 조사 범위확대(유형전환) 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제20호 서식)에 의해 납세자에게 통지하여야 한다.

+제23조(관련인에 대한 동시조사의 실시) ① 조사의 효율성, 납세자 편의 등을 감안하여 조사대상 납세자와 거래가 있는 자 또는 납세자와 특수관계에 있는 자 등 관련인이 조사대상자로 선정되었거나 조세 누락 혐의가 있으면 그 관련인을 동시에 조사할 수 있다.

② 제1항에 따라 관련인에 대하여 동시조사를 실시하고자 하는 경우에는 지방국세청장(관련인의 납세지가 다른 지방국세청인 경우에는 국세청장(자산과세국장))의 승인을 받아야 한다.

+제3절  조사의 시작 및 진행

+제24조(세무조사의 사전통지) ① 조사를 실시하는 경우에는 ｢국세기본법｣ 제81조의7제1항에 따라 세무조사 사전통지서(｢조사사무처리규정｣ 별지 제1호 서식)를 작성하여 조사개시 10일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 비치하여야 한다. 다만, 조세범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 ｢국세기본법｣ 제81조의7제1항 단서에 따라 조사관할 관서장의 승인을 받아 사전통지를 생략하고 조사를 시작할 수 있다.

② 제1항 단서의 경우에는 세무조사 시작 시 세무조사 사전통지를 생략한 뜻이 기재된 세무조사 통지서(｢조사사무처리규정｣ 별지 제2호 서식)를 교부하여야 한다.

③ 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 하는 경우에는 ‘조사사유’ 란에 ｢국세기본법｣ 제81조의6에 따른 조사사유와 법적근거를 구체적으로 밝혀야 하며, 조사대상 과세기간에 대하여 이미 비정기조사 또는 세목별 조사를 실시한 경우에는 ‘조사제외 대상’ 란에 조사제외 대상 양도자산, 과세기간 및 범위 등을 명확히 기재하여 중복조사를 방지하여야 한다.

+제25조(조사의 연기) ① 조사관서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 조사 시작을 연기할 수 있다.

1. ｢국세기본법｣ 제81조의7제2항 및 같은 법 시행령 제63조의7제1항에 따라 납세자가 조사를 받기가 곤란한 경우

2. ｢납세자보호사무처리규정｣ 제59조제4항에 따라 납세자보호담당관이 세무조사의 일시중지를 요청하는 경우

3. 그 밖에 부득이한 사유가 있어 조사의 시작을 연기할 필요가 있다고 판단될 때

② 조사관서장은 제1항제1호에 따른 세무조사 연기사유로 납세자의 연기신청이 있는 경우에는 그 내용을 검토하여 세무조사 연기신청에 대한 승인 여부를 세무조사 연기신청 결과 통지(｢조사사무처리규정｣별지 제7호 서식)에 의하여 조사시작 전까지 납세자에게 통지하여야 한다.

③ 조사관서장은 제1항제2호 및 제3호에 따라 세무조사를 연기할 경우에는 그 사실을 세무조사 연기 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제5호 서식)에 의하여 조사시작 전까지 납세자에게 통지하여야 한다.   ④ 조사관서장은 세무조사 연기기간이 종료된 때에는 특별한 사유가 없으면 지체 없이 조사를 시작하여야 한다. 다만, 연기기간이 종료되기 전이라도 연기사유가 소멸하거나 증거인멸 우려 또는 조세채권 조기 확보 등으로 긴급히 조사를 실시하여야 할 사유가 발생한 때에는  즉시 세무조사를 재개할 수 있다.

⑤ 제4항에 따라 세무조사를 실시하는 경우로서 통지한 연기기간과 달리 조사를 재개하는 경우에는 해당 납세자에게 세무조사 재개 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제12호 서식)에 그 사유를 기재하여 통지하여야 한다. 이 때 조사반(팀)이 변경되는 등의 사유가 발생한 경우에는 새로 조사계획을 수립하여 조사를 실시한다.

+제26조(조사시작 할 때 준수사항)) ① 조사관리자는 조사시작 전에 조사공무원행동수칙에 대한 교육을 실시하여야 하며, 조사공무원은 이를  준수하여야 한다.

② 조사공무원이 세무조사를 시작하는 때에는 신분증과 조사원증을 반드시 납세자 또는 관련인에게 제시하여야 한다.

③ 조사공무원은 조사사유 등 필요한 사항을 납세자에게 상세히 설명한 후 조사를 시작하여야 한다.

④ 조사공무원이 세무조사를 시작하는 때에는 ｢국세기본법｣ 제81조의2에 따라 국세청장이 제정․고시한 납세자권리헌장을 납세자에게 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주는 등 납세자가 보장받을 수 있는 권리를 충분히 설명해야 하며, 납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서(｢조사사무처리규정｣ 별지 제1-1호 서식)을 제출받아 조사서류와 함께 보관하여야 한다.

+제26조의2(청렴서약서의 작성 및 사적관계신고) ① 조사공무원이 세무조사를 시작하는 때에는 조사대상자 및 세무대리인(변호사, 공인회계사 또는 세무사를 말한다. 이하 같다)과 함께 청렴서약서(「조사사무처리규정」 별지 제4호 서식)를 작성하여 조사관서장에게 제출하여야 한다.

② 조사대상자 또는 세무대리인이 청렴서약서 작성에 동의하지 않는 경우에는 조사공무원이 조사대상자 또는 세무대리인의 성명을 기재하고 서명란에 “날인거부”라고 표기하여 조사관서장에게 제출하여야 한다.

③ 조사공무원은 조사대상자 또는 세무대리인과 사적관계과 있는 경우 사적관계 등을 기재한 ｢사적관계 신고서 및 검토서｣(｢조사사무처리규정｣ 별지 제44호 서식)를 작성하여 지방국세청장(조사국장), 세무서장에게 제출하여야 한다.

+제27조(세무조사에 있어 조력을 받을 권리의 보장) ① 조사공무원은 세무조사를 실시함에 있어서 납세자가 원하는 경우 ｢국세기본법｣ 제81조의5에 따라 세무대리인을 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술할 수 있도록 하여야 한다.

② 조사공무원은 제1항에 따라 세무대리인이 조사에 참여하거나 의견을 진술할 경우에는 해당 세무대리인에게 그 권한이 있음을 증명할 위임장(｢조사사무처리규정｣ 별지 제13호 서식)을 제출받아 조사관서장에게 보고하여야 한다.

③ 조사공무원은 세무대리인이 제2항의 규정에 따른 위임장을 제출하지 아니하거나 제1항의 규정에 따른 조력의 범위를 넘어 조사를 방해하거나 늦추려는 경우, 거짓으로 진술하는 경우 또는 납세자가 직접 진술할 필요가 있는 경우 등에는 납세자가 직접 의견을 진술하도록 요구할 수 있다.

+제28조(조사기간의 단축) ① 조사공무원은 세무조사 기간을 단축하기 위하여 최대한 노력하여야 하며, 조사받는 납세자가 성실신고한 것으로 확인되거나 더 이상 조사할 필요가 없다고 판단될 때에는 조사기간 종료 전이라도 조사를 조기에 종결할 수 있다.

② 조사과정에서 과세기준자문이나 과세사실판단자문을 신청한 경우 이를 제외한 부분의 조사가 완료된 때에는 그 조사완료된 부분에 대한 조사를 종결하고, 자문을 신청한 사항은 그 결과의 통지를 받는 때에 종결할 수 있다.

+제29조(조사기간의 연장)  ① 조사공무원은 ｢국세기본법｣ 제81조의8제1항 단서에 따라 세무조사 과정에서 조사기간을 연장할 수 있다.

② 조사공무원은 조사기간이 연장되는 경우에는 그 내용을 세무조사 기간 연장 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제11호 서식)에 따라 납세자에게 통지하여야 한다.

+제30조(조사의 중지) ① 조사관서장은 ｢국세기본법｣ 제81조의8, 같은 법 시행령 제63조의10에 따라 납세자가 세무조사의 중지를 신청하는 등 조사중지 사유가 있거나 같은 법 시행령 제63조의15제2항제4호에 따라 납세자보호담당관이 세무조사의 중지를 요청하는 경우에는 최소한의 기간 동안 세무조사를 중지할 수 있다.

② 조사관서장은 제1항에 따른 세무조사 중지사유가 있어 납세자가  세무조사 중지신청을 하는 경우에는 그 내용을 검토하여  세무조사 (중지․연장) 신청 결과 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제10호 서식)에 세무조사 중지 여부를 기재하여 통지하여야 한다.

③ 조사관서장은 제1항에 따른 세무조사 중지사유가 있어 세무조사를 중지하는 경우에는 세무조사 중지 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제8호 서식)에 의하여 납세자에게 통지하여야 한다.

④ 조사관서장은 세무조사를 중지한 기간이 종료하는 때에는 특별한 사유가 없으면 즉시 조사를 재개하여야 한다. 다만, 중지기간이 종료되기 전이라도 중지사유가 소멸하거나 증거인멸 우려 또는 조세채권 조기 확보 등으로 긴급히 조사재개가 필요한 경우에는 즉시 조사를 재개할 수 있다.

⑤ 제4항에 따라 세무조사를 재개하는 경우에는 해당 납세자에게 세무조사 재개 통지(｢조사사무처리규정｣ 별지 제12호 서식)에 그 사유를 기재하여 통지하여야 한다. 이때 조사반(팀)이 변경되는 등의 사유가 발생하는 경우에는 새로 조사계획을 수립하여 조사를 재개한다.

+제31조(조사유형의 전환) ① 세무조사 시 ｢조사사무처리규정｣ 제76조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 범칙조사 사유가 있을 때에는 그 유형을 전환할 수 있다.

② 제1항의 사유로 조사유형을 전환하는 때에는 ｢조사사무처리규정｣ 제76조제3항 및 제4항을 준용한다.

+제32조(금융거래 현장확인의 제한) 조사공무원이 양도소득세 조사를 실시함에 있어 금융거래 현장확인이 필요한 경우에는 그 사유와 범위를 특정하여 지방국세청장(조사국장)의 승인을 받아야 한다.

+제4절  조사의 종결

+제33조(조사의 종결)  ① 조사공무원이 조사를 종결하고자 할 때에는 조사한 내용을 정리하여 조사관서장에게 보고하여야 한다.

② 조사종결 보고를 받은 조사관서장은 그 내용을 검토하여 조사의 종결여부를 결정하여야 한다.

③ 조사공무원은 납세자 또는 납세관리인에게 조사결과에 대하여 구체적으로 설명하여야 하며, 조사결과에 대한 이의가 있을 경우 납세자의 권리구제 방법을 상세히 알려 주어야 한다.

+제34조(조사결과의 통지) 조사공무원은 납세자에게 통지한 조사기간이 종료한 날(다만, 통지한 조사기간 전에 조사종결한 경우에는 조사종결일)로부터 20일 이내에  ｢국세기본법」 제81조의12에 따라 세무조사결과통지서(｢국세기본법 시행규칙」 별지 제56호 서식)에 세무조사 결과를 기재하여 납세자에게 통지하여야 한다.

+제35조(결정․경정) ① 조사종결 지시를 받은 조사공무원은 과세전적부심사 청구기간이 경과하였거나 과세전적부심사 결정이 있는 때 또는 납세자의 조기결정 신청이 있는 때에는 지체 없이 결정․경정결의서를 작성하여야 한다.

② 결정․경정결의서는 정해진 서식에 의하여 작성하고 조사관리자는 그 내용을 검토하여야 한다.

+제36조(결정․경정의 유보) ① 납세자가 세무조사 결과통지에 대해 ｢국세기본법｣ 제81조의15에 따라 과세전적부심사를 청구한 경우에는 그 청구한 부분은 결정․경정을 유보하여야 한다.

② ｢국세기본법｣ 제81조의15제2항 및 같은 법 시행령 제63조의14제3항에 해당하는 경우에는 과세전적부심사 청구 중이라도 조사내용에 따라 결정․경정할 수 있다. 이 경우 과세전적부심사 중 결정이유서(｢과세전적부심사사무처리규정｣ 별지 제5호 서식)에 의하여 그 이유를 청구인에게 통지하여야 한다.

+제37조(파생자료의 통보) 조사담당과장은 조사과정, 자료처리, 현장확인 등에서 파생되는 각종 자료는 엔티스에 전산입력하고 지체 없이 통보하여 과세에 활용될 수 있도록 하여야 한다.

+제38조(관련 법령 위반사항의 통보) 조사관서장은 양도소득세 과세자료처리 및 세무조사를 하는 과정에서 다음 각 호의 관련법령 위반사실을 확인한 경우 물건지 관할 지방자치단체장에게 그 위반 내용을 통보하여야 한다.

1. ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제4조에서 정한 부동산 거래신고 의무 위반

2. ｢부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률｣ 제3조, 제10조부터 제12조까지 및 제14조의 위반

+제4장  양도소득세 등의 사후관리

+제39조(비과세․감면의 사후관리) 세무서장(재산제세 담당과장)은 ｢소득세법｣ 또는 ｢조세특례제한법｣에 따라 양도소득세 비과세․감면 등을 받은 납세자에 대하여 사후관리할 사항이 있는 경우에는 그 내용을 엔티스에 입력하고, 법령에서 정하는  비과세‧감면 등의  요건이 충족될 때까지 사후관리하여야 한다.

+제40조(사후관리계획의 수립 및 시행) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 사후관리 중인 납세자에 대하여 연 2회 계획을 수립하여 사후관리하여야 한다. 다만, 사후관리 종류 및 업무량을 감안하여 자체실정에 맞게 사후관리 횟수를 별도로 정하여 시행할 수 있다.

② 지방국세청장(성실납세지원국장)은 공제·감면 등의 사후관리 업무에 대해 관할세무서장(재산제세 담당과장)의 업무를 지휘·감독한다.

+제41조(기획점검 계획 수립) 국세청장(자산과세국장) 또는 지방국세청장(성실납세지원국장)은 납세자의 성실신고 유도와 실지조사의 한계를 보완하기 위해 양도소득세 누락혐의 사항에 대해 기획점검 계획을 수립․시행할 수 있다.

+제42조(기획점검 대상자의 선정) ① 국세청장(자산과세국장) 또는 지방국세청장(성실납세지원국장)은 세원정보 또는 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따라 제출된 자료, 외부기관으로부터 수집한 자료 등을 활용하여 점검대상자를 선정한 후, 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 기획점검 계획 및 대상자를 시달할 수 있다.

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(재산제세 담당과장)은 점검대상자의 신고․결정내역 등을 검토하여 과세실익이 없다고 판단되는 경우에는 점검대상에서 제외한 후, 기획점검을 실시하여야 한다.

+제43조(기획점검 실시) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(재산제세 담당과장)은 납세자의 해명이 필요한 경우 구체적인 혐의내용을 기재한 과세자료 해명안내문(별지 제1호 서식)과 권리보호요청 제도에 관한 안내문을 납세자에게 발송하여야 한다.

② 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(재산제세 담당과장)은 점검대상자가 제출한 해명자료를 검토한 후 「해명자료에 대한 검토결과통지서」(별지 제2호 서식)를 발송하여야 한다. 다만, 제13조에 따라 과세예고통지를 하는 경우에는 이를 생략할 수 있다.

③ 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(재산제세 담당과장)은 해명자료 등을 확인한 결과에 따라 다음 각 호와 같이 처리한다.

1. 조세 누락 혐의가 없다고 인정되는 경우에는 ‘혐의 없음’으로 종결처리

2. 혐의사항이 단순하고 경미한 경우에는 기한 후 신고(수정신고) 안내문(별지 제5호 서식) 발송

3. 과세자료 해명안내에 따른 소명자료를 제출하지 않거나(불성실하게 해명하는 경우 포함), 기한 후 신고․수정신고를 하지 않은 경우(불성실 신고자 포함) 과세자료 내용에 따라 결정․경정(현장 확인이 필요한 경우에는 현장 확인 계획을 수립하여 현장 확인)

4. 실지조사가 필요하다고 인정되는 경우에는 실지조사 대상자로 선정

④ 제3호 및 제4호에 따라 결정․경정한 경우 제14조에 따라 과세표준과 세액을 통지하여야 한다.

+제5장  보칙

+제44조(재검토기한) 이 규정은 ｢훈령․예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정｣(대통령훈령 제334호)에 따라 이 규정을 발령한 후의 법령이나 현실여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2020년 3월 31일까지 효력을 가진다.

부칙(2010.3.31. 국세청 훈령 제1845호)

제1조(시행일) 이 규정은 2010년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(적용례) 이 규정은 이 규정 시행 후 최초로 해당업무를 수행하는 것부터 적용한다.

부칙(국세징수사무처리규정 등 일괄개정규정)

(2010. 7. 23. 국세청훈령 제1868호)

이 규정은 발령한 날부터 시행한다.

부칙(2013.3.27. 국세청 훈령 제1984호)

제1조(시행일) 이 규정은 2013년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(적용례) 이 규정은 이 규정 시행 후 최초로 해당업무를 수행하는 것부터 적용한다.

부칙(2014. 3. 27. 국세청 훈령 제2042호)

제1조(시행일) 이 규정은 2014년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(적용례) 이 규정은 이 규정 시행 후 최초로 해당업무를 수행하는 것부터 적용한다.

부칙(2017. 3. 00. 국세청 훈령 제0000호)

제1조(시행일) 이 규정은 2017년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(적용례) 이 규정은 이 규정 시행 후 최초로 해당업무를 수행하는 것부터 적용한다.